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把回归应用到一个FCS文件上

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我们现在将使用线性回归公式来计算MESF数据。在下面的这个例子中,线性回归已经被保存为一个自定义标记。这个标记已经在创建线性回归标记一节中被作为关键字添加到数据文件中了。我们将使用自定义标记以及回归公式关键字来完成一个表格的输入,同时也将根据这些数值来创建一个散点图。

我们将使用的版面包括4页。第1页和第2页定义了阴性对照、阳性对照以及病人样本。MESF Calculations(MESF计算)页面是我们将完成线性回归和补全MESF数据的地方。我们将使用Bar Plots(条形图)页面来把完整的数据显示出来。

1.请在教程样本数据库中的Calculating MESF From Regression(从回归计算MESF)文件夹打开HLA CrossMatch.fey版面。
2.请来到版面中的MESF Calculations(MESF计算)页上。

我们将创建自定义标记来评估病人血清中结合到潜在捐献者B细胞和T细胞上的IgG的数量。我们将分两步来做: 首先,我们将使用公式。把表格1中的Bcell Median(B细胞中间值)转化为以10为底的对数值;然后,这些值将被根据FITCMESF LinReg自定义标记转化为Y轴(MESF)数值。FITCMESF LinReg自定义标记包含一个在创建线性回归标记一节中已经创建的拟合公式。

为方便起见,我们已把线性中间值转换为对数中间值的自定义标记在表1中预先定义好了。我们现在将要创建在表2中使用到的针对FITC MESF数值的自定义标记。

3.请在停靠的Custom Tokens(自定义标记)窗口中点击加号图标NewAdd创建一个新的自定义标记。
4.请把新的自定义标记命名为"Bcell LogMESF Patient"。
5.请在Custom Tokens(自定义标记)窗口的Enter the Custom Token formula below(请在下方输入自定义标记公式)区域内右键点击。
6.请从弹出菜单上选择Insert Function(插入函数)→LinearXtoY(x, [modelParameters])
7.请在图T27.25中的公式里高亮选择文本"x"。

 

图T27.25  Highlighting the x Parameter for Replacement by a Token Value (高亮显示x参数,用标记值将其替换)

图T27.25  Highlighting the x Parameter for Replacement by a Token Value (高亮显示x参数,用标记值将其替换)

8. 请右键点击选中的文本。
9. 请从弹出菜单上选择Insert Token(插入标记)
10. 请从Custom(自定义)选项中插入Bcell LogPatient标记。
11. 请在公式中高亮选择文本modelParameters(模型参数)
12. 请右键点击选中的文本。
13. 请从弹出菜单上选择Insert Token(插入标记)
14. 请从Custom(自定义)选项中插入FITCMESF LinReg标记。
15. 请在公式前输入一个等号"="。

这时的公式看起来应该如图T27.26所示。

 

图T27.26  Formula for Calculating the Log MESF Value for the Patient Sample (用来计算病人样本的MESF对数值的公式)

图T27.26  Formula for Calculating the Log MESF Value for the Patient Sample (用来计算病人样本的MESF对数值的公式)

 

16. 请把BCell LogMESF Patient标记从Custom Tokens(自定义标记)窗口中拖到表2中Bcell Log MESF一列里的第4行。

该表格现在将显示通过我们刚刚创建的自定义标记公式计算出的B-Cell Log MESF(B-细胞MESF对数)值。我们现在要为Tcell LogMESF创建一个相同的公式。

17. 请在Custom Tokens(自定义标记)窗口中点击加号图标NewAdd来创建一个新的自定义标记。
18. 请把新的自定义标记命名为Tcell LogMESF Patient。
19. 请在Custom Tokens(自定义标记)窗口的Enter the Custom Token formula below(请在下方输入自定义标记公式)区域内右键点击。
20. 请从弹出菜单上选择Insert Function(插入函数)→LinearXtoY(x, [modelParameters])
21. 请在公式中高亮选择文本"x"。
22. 请右键点击选中的文本。
23. 请从弹出菜单上选择Insert Token(插入标记)
24. 请从Custom(自定义)选项中插入Tcell LogPatient标记。
25. 请在公式中高亮选择文本modelParameters(模型参数)
26. 请右键点击选中的文本。
27. 请从弹出菜单上选择Insert Token(插入标记)
28. 请从Custom(自定义)选项中插入FITCMESF LinReg标记。
29. 请在公式前输入一个等号"="。

这时的公式将看起来如图T27.27所示。

 

图T27.27  The Completed Custom Token Formula for Tcell LogMESF Patient (补全的针对Tcell LogMESF Patient的自定义标记公式)

图T27.27  The Completed Custom Token Formula for Tcell LogMESF Patient (补全的针对Tcell LogMESF Patient的自定义标记公式)

 

30. 请把TCell LogMESF Patient标记从Custom Tokens(自定义标记)窗口中拖到表2中Tcell Log MESF一列里的第4行。

该表格现在将显示通过我们刚刚创建的自定义标记公式计算出的T-Cell Log MESF(T-细胞MESF对数)值。

我们现在将创建一个自定义标记来为表2中的Bcell MESF以及Tcell MESF列计算线性MESF数值(回归是在对数坐标上计算的,但我们需要在绘图上反映的却是线性值)。

31. 请点击表2中的Bcell MESF列中的第4行。
32. 请在数据网格编辑器中输入公式"= 10^"。
33. 请在10^后右键点击。
34. 请从弹出菜单上选择Insert Token(插入标记)
35. 请从Custom(自定义)选项中插入Bcell LogMESF Patient标记。

这时的公式看起来应该如图T27.28所示。

 

图T27.28  Formula for Converting Log MESF Values to Linear MESF Values (把MESF对数值转换为MESF线性值的公式)

图T27.28  Formula for Converting Log MESF Values to Linear MESF Values (把MESF对数值转换为MESF线性值的公式)

 

36. 请对表2中Tcell MESF列中的第4行重复第31步到第35步,请使用Custom(自定义)类别中的Tcell LogMESF Patient标记。

表格现在就完整了,它应该看起来如图T27.29所示。

 

图T27.29  The Completed HLA Cross Match FITC MESF Data Table (完整的HLA与FITC MESF交叉对比的数据表格)

图T27.29  The Completed HLA Cross Match FITC MESF Data Table (完整的HLA与FITC MESF交叉对比的数据表格)

 

要在条形图中查看表格中的结果(图T27.30),请点击Bar Plots(条形图)版面页(如果想要更多地了解如何创建条形图,请查看条形图和散点图教程)。你会看到病人血清的B-Cell MESF数值比阴性对照略有提高,但远远在阳性对照下方。病人血清中的T-Cell MESF数值在阴性对照范围区间,也远远低于阳性对照。

 

图T27.30  Bar Charts Displaying the FITC MESF HLA Cross Match Data from B- and T-cells (显示B-细胞和T-细胞的FITC MESF HLA交叉对比数据的条形图)

图T27.30  Bar Charts Displaying the FITC MESF HLA Cross Match Data from B- and T-cells (显示B-细胞和T-细胞的FITC MESF HLA交叉对比数据的条形图)

 

接下来,我们将把以前创建的拟合保存下拉,以备在另一个版面中使用