FCS Express提供给用户两种方式来导出(也即，保存)不同格式的FCS文件。用户可将export data from a single file(从单个文件导出数据)或者可以"batch export"(批量导出)多个文件同时。文件也可以被合并/级联 以创建一个新的文件，可以在多个数据文件的单个图形中显示和比较参数。