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绘图数值

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在动力学绘图中默认的绘图数值是"中间数"参数，但很多情况下我们也想查看其它参数，例如平均值、几何平均值、计数值以及在阈值之上的百分比。在这一节中，我们将学习如何修改这些绘图数值以及如何根据门/标记来设定阈值。

本节中使用的样本数据文件可在教程样本数据库里找到。在这里要用到的版面文件是KineticsTutorialParameterSection.fey。版面中已经嵌入了kinetics10.010以及kinetics25.025样本数据，并且应用了Ca++比率参数数学公式。

 

1.请点击kinetics10.010 绘图，将其选中。
2.请右键点击绘图，从弹出菜单上选中Format(格式)。
3.请选择Overlays(叠加图层)类别选项。
4.请把Plotting Value(绘图数值)从Median(中间数)改为Mean(平均值)(图T21.14)。

 

图T21.14  Changing the Plotting Value (修改绘图数值)

图T21.14  Changing the Plotting Value (修改绘图数值)

 

5.请移动一下Formatting Overlays(格式化叠加图层)对话框，让kinetics10.010绘图处于可见状态。
6.请点击Preview(预览)。

这时绘图会进行更新，在Y-轴上显示Mean Ca++ Ratio(平均钙离子比率)。用户可以重复第1步到第6步来查看任何绘图数值。

7.请把Plotting value(绘图数值)修改为Count(计数值)。
8.请点击Preview(预览)。

选中计数值将对每个单位时间内所获得的事件数进行作图。这在进行质量控制、确保事件发生率始终一致时非常有用。注意到因为细胞数较少，数据中有很多波峰以及波谷。我们现在要修改一下分辨率，以便在恰当的分辨率下查看#Events/Time(事件数/时间)。

9. 请选中Kinetics Options(动力学选项)→Binned Plot Specific Options(区间化绘图特定选项)类别选项(在Formatting(格式化)对话框中)。
10. 请从Resolution(分辨率)下拉列表中把Y-轴分辨率改为32x32(请确保在列表中选中了Y-轴)。
11. 请点击OK。

这时的绘图应该看起来如图T21.15所示。计数值与时间图是查看样本流速的有效方法(该图可以显示样本是在何时被放在设备上的或在何时被从设备上拿走的，它也可以显示流速为何加快或降低)。请注意在数据采集开始时的波谷，它代表着样本被拿去加药；还有采集最后的尖峰，那时流速增加，因为细胞在数据采集过程中沉降而使细胞浓度增加。

 

图T21.15  Kinetics Plot Displaying Count vs. Time (动力学绘图显示计数值对时间图)

图T21.15  Kinetics Plot Displaying Count vs. Time (动力学绘图显示计数值对时间图)

 

现在我们要在一个新页以及新绘图上设置一个阈值，来把% Above Threshold(高于阈值百分比)作为绘图数值。

12. 请从页面标签卡上选择% Above Threshold(高于阈值百分比)。

这时用户会看到一个针对kinetics10.010的Kinetics Plot(动力学绘图)以及一个Density Plot(密度图)，其中Density Plot(密度图)上有两个门(图T21.16)。门的应用如下: Baseline(基线门)包括加入化学药物之前的事件。从门中获得的统计数据将作为绘制% Above Threshold(阈值以上百分比)绘图的基线值。Post Treatment Gate(药物处理之后门)包括了加入化学药物之后的事件。我们现在要对这个门中荧光信号高于基线的细胞百分比进行作图。

 

图T21.16  Kinetics and Density Plots with Thresholding Gates Applied (动力学绘图以及应用了边界值门的密度图)

图T21.16  Kinetics and Density Plots with Thresholding Gates Applied (动力学绘图以及应用了边界值门的密度图)

 

13. 请选中左边的动力学绘图。
14. 请右键点击动力学绘图。
15. 请从弹出菜单上选中Format(格式)。
16. 请选中Overlays(叠加图层)类别选项。
17. 请从Gate(门)下拉列表中选中"Post Treatment Gate(药物处理后)"门。
18. 请从Plotting Values(绘图数值)下拉列表中选中% Above Threshold(阈值以上百分比)。
19. 请在Threshold(阈值)字段点击标记图标T Button。
20. 请从Insert a Token(插入标记)对话框中的Custom(自定义)中选择"Y Median + 2 * SD(Y中间值 + 两倍的标准偏差)"(图T21.17)。 (Y中间值 + 两倍标准偏差自定义标记代表基线门的Y中间值加上两个基线门中的Y中间值的标准偏差。)

 

图T21.17  Choosing a Custom Token as a Threshold Value (选中自定义标记作为边界值)

图T21.17  Choosing a Custom Token as a Threshold Value (选中自定义标记作为边界值)

 

21. 请点击OK。

这时版面中的绘图应该看起来如图T21.18所示。绘图中现在显示的是在"药物处理后"门中的、Ca++比率参数高于Y-中间值加上两倍标准偏差的事件百分比。

 

图T21.18  Kinetics Plot Displayed as % Above Threshold (动力学绘图显示为边界值以上百分比)

图T21.18  Kinetics Plot Displayed as % Above Threshold (动力学绘图显示为边界值以上百分比)

 

在下一个练习中，我们将在动力学绘图上添加叠加图层并对动力学绘图进行格式化。