格式化条形图和散点图 |
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格式化条形图和散点图 |
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格式化条形图和散点图
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尽管创建条形图和散点图是实时查看数据的一种好方法，但是大多数用户最后还是想把数据发表或与他人分享。各种绘图都可以在FCS Express中进行完全格式化，这就是说用户可以在FCS Express中直接创建具有发表质量的图像而无需借助任何其它中间编辑程序。在这节教程中，我们将主要演示条形图和散点图所独具的格式化选项。要了解关于格式化的基本操作方法，请参见格式化绘图一节。我们将使用FormattingBarandScatterPlots.fey版面，该版面包括一些样本数据文件、一个条形图和一个散点图；我们将进行的操作有:
| • | 格式化条形图和散点图以便: |
| o | 调整条形/散点的颜色和填充选项 |
| o | 修改误差线格式及颜色 |
| o | 为数据条和数据点应用特殊颜色 |
| o | 在绘图上显示数据值 |
| o | 在散点图上连线 |
| • | 创建条件公式以高亮显示数据组 |
| • | 在条形图和散点图上添加叠加图层 |
格式化条形图
| 1. | 请打开教程样本数据库中的FormattingBarandScatterPlots.fey版面。 |
| 2. | 请选中View(视图)→Multiple Pages(多重页面)→Two Pages (Vertical)(纵向双页)命令。 |
| 3. | 请点击Bar Plot(条形图)页标签，把它显示在屏幕的左侧。 |
| 4. | 请点击Scatter Plot(散点图)页标签，把它放在屏幕的右边。 |
我们现在将把在散点图上的数据叠加到条形图上，来查看% Gated(门中细胞百分比)列上的数据(条形图上已有Mean Exp+ Rep列对应的数据)。我们现在要对新加图层上的条形进行格式化，改变条形颜色、填充图案和边框设置。
| 5. | 请把散点图拖到条形图上(图T16.15)。 |
图T16.15 Left: Bar Plot Before Dragging and Dropping Scatter Plot as Overlay. Right: Bar Plot After Dragging and Dropping Scatter Plot as Overlay (左图: 把散点图拖上来之前的条形图。右图: 把散点图作为新加叠加图层拖到条形图上后的结果。)
| 6. | 请右键点击条形图。 |
| 7. | 请从弹出菜单上选择Format(格式)。 |
| 8. | 请选择Overlays(叠加图层)类别选项。 |
| 9. | 请点击第"2"个叠加图层，将其选中。 |
以下的步骤针对图T16.16。
| 10. | 请从Y Parameter(参数)下拉列表中 选择% Gated(门中细胞百分比)。 |
| 11. | 请把Bar Color(条形颜色)改为红色 。 |
| 12. | 请把Bar Fill Pattern(条形填充图案)改成Backward Diagonal(向后的对角线) 。 |
| 13. | 请把Line Options for: (针对...的线条选项)改成Bar Border(条码)。 |
| 14. | 请从Bar Border Properties(条码属性)选项框 中的Style(线型)中选中第一种实线线型。 |
| 15. | 请把Width(宽度)改为1.5 。 |
| 16. | 请勾选Show Marks(显示数值)复选框 。 |
| 17. | 请点击Preview(预览)。 |
图T16.16 Formatting Bar Plot Overlay 2 (格式化条形图中的第2个叠加图层)
条形图现在看起来应该如图T16.17所示。图上现在有% Gated以及Mean Exp+Rep两列对应的条形图。Show Marks(显示数值)选项在绘图上加上了一些文本框，显示条形代表的数值。
图T16.17 Bar Plot After Formatting was Applied(格式化之后的条形图)
我们现在将对误差线进行格式化操作(图T16.18)。
| 18. | 请点击叠加图层"1"，将其选中。 |
| 19. | 请在Line Options for:(针对...的线条选项)选择Error Bar Pen(误差线画笔) 。 |
| 20. | 请在误差线属性中把Style(线型)改为虚线 。 |
| 21. | 请把Color(颜色)改成蓝色 。 |
| 22. | 请把Width(宽度)改到1.5 。 |
| 23. | 请点击Preview(预览)。 |
图T16.18 Formatting Error Bars (格式化误差线)
这时这个条形图看起来应该如图T16.19所示。误差线现在已经变成了蓝色虚线，宽度比以前宽了一些。
图T16.19 Error Bars Formatted on the Bar Plot (条形图上格式化过的误差线)
我们现在将使用特别着色功能来显示某些数据条。特别着色显示的条形的颜色与叠加图层的默认颜色不同，这个颜色是用户可以自己选择的。在条形和散点图绘图自定义数据网格中有一个标为特别着色显示的列，其中所有单元格都包含以下公式:
=if (Token for % Gated cells in each sample) < 4 then "true" else "false"
这个公式会根据公式中标记的结果为单元格设置一个真值或假值(请双击自定义数据网格中的标记来查看其来源)。使用这个特别着色显示功能时，真值代表特别着色显示数据条，假值代表不进行特别着色显示。现在让我们把特别着色显示参数应用到条形图中最初的叠加图层上，来特别着色显示那些% Gated(门中细胞百分比)少于4%的数据条。
| 24. | 请选中底层叠加图层"1"。 |
| 25. | 请从Highlight Param(特别着色显示参数)下拉列表中选择"Highlighting(特别着色显示)"。 |
| 26. | 请选择橙色作为Highlight Color(特别着色显示颜色)。 |
| 27. | 请点击OK。 |
这时条形图看起来应该如图T16.20所示。条形中% Gated列值少于4%的将被特别着色显示为橙色。让我们现在来修改一下GFP+门，以观察特别着色随着门改变而改变的情形。
图T16.20 Highlighting Applied to Bar Plot (应用于条形图上的特别着色颜色)
| 28. | 请把屏幕右侧的页面点选到GFP Expression(GFP表达)页面。 |
| 29. | 请把GFP+门的一侧边界移到大约103 的位置，如图T16.21所示。 |
图T16.21 Adjusting the GFP+ Gate (调整GFP+门)
注意到自定义数据表格中的GFP Untreated(没有经过GFP处理)和GFP Treated(经过GFP处理)的样本中的门中细胞百分比都变到了小于4%。另外，特别着色显示值也变成了"真"。所以特别着色颜色显示在了相应的数据条上(图T16.22)。
图T16.22 Bar Plot Colors Automatically Updating in Response to Moving a Gate (条形图颜色随着门的移动而自动更新)
我们同样可以选择在条形图上查看哪个叠加图层。
| 30. | 请右键点击条形图。 |
| 31. | 请从弹出菜单上选择Format(格式)。 |
| 32. | 请选择Overlays(叠加图层)类别选项。 |
| 33. | 请点击第"2"个叠加图层，将其选中。 |
| 34. | 请不要勾选Visible(可视)复选框。 |
| 35. | 请点击OK。 |
这时条形图上只会显示第一个叠加图层中的数据，在该层中Y参数被设置到Mean Exp+Rep列。
格式化散点图
| 1. | 请打开FCS Express Sample Data(FCS Express样本数据)目录中的FormattingBarandScatterPlots.fey版面。 |
| 2. | 请选择View(视图)→Multiple Pages(多重页面)→Two Pages (Vertical)(纵向双页)命令。 |
| 3. | 请在屏幕左侧选择Scatter Plot(散点图)页标签。 |
| 4. | 请在屏幕右侧选择Bar Plot(条形图)页标签。 |
现在我们将把在条形图上显示的数据作为叠加图层添加到散点图上，来一起查看% Gated列和Mean Exp+ Rep列对应的数据。
| 5. | 请选中条形图，把它拖到散点图上。 |
| 6. | 请右键点击散点图。 |
| 7. | 请从弹出菜单上选择Format(格式)。 |
| 8. | 请选中Overlays(叠加图层)类别选项。 |
| 9. | 请点击第"2"个叠加图层，将其选中。 |
以下的步骤针对图T16.23。
图T16.23 Formatting Scatter Plot Points (格式化散点图数据点)
| 10. | 请从Y Parameter(参数)下拉列表中 选择% Gated(门中细胞百分比)。 |
| 11. | 请把Point Color(数据点)颜色修改为红色 。 |
| 12. | 请把Point size(数据点尺寸)修改为4 。 |
| 13. | 请把Point shape(数据点形状)修改为triangle(三角形) 。 |
| 14. | 请点击Preview(预览)。 |
这时这个散点图看起来应该如图T16.24所示。绘图中Mean Exp+Rep列对应的数据点为黑色的方块，而% Gated列对应的数据点为红色三角。
图T16.24 Scatter Plot After Formatting Points (格式化数据点后的散点图)
我们现在要把这些点用一条线连接回来(参考图T16.25)。
| 15. | 请勾选Connect the points(连接数据点)复选框 。 |
| 16. | 请把Line Options for:(针对...的线条选项)修改为Connecting Lines(连接线) 。 |
| 17. | 请在Connecting Lines Options(连接线选项)下的Style(线型)里选择第三种线型(虚线) 。 |
| 18. | 请把Color(颜色)修改为蓝色 。 |
| 19. | 请把Width(宽度)改为1.5 。 |
| 20. | 请点击Preview(预览)。 |
图T16.25 Formatting Scatter Plot Dialog (格式化散点图对话框)
这时在第2个叠加图层上会显示出蓝色的虚线连接线(图T16.26)。
图T16.26 Points in the Scatter Plot Connected by Lines (散点图上由线连起来的数据点)
我们现在将使用特别着色功能来显示某些数据点。在条形和散点图绘图自定义表格中有一个标为特别着色显示的列，其中所有单元格都包含以下公式:
=if (Token for % Gated cells in each sample) < 4 then "true" else "false"
这个公式会根据公式中标记的结果为单元格设置一个真值或假值(请双击自定义数据网格中的标记来查看其来源)。使用这个特别着色显示功能时，真值代表特别着色显示数据点，假值代表不特别着色显示。现在让我们把特别着色显示参数应用到散点图中最初的叠加图层上，来特别着色显示那些% Gated(门中细胞百分比)少于4%的数据点。
| 21. | 请选中底层叠加图层"1"。 |
| 22. | 请从Highlight Param(特别着色显示参数)下拉列表中选择"Highlighting(特别着色显示)"。 |
| 23. | 请选择橙色作为Highlight Color(特别着色显示颜色)。 |
| 24. | 请点击OK。 |
散点图现在看起来应该如图T16.27所示，在% Gated列中小于4%的数据点会被特别着色显示为橙色。让我们现在来修改一下GFP+门，以观察特别着色随着门改变而改变的情形。
图T16.27 Highlighting Applied to the Scatter Plot. The First Square Point has Change to Orange. (把特别着色应用到散点图上。第一个方形数据点已经变成了橙色。)
| 25. | 请点击GFP Expression(GFP表达)标签页。 |
| 26. | 请把GFP+门的左侧边界移到大约103的位置，如图T16.28所示。 |
图T16.28 Adjusting the GFP+ Gate (调整GFP+门)
注意到自定义数据表格中的GFP Untreated(没有经过GFP处理)和GFP Treated(经过GFP处理)的样本中的门中细胞百分比都变到了小于4%。特别着色显示的数据变成了真，特别着色被加到了新的数据点上(图T16.29)。
图T16.29 Scatter PLot Highlighting Updated After Changing Gate (修改门之后散点图上的高亮显示随之更新)
我们同样可以选择在散点图上查看哪个叠加图层。
| 27. | 请右键点击散点图。 |
| 28. | 请从弹出菜单上选择Format(格式)。 |
| 29. | 请选择Overlays(叠加图层)类别选项。 |
| 30. | 请点击第"2"个叠加图层，将其选中。 |
| 31. | 请不要勾选Visible(可视)复选框。 |
| 32. | 请点击OK。 |
这时散点图上只会显示第一个叠加图层中的数据，在该层中Y参数被设置到Mean Exp+Rep列。