坐标系
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FCS数据一般是在线性或对数坐标下采集的,坐标数据信息存储在FCS数据文件的文件头中。尽管FCS Express支持在对数坐标下显示线性坐标,数据一般会按其采集时的坐标显示。
对数坐标的缺点是它不可以显示零以下的数值。这一点非常限制软件做数据补偿,因为常常很大一部分补偿数据出现在"零以下"的通道。负值在对数坐标系中因为被放在坐标轴上而常常被忽略,导致数据被过度补偿。
为克服这一限制,人们发明了几种其它的数据轴坐标系。这些坐标系的特点是它们在接近零的地方是线性,而在远离零的地方为对数。这些坐标系也可以显示零以下的数据。线性坐标和对数坐标相结合的坐标系称为混合型坐标系。关于这方面的更多资料可在以下文献中找到:
• | Herzenberg LA,Tung J,Moore WA,Herzenberg LA,Parks DR.Interpreting flow cytometry data: a guide for the perplexed. Nat Immunol 2006;7:681-685. |
• | Parks DR,Roederer M,Moore WA.A New "Logicle" Display Method Avoids Deceptive Effects of Logarithmic Scaling for Low Signals and Compensated Data. Cytometry A 2006;69A:541-545. |
• | Bagwell CB.Hyperlog – A Flexible Log-like Transform for Negative,Zero,and Positive Valued Data. Cytometry A 2005;64A:34-42. |
• | Battye FL.A Mathematically Simple Alternative to the Logarithmic Transform for Flow Cytometric Fluorescence Data Displays. Cytometry A 2006;69A:413-414. |
FCS Express支持以下坐标体系:
• | 线性: 标准线性坐标系 |
• | 对数: 标准对数坐标系 |
• | 支持负值的对数坐标: 一个改良的对数坐标系 |
一般对数函数中不定义对零和负值的操作。如果它们是在补偿时生成的,就像在补偿数据中经常看到的那样,它们一般显示为叠放在坐标轴上的事件。可以处理负数的对数函数中,如果遇到负数,先计算其绝对值的对数,然后将其显示在坐标轴的负值部分,作为"负对数"显示,该值是其绝对值的镜像。零数值仍然放在坐标轴上。
• | 双指数 |
双指数体系被BD FACSDiva软件普及化。因为我们和BD的密切合作,FCS Express现在支持FACSDiva在显示双指数数据方面的所有选项。实际上,我们引入了FACSDiva的计算反射点的专有算法,因此FCS Express的结果看起来和FACSDiva软件的结果完全一样。
• | Hyperlog™2坐标系: 描述于Bagwell的文章中,详见前方的文献。 |
• | Lin/Log(线性/对数)坐标系: 描述于Battye的文章中,详见前方的文献。 |
该转化在过渡点以下完全是线性,在过渡点以上完全是对数。系数a和c相配合,保证在过渡点的连续性。