CellProfiler针对FCS Express的知识库
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我们都能理解，学习新软件如CellProfiler是很困难的。下面是一些用户在从FCS Express 5 Image Cytometry导出数据时遇到的常见问题和错误。如果您有关于在CellProfiler中创建管道的具体问题，请参见CellProfiler网址 http://www.cellprofiler.org/ 或者访问其用户支持论坛http://cellprofiler.org/forum/。你也会找到一个覆盖CellProfiler分割的网络会议，网址是 CellProfiler网络会议
文件输出和组织:
文件扩展名:
| • | 文件扩展名"；.cptoc"代表内容的CellProfiler表格".cpout" 代表CellProfiler输出。此 "图像.cptoc" 文件储存了在管道中处理的所有图像的位置和数量信息，但是分开"xxxxxx.cpout" 文件储存的是与单个对象和分析相关的实际原始数据。 |
| • | 此处应该有一分开 ".cpout" 在CellProfiler中，文件为每个对象定义的蒙版和只有一个"Image.cptoc" 文件。 |
文件夹结构:
当图像在CellProfiler中处理后，如果你选择导入图像，FCS Express必须能够进行原始图像 (图T24.67，下面)。
| • | 原始图像文件必需储存在和您的.cptoc、cpout和图像蒙版文件同一个文件夹下。 |
图T24.67 CellProfiler数据加载选项
使用ConvertObjectsToImage模块:
| • | 为了让FCS Express正确的从 to properly import image masks from the ConvertObjectsToImage模块导入图像蒙版为输出图像命名 名称必需和选择输入对象的名称一致，且要注意大小写，如图T24.68。 |
图T24.68 ConvertObjectsToImage模块: 将输出图像的名称命为和输入对象一样。
命名文件和正规表达式s:
| • | 正规表达式输出名称: 微孔、行、列，只有使用细胞盘或者蒙太奇图像实验，才能使用列。为一单一图像实验使用任意这些名称，jangle导致一不正常的输出。.对于一教程，遵循这些链接 "正规表达式" 如何翻译正规表达式。 |
| • | 你的.cpout文件的名称必须以对象数据的名字开始，你导出时，可能只包括对象的名称和正规表达式。例如：文件名称 nuclei.cpout 和 nuclei_<；正规表达式>.cpout 将会导致一个适当的导出， 当 数据集1nuclei.cpout 或者 <regularexpression>_nuclei.cpout 将导致一个非正常的输出。 |
| • | 处理基于细胞盘的数据 |
| o | 正规表达式的名称 行 和 列 必须使用，当导出基于细胞盘的数据时。通过图像名称中的行字母和列编号，来定义图像的细胞盘位置。在下图T24.69中，原始图像名称显示于蓝色圆圈内，蒙版名称和基于行和列的正规表达式，可在红圈中找到。 |
| o |  图T24.69 NucleiLabel和CellLabel图像蒙版，已经为细胞盘的每个微孔创建好了.tiff文件。文件名称反映的是基于原始图像（蓝色椭圆形）的CellLabels（红色椭圆形）行和列的编号。 |
| • | 处理平铺图像: |
| o | 当重建一系列平铺图像时，FCS Express会使用储存在文件名称中的信息，来将图像重新拼凑起来。特别是文字 "；行"和 "；列"； 后跟一个数字来表明拼块在图像中的位置。 为平铺图像编号，必须以0_0开始, 例如行00_列00。 下面是按照此命名约定的示例: |
mytiledimage_行00_列00.tif
mytiledimage_行00_列01.tif
mytiledimage_行00_列02.tif
上述文件名表示平铺图像前三个拼块 (从左到右)由它们的"行"；和"；列"；位置。 文字"；行"和 "；列"； 如果可以，相关的拼块位置请在收集时添加进去，或者在收集后手动或者使用重命名程序对这些文件进行重命名。
| • | 使用基于细胞盘的数据， 此数据包含来自微孔中多个字段位置的图像 |
| o | 正规表达式名称 Row 和 Column (针对微孔位置) 、row 和 col (针对图像位置) 必须在导出基于细胞盘数据（此数据包含来自微孔中多个字段位置的图像）时使用。通过Row字母和Column编号来定义细胞盘的位置，通过图像名称中的row 和 col号来定义图像在微孔中的位置。在下图T24.70中，原始图像名称显示于蓝色圆圈，蒙版名称、基于Row, Column, row 和 col 的正规表达式显示于红圈中。 要为多个微孔图像的位置编号，必须以0_0开始，例如row00_col00。 |
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图T24.70 已经为细胞盘上的每个微孔定义好了CellLabel图像蒙版 .tiff文件。文件名称反映的是Row字母和Column编号，也反映了基于原始图像（蓝色椭圆形）的CellLabels（红色椭圆形）的Row 和 Col编号。