动力学实验在考察DNA含量变化、抗体结合以及钙离子流随时间变化的实验中非常有用。例如，钙离子在细胞信号传到中发挥重要作用。细胞内钙离子的浓度对外界刺激可做出瞬时反应。有几种荧光染料可通过流式细胞仪来测量结合的Ca++，它们包括Indo-1(需要紫外激发光)，及一些荧光组合，例如Fluo-3和Fura Red的组合(需要488 nm激发光)。Fluo-3(最大荧光强度在530 nm)的荧光强度随着Ca++浓度增加而增加。Fura Red(最大强度在650 nm)的荧光强度随Ca++浓度增加而减弱。Fluo-3对Fura Red的荧光强度比，可用来跟踪Ca++浓度随时间的变化。