在理想的情况下，用户选用的染色分子应该有很窄的发射光谱，从该染色分子发出的荧光仅可被设备上一个检测器检测到。但实际上，由于市面上的荧光分子发射光谱较宽，用户选用的染色分子发出的荧光有可能被第二个和第三个检测器检测到。换句话说，到达检测器上的荧光不仅包括从想要的染色分子发出的荧光，也包括从其它荧光分子发射出的荧光。

 

要调整或"补偿"这种光谱交叠，交叠中的某一百分比将从目标发射谱中被扣除。以前，这种补偿一般在数据采集时由设备执行。但是现代机器可以存储未经补偿的数据，补偿可在分析软件上进行。

 

 

计算实例: 参数2的荧光补偿 = 观测到的参数2的荧光强度减去观测到的参数1的荧光强度的5%。

 

 

补偿包括创建两个矩阵。溢出矩阵代表从某一通道溢出到旁边通道的信号。用来纠正该溢出的补偿矩阵是溢出矩阵的反矩阵。

 

FCS Express在处理补偿时使用以下用语。"目标参数"代表检测溢出信号的参数，该参数会被补偿修改。目标参数可有多个"源参数"。源参数指包括溢出的参数，用它来决定要从目标参数减去多少。换句话说，我们从目标参数中减去"渗入"其中的源参数的一个百分比。

 

在以上例子中，参数2是目标参数，参数1是源参数。一大组源参数和目标参数的集合称作一个补偿定义。"补偿定义"描述在特定条件下不同通道间相互影响的情况，它在数学上等于一个补偿矩阵。一般来说，设备用户在实验开始时会为所有通道设置补偿，并在整个实验期间使用这些设置。因此，补偿定义会应用于整个实验。

 

FCS Express可以在一个版面上存储多个补偿定义。这在分析同一版面上以不同方式获取的数据时很有用。每一天的实验补偿都可能会不同，因此要为每一天的实验设置不同的补偿定义。同一绘图上的不同叠加图层也可以使用不同的补偿定义。

 

另外，可为数据文件指定一个补偿定义。这意味着当FCS文件被导入绘图中时，绘图会自动使用相应的补偿。这样，用户不须为每个数据文件设置相应的补偿。