导入单个图片数值数据 |
|
|
|
|
|
导入单个图片数值数据 |
|
|
|
导入单个图片数值数据
|
导入单个图片数值数据 |
|
|
|
|
|
导入单个图片数值数据 |
|
|
|
|
|
||
在本节中，你将会学到:
| • | 如何把数据导入到FCS Express第4版中，以便查看二维绘图以及一维绘图。 |
这一部分适用于单个图片数据组，这组图片不是从96孔板上采集的，而是从玻片等样本上采集的。
在CellProfiler中调整了导出设置并运行了管道后，你便可以来分析图片，把数据导入到FCS Express第4版中。
| 1. | 请把Section4pipelineCOMPLETED.cp管道文件导入到CellProfiler中。 |
| 2. | 请在CellProfiler中选择默认的输入和输出文件夹。 |
| 3. | 请在CellProfiler中分析图片。 |
把单个图片实验导入到FCS Express中
在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)做一点解释:
用户应该通过以下方式来激活File selection(文件选择)对话框:
| A. | 请来到Application Button(应用程序按钮)→Edit Preferences(编辑选项)→General(常规)。 |
| B. | 请选中Always show a file selection dialog when opening new plots or showing a window that uses a data file(在打开新的绘图或者显示一个实验数据文件窗口时总是显示文件选择对话框)复选框。 |
(启用这个功能不是使用FCS Express时必须要选择的条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便起见。)
| 4. | 请打开FCS Express第4版。 |
| 5. | 请打开Edit Preferences(编辑选项)对话框，然后从Data Loading(数据导入)类别选项中选择Cell Profiler Options(CellProfiler选项)(图T24.27)。 |
| 6. | 请从delimiter(分隔符)下拉列表中选择csv(逗号分隔值)。 |
| 7. | 请取消对Load path names from Cell Profiler table of contents file(从CellProfiler内容列表文件中导入路径名)复选框的勾选。 |
注: 本例中没有和数据相关的图片，所以是否勾选Load Images(导入图片)复选框影响不大。
| 8. | 请点击OK，关闭Edit Preferences(编辑选项)对话框。 |
这些都做完后，对话框看起来应该如图T24.35所示。
图T24.35 Data Loading Options for Data Only Importing (只导入数据的数据导入选项)
| 9. | 请选择Insert(插入)→2D Plots(二维绘图)→Dot(点状图)(图T24.36)命令。 |
图T24.36 Inserting a Dot Plot (插入点状图)
| 10. | 请在版面上任何地方点击，这时会出现Select a Data File(选中数据文件)对话框。 |
| 11. | 请来到你保存CellProfiler输出数据的Default Output Folder(默认输出文件夹)。 |
| 12. | 请在Files of type:(文件类型:)下拉列表中选中Cell Profiler(*.cpout)。 在本例中，它们的名称分别为cells_05.cpout和nuclei_05.cpout(图T24.37)。 |
图T24.37 Select a Data File Dialog (选择数据文件对话框)
| 13. | 请选择cells_05.cpout。 |
| 14. | 请点击Open(打开)。 |
注: 在本例中, 我们将使用cells_05.cpout文件, 该文件将显示在CellProfiler中被IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块归为5分钟时间点的对象的数据, 这一模块对应于整个细胞区域。 文件nuclei_05.cpout将显示CellProfiler中被IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块归为5分钟时间点的对象的数据, 这个模块对应于细胞的细胞核区域。
| 15. | 请从X-Axis parameter(X-轴参数)选框中选择AreaShape_Area(面积图形_面积)(图T24.38)。 |
| 16. | 请从Y-Axis parameter(Y-轴参数)选框中选择Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)(图T24.38)。 |
| 17. | 请点击OK。 |
图 T24.38 Open 2D Plots Dialog (打开二维绘图对话框)
这时在版面上会出现一个Dot Plot(点状图)，显示数据被成功导入 (图T24.39)。
图 T24.39 Dot Plot Created for cells_05.cpout (为cells_05.cpout创建的点状图)