FCS Express拥有全面的安全体系，允许对一特定用户访问各样函数做出限制。这一点在保证数据分析的完整性和保证系统有关规定(例如21 CFR Part 11)上很重要。FCS Express提供多个层次的安全设置，描述于该章以下的章节中。