导出单个图片数值数据 |
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在本节中，你将会学到:
| • | 如何从CellProfiler中用数值的方式导出不是从96孔板中获取的一组单个图片。 |
这一部分适用于单个图片数据组，这组图片不是从96孔板上采集的，而是从玻片等试样上拍下来的。
在这一节中我们要用到的向FCS Express中导出数据的CellProfiler模块包括: LoadImages(导入图片)模块以及ExportToSpreadsheet(导出到电子表格)模块。通过本例设置好的管道文件可以在教程样本数据库中找到，其名称是Section4pipelineCOMPLETED.cp。这个设置好的、作为模板的管道可以用来和用户的管道进行比较。
我们要使用的样本数据集中的图片可在教程样本数据库中找到，其名称是"5 and 10 minute time point images(5分钟和10分钟时间点的图片)"。这些图片是基于CellProfiler样本中的样本实验"Human cytoplasm-nucleus translocation assay (SBS Bioimage) (人类细胞质-核易位实验(SBS Bioimage))" 。
我们将从CellProfiler中导出数据的步骤依据模块划分如下。导入Section4pipeline.cp后，请遵循以下步骤来修改管道，以便为向FCS Express导出做准备。
选择默认的输入和输出文件夹
为使FCS Express可以正确地导入你的数据，首先请保证在CellProfiler中设置的默认输入(存储你的图片的文件夹)以及输出文件夹是同一个文件夹(在Input/Output Folder(输入/输出文件夹)窗口中进行设置)。
注意: DefaultOUT.mat文件也将被导出到Output Folder(输出文件夹)。这个文件可在MATLAB中使用。如果你不想用这个文件，我们建议你将其删除，以节省硬盘空间。
设置LoadImages Module(导入图片模块)
要想让FCS Express通过管道读出你的数据，图片文件名中的元数据必须被提取出来。我们必须定义一个Regular Expression(一般表达式)，以便在下面步骤中使用到的文件名或数据路径中找到元数据:
| 1. | 请从Extract metadata from where?(从哪里提取元数据?)下拉列表中点击Channel2-。 |
| 2. | 请选择你想要使用的元数据。对本例来说，请选择File name(文件名称)。 |
| 3. | 请在Regular expression that finds metadata in the file name.(在文件名中寻找元数据的一般表达式。)字段中输入你想要使用的"Regular Expression(一般表达式)"。 在本例中，请使用"Channel2-(?P<time>[0-9]{2})-min.tif"，它会根据文件名为数据集中的图片指定一个"时间"参数。 |
ExportToSpreadsheet Module (导出到电子表格模块)
既然已经导入所有的图片并指定了元数据，用户现在即可让CellProfiler导出用户想要在FCS Express查看的测量数据。在本例中，我们将导出所有的测量数据。
| 4. | 请从下拉列表中选择Comma(逗号)(",")作为列分隔符。 |
| 5. | 请取消对Use the object name for the file name?(为文件名使用对象名？)的勾选。 |
| 6. | 请从Output file location(输出文件位置)下拉列表中选择Default Output Folder(默认输出文件夹)。 |
| 7. | 请取消对Export all measurements(导出所有测量数据)的点选。 |
| 8. | 请从Data to export(要导出的数据)下拉列表中选择Image(图片)。 |
| 9. | 请取消对Use the object name for the file name(使用对象名作为文件名)的勾选。 |
| 10. | 请输入Image_(图片_)。 |
| 11. | 请在"Image_"后右键点击。 |
| 12. | 请从一般表达式弹出菜单上选择time(时间)。 |
| 13. | 请在"time"后输入.cptoc 。 |
这时的文件名应该看起来如图T24.32所示。
图T24.32 Inserting the "time" Variable into the File Name (在文件名中插入"时间"变量)
注: "time(时间)"是一个你在LoadImages(导入图片)模块中定义的一般表达式中的一个值。使用一般表达式将为每个输出文件根据输入文件名称中的文本设置一个独一无二的名字。这将防止输出文件间的相互覆盖，并让FCS Express可以找到每个图片文件对应的图片蒙版。
| 14. | 请选择Add another data set(添加另外一组数据集)。 |
| 15. | 请从Data to export(要导出的数据)下拉列表中选择Nuclei(细胞核)。 |
| 16. | 请取消对Use the object name for the file name(为文件名使用对象名)的勾选。 |
| 17. | 请输入nuclei_(细胞核_)。 |
| 18. | 请在"nuclei_"后右键点击。 |
| 19. | 请从一般表达式弹出菜单上选择time(时间)。 |
| 20. | 请在"time"后输入.cpout 。 |
| 21. | 请选择Add another data set(添加另外一组数据集)。 |
| 22. | 请从Data to export(要导出的数据)下拉列表中选择Cells(细胞)。 |
| 23. | 请取消对Use the object name for the file name(使用对象名作为文件名)的勾选。 |
| 24. | 请输入cells_(细胞_)。 |
| 25. | 请在"cells_"后右键点击。 |
| 26. | 请从一般表达式弹出菜单上选择time(时间)。 |
| 27. | 请在"time"后输入.cpout。 |
这些都做完后，ExportToSpreadsheet(导出到电子表格)模块应该看起来如图T24.33所示。
图T24.33 ExportToSpreadsheet Module (导出到电子表格模块)
| 28. | 请选择Analyze images(分析图片)来运行管道。你的图片所在的文件夹将包括每个时间点对应的cells.cpout、nuclei.cpout以及Image.cptoc文件(图T24.34)。 |
注意: DefaultOUT.mat文件也将被导出到Output Folder(输出文件夹)。该文件是为了在MATLAB中使用。如果你不想用这个文件，我们建议你将其删除，以节省硬盘空间。
图T24.34 Example of Output Folder once CellProfiler Analysis is Complete (CellProfiler分析完成后的输出文件夹实例)
在最后一个练习中，我们将导入和分析单个图片数值数据。