FCS Express拥有全面的安全体系，允许对一特定用户访问各样函数做出限制。这一点在保证数据分析的完整性和保证系统有关规定(例如21 CFR Part 11的需求中，能够对登录失败进行追踪。FCS Express提供多个层次的安全设置，将在以下章节中详细描述。