导出到LabKey服务器
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LabKey软件和De Novo Software一起合作，提供FCS Express的直接导出功能6流式细胞术到LabKey服务器。合作将允许大量流式细胞仪用户与报告生成和分析与FCS Express，在线数据环境，额外的质量控制和LabKey Server的工作流程工具的独特组合。包括tokens，图片，文件，甚至您的整个FCS Express分析的各种项目可以导出到LabKey Server，只需添加一个LabKey Report作为一个批处理操作。
在这个练习中，我们会：
| • | 将免费的LabKey Server下载到本地计算机。 |
| • | 使用FCS Express创建LabKey服务器报告Batch Actions(批操作). |
| • | 将以下项目添加到LabKey服务器报告Batch Actions(批操作): |
| o | FCS Express Layout (.FEY) file |
| o | FCS files。 |
| o | Picture(图片)2D(JPEG格式) |
要导出到LabKey Server：
导出到LabKey Server的第一步是将LabKey Server注册并安装到本地机器上。如果您已经完成此步骤，请转到步骤2。
| 1. | 将LabKey Server下载到本地计算机，并按照说明进行注册https://www.labkey.org/wiki/home/Documentation/page.view?name=installServerDemo或者，写邮件给我们support@denovosoftware.com。如果您想尝试本教程使用De Novo Software自己的LabKey服务器供公众使用。 |
| 2. | 在您将导出FCS Express数据的LabKey服务器中设置一个测试设计，请遵循LabKey设置：文件夹和测试设计/协议部分的随附LabKey教程. |
现在LabKey Server准备好从FCS Express接收数据，您可以继续下面的步骤3完成FCS Express中的其余部分。
| 3. | 请选择File(文件)标签 然后点击Open(打开). |
| 4. | 打开layoutLabKeyServerExportTutorial.fey在"LabKey Server Export"文件夹里Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库). |
布局当前正在显示2D密度和点图以及文件的直方图Sample 1.fcs(图T9.40)。布局包含一个数据列表，共有7个.fcs文件，它们也位于“批处理导出”中使用的“LabKey Server Export”文件夹中。右上角的表格显示了绘图中的示例.fcs中的参与者ID和日期关键字令牌，二维密度图中门1中的事件数以及直方图中M1中门控事件的百分比。
Figure T9.40 Example of the LabKeyServerExportTutorial.fey layout
| 5. | 请选择Batch(批次)→→Batch Processing(批处理)→Batch (批操作)命令(图T9.41). |
Figure T9.41 Selecting the Batch Actions command
| 6. | 点击Export to LabKey(导出到LabKey)在Add Report(添加报表)对话框中的Batch Actions(批操作)窗口左侧的列表中可用的选项上点击该操作即可。 (图T9.42)。 |
此导出到LabKey选项对话框打开(图T9.43)。
Figure T9.42 Adding a LabKey Report
| 7. | 键入(或复制和粘贴)LabKey Server生成的URL 到LabKey Server URL(LabKey服务器网址)区域 (图T9.43 在导出到LabKey选项对话框中。此URL由LabKey Server自动生成，可以按照以下说明找到FCS快递设置：准备FCS快速报告部分的随附LabKey教程. |
Figure T9.43 Export to LabKey Options dialog box
| 8. | 输入操作步骤ID号 到Protocol ID(协议标识)项目类别导出到LabKey选项对话框(图 T9.43 ).协议ID是LabKey Server自动生成的一个整数，可以按照下面的说明找到FCS快递设置：准备FCS快速报告部分的随附LabKey教程. |
| 9. | 输入你的名字到Name项目类别导出到LabKey选项对话框(图 T9.43 ).该条目将在实验运行表中显示为“Assay Id” LabKey Server(LabKey服务器) |
| 10. | 在步骤1中键入用于在LabKey Server中注册的电子邮件地址Username(用户名称)域。(图T9.43 ). |
| 11. | 在步骤1中键入用于在LabKey Server中注册的密码密码，域。(图T9.43 ). |
| 12. | 点击OK来关闭对话框窗口(图T9.43 ). |
| 13. | 在表的第二列中突出显示参与者ID TokenLayout(图T9.44)以使Token文本(“110349”)显示为白色。 |
| 14. | 将突出显示的令牌拖放到顶部Export to LabKey(导出到LabKey)刚刚出现在Batch Actions(批操作)窗口中，它将以蓝色高亮显示(图T9.44)。红色箭头). |
Figure T9.44 Dragging and dropping Tokens from the Table into the Batch Actions Window
| 15. | 对表中的下一个三个Tokens重复步骤13和14(即，Date(日期),Gate1 events,Marker 1%(图T9.44,,). |
请注意，您也可以直接拖放整个表的顶部Export to LabKey(导出到LabKey)Action(操作)在这种情况下，文件名“Sample 1.fcs”也将包含在 菜单Export to LabKey(导出到LabKey)项目中。
| 16. | 双击此项目关键词： $PARTICIPANTID for Plot #3, overlay #1在菜单Export to LabKey(导出到LabKey)项目中(图T9.45 ). |
Figure T9.45 Export to LabKey Batch Action with Tokens added to Report
将出现导出到LabKey选项窗口。
| 17. | 点击域类别在左边(图T9.46). |
Figure T9.46 Entering text into the XML node field
| 18. | 输入文字“PARTICIPANTID”XML Node区域 (图T9.46)。此XML Node字段确保将此数据导出到LabKey Server中的正确数据字段。 |
| 19. | 点击OK. |
| 20. | 对导出列表中的下面三个项目重复步骤16-19(参见下面的项目符号)，但在XML Node字段(步骤18)分别输入“DATE”，“Events”和“Percent”。 (图T9.45(图T9.45)。,,): |
| § | 关键词：$DATE for Plot #3, overlay #1 |
| § | 统计：# of Events for Plot #3, overlay #1 Additional Gate: Gate 1 |
| § | 统计：% of gated cells for Plot #4, overlay #1, in marker1 |
| 21. | 点击Export to LabKey(导出到LabKey)动作在Batch Actions(批操作)窗口(图T9.47 )然后将其选中。 |
Figure T9.47 Adding items to the LabKey Report
| 22. | 点击Layout图标下Add Item to Report(添加项目到报表)对话框中的Batch Actions(批操作)窗口(图T9.47).在布局类别中保留默认选项，以便导出布局链接到您的数据文件. |
| 23. | 点击域类别在对话窗口的左侧打开(图T9.48)。 |
Figure T9.48 Entering text into the XML Node field
| 24. | 输入“FEY”在XML Node领域并且点击OK(图T9.48)。 |
| 25. | 点击FCS Filename(FCS文件名)图标下Add Item to Report(添加项目到报表)对话框中的Batch Actions(批操作)窗口(图T9.47). |
| 26. | 高亮plot3，“3-Density-Sample1.fcs(SS Lin vs.FS Lin)”，在→选择一个绘图来让它当作一个Data Source(数据源)以用于导出(图T9.49). |
Figure T9.49 Data Source options for exported FCS files
| 27. | 点击域类别在对话窗口的左边(图T9.49). |
| 28. | 输入“FCS”在XML Node区域 (图T9.50). |
Figure T9.50 Entering text into the XML Node field
| 29. | 点击OK来关闭对话框(图T9.50). |
| 30. | 点击Picture(图片)图标下Add Item to Report(添加项目到报表)对话框中的Batch Actions(批操作)窗口(图T9.47). |
| 31. | 选择JPEG从Format(格式)右面的下拉菜单中(图T9.51). |
Figure T9.51 Format and data source options for exported pictures
| 32. | 选择plot4，“4-Histogram - Sample1.fcs(FL8 Log)"为→选择一个绘图来作为将要导出的图片(图T9.52). |
| 33. | 点击域类别在对话窗口的左边(图T9.51). |
| 34. | 输入”JPEG”在XML Node区域 (图T9.52) |
Figure T9.52 Entering text into the XML Node field
| 35. | 点击OK来关闭对话框(图T9.52). |
| 36. | 请选择Batch(批)→Batch Processing(批处理)→Run or Replay(运行或者重播)→Run(运行)命令(图T9.53)。FCS Express现在将将项目导出到LabKey Server。 |
Figure T9.53 Running the Batch Process
| 37. | 跟着View the Exported Data(查看导出的数据)部分的随附的LabKey Server教程查看您刚刚从FCS Express导出到LabKey Server的数据。 |
您现在建立了一个LabKey Report在Batch Actions(批操作)窗口。您已将关键字和统计tokens以及包含FCS Express Layout，FCS文件和图片的文件添加到LabKey Report请参见随附的LabKey Server教程参阅更多信息并且可以分享您的流式结果与更多的伙伴们。通过LabKey服务器.