理想情况下，选用一染色分子后，它的发射光谱应该很窄，从该染色分子发出的荧光仅可被设备上一个检测器检测到。但实际上，由于市面上的荧光分子发射光谱较宽，用户选用的染色分子发出的荧光有可能其他检测器检测到。换句话说，到达一个检测器上的荧光包括来自多个染色分子的信号。

 

补偿就是转换数据的过程，让一个单检测器检测到的荧光只来自一单独的染料。要达到这一目的，交叠中的某一百分比将从目标发射谱中扣除掉。以前，这种补偿一般在数据采集时由设备执行。但是，现代机器可以存储未经补偿的数据，补偿可在分析软件上进行。

 

 

计算实例：参数2的荧光补偿 = 观测到的参数2的荧光强度减去观测到的参数1的荧光强度的5%。

 

 

补偿时涉及到创建两个矩阵。溢出矩阵代表从一特定通道溢出到旁边通道的信号。补偿矩阵，是用来纠正溢出的补偿矩阵，是溢出矩阵的反矩阵。

 

FCS Express在处理补偿时使用以下术语。目标参数指检测溢出信号(可能来自多个数据源)的参数。数据源参数是您想要用来显示信号的初始参数，但是染料同样会溢出到多个目标中。换句话说，我们会减去“渗入”目标参数的源参数中的一个百分比。

 

在以上例子中，参数2是目标参数，参数1是源参数。一组源参数和目标参数称作一补偿定义。一个“补偿定义”描述在一组特定条件下不同通道间所有相互影响的情况，它等于一个补偿矩阵。一般来说，设备用户在实验开始时会为所有通道设置补偿，并在整个实验期间使用这些设置。因此，补偿定义会应用于整个实验。

 

FCS Express可以在一版面上存储多个补偿定义.这在分析同一版面上以不同方式获取的数据时很有用。每一天的实验补偿都可能会不同，因此要为每一天的实验设置不同的补偿定义。一绘图上的每层数据可以使用不同的补偿定义。

 

另外，补偿定义可指定到一数据文件。这意味着当一FCS文件被导入一绘图时，它会自动使用相应的补偿。这样，用户不须为每个数据文件设置的相应补偿。