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创建门

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创建门

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创建门

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用户可用几种方式创建门。要最有效地创建门,首先选择一个想要应用门的绘图,然后做以下操作之一:

 

Home(主页)Create Gates(创建门)中选择一个命令(例如,Ellipse(椭圆)、Rectangle(矩形)、Polygon(多边形)Freeform(自由形))。

 

从命令Gating(门操作)→Create Gates(创建门)中选择想要的形状。

 

右键点击绘图,然后从弹出菜单中选择Create Gate(创建门)和门类型。

 

在绘制门的时候要想取消创建门,在完成操作前点击键盘上的Esc键即可。

 

Elliptical or Rectangular Gates(椭圆形或矩形门)

 

选择Ellipse(椭圆形)Rectangle(矩形)命令,将光标放置在绘图上用户希望门左上角出现的地方。然后,按住鼠标不放,向下拖动光标直到出现想要的门大小。松开鼠标键完成门的创建。:可在门创建之后很容易地调整其大小。

 

Polygonal Gates(多边形门)

 

如果选择Polygon(多边形)命令,将光标放置在第一个顶点那里。然后,点击(之后松开)鼠标。继续以上操作,在不同位置放置光标,点击鼠标创建顶点。直线会连接这些顶点形成多边形。要完成并封住多边形门,点击出现在第一个多边形顶点的正方形。或者,敲击空格键来完成多边形门。敲击空格键会在用户创建的第一个和最后一个顶点间画一直线完成门的绘制。完成之后,除了创建的顶点之外,多边形外边会显示四个圈,用来成比例地缩放多边形。

 

Freeform Gates(自由形门)

 

如果选择Freeform(自由形)命令,将光标放置在想要开始绘制门的位置。按下并按住鼠标键不放,拖动鼠标画出门的形状。门会沿着光标的路径形成。要关闭和封住Freeform(多边形)门,放开鼠标。一条直线会自动连接第一个光标的位置和鼠标松开时光标的位置来创建门。完成后,自由形会有四个外围圈,用来成比例地缩放多边形。

 

Well Gates(细胞孔门)

 

如果选择Well(细胞孔)命令,可在热图上创建一个或多个细胞微孔门(针对滴定板而言)。

 

1D Gates(一维门)

 

创建标识中描述的那样在柱状图上创建一个Marker(标识)。然后,右键点击包含该标识的绘图,选择Convert Marker to Gate(将标识转化为门)Marker(标识)编号以及Convert(转化)Convert and Link(转化和链接)。 如果选择Convert and Link(转化和链接),改变原始的标识会改变相应的一维门。否则,移动或删除原始的标识不会影响一维门。

 

要在二维绘图上创建一维门:

 

o选择Gating(门操作)(或Home(主页))Create Gates(创建门)Create Marker(创建标识)命令。

 

o右键点击绘图,从弹出菜单中选择Create marker(创建标识)

 

然后,将光标放在想要设置标识的左边界,按下鼠标不放。同时,以和X-或Y-轴平行的方式移动光标。将光标移到想要创建标识的右边界,松开鼠标。

 

 

完成创建门后会出现一个对话框(图9.2),让用户为门起个名称、选择颜色并决定该门是否包括其内部的事件。要用新创建的门替代已有的门,选择Replace an existing gate(替代已有的门)单选按钮,从下拉菜单中选择用户想替代的门。

 

 

图 9.2  Create New Gate Dialog (创建新门对话框)

图 9.2  Create New Gate Dialog (创建新门对话框)

 

 

Creating Combination Gates(创建组合门)

 

合并门是指门与门的组合。要组合门,需要创建一个包含现有门的逻辑组合的门操作公式。门操作公式是由一个或几个门及逻辑运算符组成。运算符描述门操作区域如何组合并如何遵循逻辑运算规则。FCS Express支持以下运算符:

 

AND(与)

 

AND(与)在门操作公式中由"a"、"A"或"and"代表。如果键入门操作公式"1 a 2"(读作1与2),只有同时落在门1和门2里的事件会被选中。

 

OR(或)

 

OR(或)在门操作公式中由"o"、"O"或"or" 代表。如果键入门操作公式"1 o 2"(读作1或2),所有在门1和门2中的事件都会被选中。

 

NOT(非)

 

NOT(非)在门操作公式中由"n"、"N"或"not"代表。如果键入门操作公式"n1"(读作非1),所有门1之外的事件都会被选中。

 

XOR(或非)

 

XOR(或非)在门操作公式中由"x"、"X"或"xor"代表。如果键入门操作公式"1 x 2"(读作1与非2),只有在门1或门2,但不同时在二者的事件会被选中。: XOR是eXclusive Or的缩写。"or(或)"和"xor(或非)"的区别在于"or(或)"表示选择落在两个区域的所有事件,而"xor(或非)"表示同时落在两个区域的事件将被排除在选择区外。

 

这四个逻辑操作符加上括号可创建组合门。最里边的括号内容最先计算,公式中剩下的内容从左到右计算。这允许用户很容易地创建复杂的门操作公式。以下是一些有效的门操作公式的例子。注:在FCS Express中输入公式时不需要空格,尽管一些人用空格来让公式可读性更强。

 

"not lymphocytes or monocytes(非 淋巴细胞 或 单核细胞)"

 

不是淋巴细胞的事件或单核细胞被选中。如果不用括号的话,NOT(非)操作只应用于淋巴细胞。

 

"n(lymphocytes or monocytes)非(淋巴细胞 或 单核细胞)"

 

首先执行"(lymphocytes or monocytes(淋巴细胞 或 单核细胞))",然后执行非操作。现在所有不在淋巴细胞门里和不在单核细胞门里的事件被选中了。公式"Not lymphocytes And Not monocytes(非 淋巴细胞 和 非 单核细胞)"会有相同的结果。

 

"(lymphocytes and monocytes)or(granulocytes and blasts)((淋巴细胞 和 单核细胞)或(粒性白细胞 和 原始血细胞))"

 

同时在淋巴细胞和单核细胞门里的事件,以及同时在粒性白细胞和原始血细胞门里的事件被选中。因为"and"意味着事件必须在两个门里才会被选中,所以被选上的事件是那些淋巴细胞和单核细胞的交叠区,以及粒性白细胞和原始血细胞的交叠区。

 

 

Combination gates(组合门)可通过以下方式创建:

 

在版面上插入门视图对象后(Insert(插入)General(常规)Gate View(门视图)),在Gate View(门视图)上右键点击,然后从弹出窗口选择Add Combination Gate(插入组合门)

 

会出现一个对话框(图9.3)。选择Formula(公式)字段,键入逻辑操作符和已有门的名称。在打字时,FCS Express会计算用户在敲入哪个门或逻辑运算符,并会为用户自动补全该词。如果有多个门或运算符与用户敲入的字母相符,可以用箭头键向下选择想要的门或运算符。空格键来接受选项。

 

 

图 9.3  Creating a Combination Gate (创建组合门)

图 9.3  Creating a Combination Gate (创建组合门)

 

 

Adding a Combination Gate Matrix(添加组合门矩阵)

 

组合门矩阵是一组由已经存在的门创建的组合门。这组门包含每个以前存在的阳性和阴性门。比如,如果我们从一个标为"CD4"的门和一个标为"CD25"的门开始,选择这两个门,从它们创建一个组合门矩阵,会创建四个新门(图9.4):

 

CD4+/CD25+
CD4-/CD25+
CD4+/CD25-
CD4-/CD25-

 

 

图 9.4  Combination Gate Matrix Example. Left: Gates applied to select all CD4+ or CD25+ cells. Right: Combination Gate Matrix applied to create gates for all four combinations. (组合门矩阵例子。左图:用来选择所有CD4+或CD25+细胞的门。右图:组合门矩阵用来创建四个组合门。)

图 9.4  Combination Gate Matrix Example. Left: Gates applied to select all CD4+ or CD25+ cells. Right: Combination Gate Matrix applied to create gates for all four combinations. (组合门矩阵例子。左图:用来选择所有CD4+或CD25+细胞的门。右图:组合门矩阵用来创建四个组合门。)

 

一旦创建了新门,它们会被作为一般的门对待。任何对原始门的改变(比如重命名)不会导致新门重命名。新门可像其它组合门一样被删除或编辑。

 

要加入组合门矩阵:

 

在版面上插入门视图对象(Insert(插入)→General(常规)Gate View(门视图)),选择用户想要用的门,然后右键点击Gate View(门视图),从弹出菜单中选择 Add Combination Gate Matrix(插入组合门矩阵)(图9.5)。

 

 

图 9.5  Adding a Combination Gate Matrix (添加组合门矩阵)

图 9.5  Adding a Combination Gate Matrix (添加组合门矩阵)

 

如果选择三个门来创建矩阵,矩阵添加之后,会有八个新的门。这些门如图9.6所示。

 

 

图 9.6 After Adding a Combination Gate Matrix (添加组合门矩阵后)

图 9.6 After Adding a Combination Gate Matrix (添加组合门矩阵后)