导入和分析96孔图片 |
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在CellProfiler中调整了导出设置并运行了管道后，你可以把数据导入到FCS Express第4版中。FCS Express仅仅只需要关于实验设置的另外一条信息。CellProfiler现在还不能以在实验中用到的细胞板格式导出。一些标准的细胞板格式定义可以在FCS Express网站下载。在本例中，我们将使用一个96孔板模板，用户可在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库)中找到这个模板，其名称是Experiment.ini。细胞板格式定义文件必须被命名为Experiment.ini，并且放置到用户在CellProfiler中定义的Default Output Folder(默认输出文件夹)中(图T24.6A)。
| 1. | 请从CellProfiler Examples(CellProfiler样本)网站下载样本数据。 |
| 2. | 请把Section1pipelineCOMPLETED.cp管道文件导入到CellProfiler中。 |
| 3. | 请在CellProfiler中选择默认的输入和输出文件夹，以便导入和存储数据，如图T24.1所示。 |
| 4. | 请在CellProfiler中分析图片。 |
把96孔板拍照实验导入到FCS Express中
在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)进行一下解释:
必须通过以下方式来激活File selection(文件选择)对话框:
| A. | 请来到 Application Button(应用程序按钮)→Edit Preferences(编辑选项)→General(常规)。 |
| B. | 请选中Always show a file selection dialog when opening new plots or showing a window that uses a data file(在打开新的绘图或者显示一个实验数据文件窗口时总是显示文件选择对话框)复选框。 |
(启用这个功能不是使用FCS Express时必须要选择的条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便起见。)
| 5. | 请打开FCS Express第4版。 |
| 6. | 请打开Edit Preferences(编辑选项)对话框，然后从Data Loading(数据导入)类别选项中选择Cell Profiler Options(CellProfiler选项)(图T24.7)。 |
| 7. | 请从delimiter(分隔符)下拉列表中选择csv。 |
| 8. | 请点选Load Images(导入图片)复选框。 |
| 9. | 请取消对Load path names from Cell Profiler table of contents file(从CellProfiler内容列表文件中导入路径名)复选框的勾选。 |
| 10. | 请点击OK，关闭Edit Preferences(编辑选项)对话框。 |
图T24.7 CellProfiler Data Loading Options for a 96 Well Plate Experiment with Images (96孔细胞板图片实验对应的CellProfiler数据导入选项)
| 11. | 请选择Insert(插入)→Other Plots(其它绘图)→Heat Map(热图)命令(图T24.8)。 |
图T24.8 Choosing to Insert a Heat Map (选择插入热图)
| 12. | 请在版面上任何地方点击，这时会出现Select a Data File(选中数据文件)对话框。 |
| 13. | 请来到你保存CellProfiler输出数据的Default Output Folder(默认输出文件夹)。 |
| 14. | 请在Files of type:(文件类型:)下拉列表中选中Cell Profiler(*.cpout)(图T24.9)。这时会出现CellProfiler输出的那些文件的图标。在本例中，它们的名称分别为cells.cpout以及nuclei.cpout。 |
图T24.9 Choosing CellProfiler Files (选中CellProfiler文件)
| 15. | 请选中cells.cpout。 |
| 16. | 请点击Open(打开)。 |
注: 在本例中，我们将使用cells.cpout文件，该文件将显示在CellProfiler中归为IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块中的对象的数据，这一模块对应于整个细胞区域。文件nuclei.cpout将显示CellProfiler中归为IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块中的对象的数据，这个模块对应于细胞的细胞核区域。
| 17. | 请在Open 2D Plots(打开二维绘图)对话框中点选你希望在热图中查看的Y-Axis Parameter(Y-轴参数)。在本例中，请选择Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)(图T24.10)。 |
图T24.10 Opening a Heat Map and Choosing the Y-Axis Parameter from the Open 2D Plots Dialog (打开热图，然后从"打开二维绘图"对话框中选择Y-轴参数)
| 18. | 请点击OK。 |
这时在版面上会出现一个热图，显示数据被成功导入(图T24.11)。
图T24.11 Example of a Heat Map Generated from CellProfiler Data (由CellProfiler数据生成的热图实例)
现在可以通过使用Gating(门操作)→Create Gates(创建门)→Well(细胞孔)命令来为热图应用门。插入一个基于细胞孔门的二维绘图将让用户可以像在点状图中那样查看数据，或者像在图像绘图中那样查看图像 (图T24.12)。
图T24.12 A Heat Map from CellProfiler Data with Corresponding Dot and Picture Plots (由CellProfiler数据生成的热图以及相应的点状图和图像绘图)
接下来，我们将从CellProfiler中导出图片。