在这一章节,我们将:

使用自定义标记创建标记分类器。
创建带自定义标签的新数据网格。
把标签分类器插入到新的数据网格中。

 

使用上一章节创建的"BShift"和"TShift"自定义标记数据,来在数据网格中定义标记分类器("NEG"、"POS"和"WEAK")。我们将用这些标记分类器来对样本进行分类,最后决定病人血清匹配的结果。首先,我们要插入一个新的、有三列、四行的数据网格,我们后面要把最后的结果放在其中。

 

1.请在FCS Express Sample Data(FCS Express样本数据)文件夹中打开HLA Custom Custom_Tokens_Completed.fey版面。

我们现在将开始定义标记分类器,以对版面中第3页底部数据网格中的所有样本结果进行分类。要了解更过关于“创建标记分类器”的知识,请参见“使用文本框和标记”教程

2.请点击'B Result'列中的第一个单元格。
3.请点击自定义数据编辑器窗口中的标记图标。

此时,Insert a token(插入一个标记)对话框将出现,您会注意到在Custom(自定义)类别选项下方有列表。

4.Insert a token(插入一个标记)对话框中Insert a token(插入一个标记)Statistic Classifier(统计分类器)。
5.点击Insert(插入)

此时,Create Statistic Classifier(创建统计分类器)项目类别中Classification(分类)项目类别将出现,如图T15.33所示。在这里,我们将定义统计分类器,把我们的结果分类为'NEG(阴性)'、'WEAK(弱阳性)'以及'POS(阳性)'。但是,首先我们需要告诉分类器我们将对什么进行分类。

6.点击位于“Enter a value to classify(输入要分类的数值)”字段之后的标记图标,如图T15.33中光标所示。

 

Figure T15.33  Create Statistic Classifier Dialog -- Classification Category

Figure T15.33  Create Statistic Classifier Dialog -- Classification Category

 

此时,Insert a token(插入一个标记)对话框将出现,如图T15.34所示。在此,我们将为我们的标记分类器选择要分类的自定义标记。

7.Insert a token(插入一个标记)对话框中的Custom(自定义)项目类别中Insert a token(插入一个标记)“BShift PBS”,如图 T15.37中的蓝色高亮显示。
8.点击Insert(插入)

 

Figure T15.34  Insert a Token Dialog with Custom Tokens to Classify

Figure T15.34  Insert a Token Dialog with Custom Tokens to Classify

 

此时,Create Statistic Classifier(创建统计分类器)项目类别中Classification(分类)项目类别将再次出现。但是,现在'Enter a value to classify:(输入一个要进行分类的值)'字段已经列出了自定义标记'BShift PBS',如图T15.35所示。下面我们就为分类器输入一个具体的分类列表。

9.点击Add(添加)按钮,如图T15.35中光标所示。

 

Figure T15.35  Adding the List of Classifiers in the Create Statistic Classifier Dialog

Figure T15.35  Adding the List of Classifiers in the Create Statistic Classifier Dialog

 

此时,Create Classification(创建分类)对话框将出现。以下步骤均参考图T15.36。

10.请在Classify the Token as(把标记归类为)文本域出输入“NEG”。
11.请在if its value is between(如果标记的值在...和...之间)文本域出输入“0”。
12.请在and(和)文本域出输入“19999”。
13.点击OK

 

Figure T15.36  Edit Classification Dialog

Figure T15.36  Edit Classification Dialog

 

此时,Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)项目类别中Classification(分类)项目类别将出现。但现在,List of classifications:(分类规则列表)字段已经有'NEG'分类规则列在那里。我们刚才把'BShift'自定义标记的'NEG'分类规则定义为在0到19,999之间。这就是说,如果样本中B细胞的MESF FITC荧光中间值在减去PBS NEGATIVE CONTROL之后小于20,000,那么该样本就被分到阴性或'NEG'一类。

现在让我们来继续定义其它的两个分类'WEAK'和'POS'。

14.点击Add(添加)按钮。
15.请在Create Classification(创建分类规则)对话框中的Classify the token as(把标记归类为)文本字段处输入'WEAK'。
16.请在if its value is between(如果标记的值在...和...之间)文本字段处输入'20000'。
17.请在and(和)文本字段处输入'49999'。
18.点击OK
19.点击Add(添加)按钮。
20.请在Classify the token as(把标记归类为)文本字段处输入'POS'。
21.请在if its value is between(如果标记的值在...和...之间)文本字段处输入'50000'。
22.请在and(和)文本字段处输入'1200000'。
23.点击OK

此时,Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)对话框将出现,其看起来应该如图T15.37 所示,上面显示了针对'BShift'自定义标记的、完整的分类器定义。

 

Figure T15.37  The 'B Result' Token Classifier Definition

Figure T15.37  The 'B Result' Token Classifier Definition

 

24.点击OK对话框中的OK,来接受这组定义。

这时'HLA Results'数据网格也进行了更新,显示出在'B Result'一列的第一个单元格中添加的标记分类器,如图T15.38所示。

 

Figure T15.38  Token Classifier for the 'B Result' Column

Figure T15.38  Token Classifier for the 'B Result' Column

 

既然我们已经创建了'B Result'列可以使用的分类器,我们便可以把这个分类器复制到这一列中其它的单元格中。但是,我们需要做的是对标记分类器进行编辑,以使用相应的样本数据。

25.请复制我们在前一步中刚刚创建的'BShift PBS'自定义标记分类器。
26.请把'BShift PBS'自定义标记分类器粘贴到'HLA Results'数据网格中第二个单元格的编辑器中。

现在我们需要对标记分类器进行格式化,使得它可以使用AB NEGATIVE HUMAN SERUM样本中的BShift自定义标记。

26.请在数据网格编辑器'Classification of: 0.00'上双击。

此时,Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)项目类别中Display Text(显示文本)项目类别将出现。

27.选择Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)项目类别中Classification(分类)项目类别。

我们现在来标记要被分类的值。

28.请从Enter a value to classify:(输入一个要进行分类的值:)文本字段中删除'Custom Token: BShift PBS'。
29.点击位于Enter a value to classify:(输入一个要进行分类的值:)文本域后面的标记图标。

此时,Insert a token(插入一个标记)对话框将出现。在此,我们将选择另外一个自定义标记进行分类。

30.Insert a token(插入一个标记)对话框的Custom(自定义)项目类别中选择“BShift NegSerum”。
31.点击Insert(插入)
32.点击OK

此时,Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)项目类别中Classification(分类)项目类别将再次出现。但现在,Enter a value to classify:(输入一个要进行分类的值:)文本字段中已有自定义标记'BShift NegSerum'。现在我们将重复上边的这些步骤,把"B Result"列中剩下的单元格填好。

33.请为'B Result'列中的第三个单元格重复第26步到第32步。但在第41步,请选择“BShift PosSerum”
34.请为'B Result'列中的第四个单元格重复第26步到第32步。但在第41步,请选择“BShift Patient”

这时,'HLA Results'数据网格中的'B Result'列就完整了,看起来应如图T15.39所示。

 

Figure T15.39  Completed 'B Result' Column

Figure T15.39  Completed 'B Result' Column

 

现在我们将使用'TShift'自定义标记来为'T Result'列定义标记分类器。

35.请选择'B Result'列中的第一个单元格。
36.请复制标记分类器'Classification of: 0.00'。
37.请选择'T Result'列中的第一个单元格。
38.请把标记分类器粘贴到'T Result'列里第一个单元格的编辑器中。
39.请双击标记分类器“Classification of: 0.00”,来对其进行编辑。

此时,Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)项目类别中Display Text(显示文本)项目类别将出现。

40.请选择Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)项目类别中Classification(分类)项目类别。

我们将对分类的值以及分类规则列表进行编辑。以下步骤均参考图T15.40。

41.List of classifications:(分类规则列表:)列表框选择NEG: 0 to 19999 ,如图中的蓝色高亮所示。
42.点击Edit(编辑)

 

Figure T15.40  Editing the 'T Result' Token Classifier 

Figure T15.40  Editing the 'T Result' Token Classifier 

 

此时,Edit Classification(编辑分类)对话框将出现。在此,我们将修改'NEG'的上限。

43.请在and(和)文本字段中把'19999'改为'1999'。
44.点击OK

此时,Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)对话框下的Classification(分类)类别选项将再次出现,并且其中的'NEG'被重新定义为从0到1,999之间。我们现在将继续编辑'WEAK'和'POS'两个分类。

45.请在List of classifications:(分类规则列表:)列表框选中“WEAK: 20000 to 49999”。
46.点击Edit(编辑)
47.请把if its value is between(如果标记的值在...和...之间)文本字段中的'20000'改为'2000'。
48.请在and(和)文本字段中把'49999'改为'7999'。
49.点击OK
50.请选中List of classifications:(分类规则列表:)列表框中的“POS: 50000 to 1200000”。
51.点击Edit(编辑)
52.请在if its value is between(如果标记的值在...和...之间)文本字段中把'50000'改为'8000'。
53.点击OK

现在,我们要把需进行分类的标记从自定义标记'BShift PBS'改为自定义标记'TShift PBS'。

54.请从Enter a value to classify:(输入一个要进行分类的值:)文本字段中删除“Custom Token: BShift PBS”。
55.点击位于Enter a value to classify:(输入一个要进行分类的值:)文本窗口后的标记图标。

此时,Insert a token(插入一个标记)对话框将出现。

56.Insert a token(插入一个标记)对话框的Custom(自定义)项目类别中选择“TShift PBS”。
57.点击Insert(插入)

此时,Edit Statistic Classifier(编辑统计分类器)对话框将再次出现,看起来应该如图T15.41所示,上面显示了针对'TShift PBS'自定义标记的一个完整的分类器定义。

58.点击OK

 

Figure T15.41  Classifier Definitions of the 'TShift PBS' Custom Token for the 'T Result' Column

Figure T15.41  Classifier Definitions of the 'TShift PBS' Custom Token for the 'T Result' Column

 

我们现在已经为'TShift PBS'自定义标记创建了分类规则列表。接下来,我们要把这个分类器应用到'T Result'列中其它的'TShift'自定义标记上。最简单的方法就是把'T Result'列中的第一个单元格中的'TShift PBS'自定义标记分类器复制到列中的其它单元格中。

59.请为'T Result'列重复第25步到第34步,只是把'BShift'自定义标记替换为'TShift'自定义标记。

当完成所有的复制、粘贴以及编辑标记分类器后,'HLA Results'数据网格将会整个被填满,看起来应该如图T15.42所示。

 

Figure T15.42  Completed 'HLA Results' Data Grid

Figure T15.42  Completed 'HLA Results' Data Grid

现在,我们在数据表中创建了所有的自定义标记和分类器,那么我们可以保存这个版面,并把它应用到其它数据组上。因为大多数的数据网格都只使用标记,所以数据值会随着绘图的更新而更新。