钙离子在细胞信号传导中发挥重要作用。细胞内钙离子的浓度对外界刺激可做出瞬时反应。有几个荧光染料可通过流式细胞仪来测量键合的Ca++，它们包括Indo-1(需要紫外激光)，还有Fluo-3和Fura Red的组合(用在只可以发射488nm的设备上)。Fluo-3(最大荧光强度在530nm)的荧光强度随着Ca++浓度增加而增加。Fura Red(最大荧光强度在650nm)的强度随Ca++浓度增加而减弱。Fluo-3对Fura Red的荧光强度比可用来跟踪Ca++浓度随时间的变化。