可用数轴格式化选项来调整一绘图上的坐标系。所有数据文件,无论获取这些数据时的坐标是什么,均可在FCS Express中以任何坐标系形式显示。坐标系只改变数据的显示方式,不会改变统计计算。
Lin/Log and Hyperlog scalings(线性/对数和超对数坐标系):
此Lin/Log(线性/对数)和Hyperlog(超对数)坐标系都有一个可调整的系数。此系数可在格式化对话框中的Scale(缩放)部分的Axis(坐标轴)页(版面上右击,从弹出菜单中选择Format(格式化)选项来实现)。此系数被称作Transition Point(过渡点)因为它描述了从线性主导区转变到对数主导区的过渡。过渡参数Hyperlog(超对数)缩放等同于“B”参数位于Bagwell页上.
设置一个带有200的过渡点Lin/Log(线性/对数)坐标系,如图9所示60键入的过渡值的是以通道为单位,不必像Bagwell页中描述的那样选择数值。
Figure 9.60 Setting the Transition Point for the Y-axis in Lin/Log Scaling
对所有这些转换而言,较小的过渡值会让绘图更真实地模拟标准对数图。精确过渡值的选取在很大程度上取决于用户的数据,一般来说,该值最少要是30。
双指数体系被BD FACSDiva软件普及化。因为我们和BD的密切合作,FCS Express现在支持FACSDiva在显示双指数数据方面的所有选项。实际上,我们引入了FACSDiva的计算过渡点值(零以下)的专有算法,因此FCS Express的结果看起来和FACSDiva软件的结果完全一样。
当一个用BD FACSDiva软件获得的FCS文本在FCS Express中打开时,您将会注意到FCS Express中的自动定比应用了双指数缩放并自动选择Below Zero Parameter(零以下参数)(过渡点)(图961).
Figure 9.61 Automatic biexponential scaling in FCS Express of a file acquired in BD FACSDiva.
此Below Zero Parameter(零以下参数)可以通过取消Automatic(自动)框和选择Use the value(应用数值)单选按钮来手动调整。通过选中/取消选中相关的复选框,您同样可以选择自动设置绘图的最小值。当选中Automatically set the plot's minimum value(自动设置绘图的最小值),通过不显示异常值将坐标轴最小值设置为最优显示。当不选中整个数据范围,包括异常值,所有数据就会如图显示(图9.62).
Figure 9.62 Manually entering a Below Zero Parameter value with Biexponential scaling.
此Calculate automatically(自动计算)单选按钮可被选中,如果您想要更改门进行计算的话,显示如下(图9.63)或者您想要更改计算方法为第五百分位(图964)。第五百分位方法设置绘图最小值,从而选中门中底部的5%的数据就不会显示。
Figure 9.63 Choosing a gate for calculating the biexponential display.
Figure 9.64 Choosing the BD FACSDiva Method or the Fifth Percentile method for display.
ArcSinh(反双曲正弦) 的反双曲函数广泛应用于CyTOF流式细胞仪产生的.fcs文件。与来自流式细胞仪的标准光不同,质谱流式细胞术可以产生很多真正的零信号值(“强度”)。反双曲正弦转换让零值或接近零的值可显示和形象化,就如我们通常可视化流式细胞仪数据一样。通过将反双曲正弦方程应用到原始强度的值除以辅因子而得到反双曲正弦值。“辅因子”定义的是0周边线性区的大小,较小的辅因子代表更长的线性区域。(图9.65)。“辅因子”定义的是0周边线性区的大小,较小的辅因子代表更长的线性区域。(图9.66).
Figure 9.65 - The formula for converting to Archsinh scaling.
Figure 9.66 - Arcsinh is choosen from the Scale drop down menu. The cofactor value determines the size of the linear region around 0.