在FCS Express中分析ImageJ数据的工作流程：

下面的流程图表明了，DNSMacroExample.ijm宏可以用来将ImageJ数据，以FCS Express可读的.ijout文件格式输出(图T28.116)。DNS-IJXwriter.xlsm宏可以用来定义分组图片间的关系。

 

 

 

安装一ImageJ宏：

要用于FCS Express中的ImageJ宏，可从http://www.denovosoftware.com/site/imageJ.shtml网站下载。

在ImageJ中安装宏的步骤：

 

现在，该宏将被安装到ImageJ工具栏中。要详细了解ImageJ，请参见ImageJ网站(http://rsbweb.nih.gov/ij/index.html)。

 

 

文件夹结构和文件命名：

 

文件名称：

DNSExampleMacro将用原始图像名称来命名任何输出的文件名称(.ijout文件)和文件夹名称。例如，如果您原始图像的名称是DapiImage#1.tif，ImageJ输出的文件将被名称为DapiImage#1.ijout，创建的文件夹将被命名为DapiImage#1，文件夹中包含一.results.txt文件(其名称是DapiImage#1.results.txt)和一掩模图像(其名称是DapiImage#1.mask.tif)。注意：.ijout文件的名称和包含结果的文件夹的名称必须一样。

 

导入文件(文件夹结构)：

在FCS Express User Options(FCS Express用户选项)→Data Loading(数据导入)→ImageJ Options(ImageJ选项)中，来选择如何导入您的数据(图T28.117)。

 

 

通过选择Load Images(导入图片)或者Load background images(导入背景图片)，来决定是只导入原始数据(Load Images(导入图片)不选中)，或者原始数据加上原始图像(Load Images(导入图片)要选中)，还是导入背景(Load background images(导入背景图片)被选中，来导入背景)。

 

"Load path names from ImageJ table of contents file(来自内容文件ImageJ表格的导入路径名称)”表明，您想在导入数据文件的同时，也将完整的文件路径导入(文件路径是在从ImageJ中输出时，就决定了的)。后面，如果您移动了包含数据的文件或者文件夹，请不要选中这一按钮。要使用不带有路径名称(路径名称来自内容文件的ImageJ表格)的数据，下面的这些文件必须处在同一文件夹中，且必须在同一水平上，如图T28.118：

 

 

 

注意：.ijout文件的名称和包含结果的文件夹的名称必须一样。来自同一张图片，但因为有多个分段，因此会产生多个.ijout文件和结果文件夹。在不复制图片数据组的情况下，运行同一原始图片组的多个分段也是可行的。

 

 

 

使用基于细胞盘的数据：

 

如果.ijx文件代表一细胞盘，与一微孔相关联的文件行，必须相继进行分组。例如，如果文件与带有D05和H04微孔的细胞盘相关，D05的所有通道必须组成一行，接着，另一行包含H04的所有通道。

 

如果ijx文件代表一细胞盘，最后一行必须带有细胞盘的信息，从第一列开始，使用“ #”和“Plate Info”。紧接着，是'Rows'文本，在细胞盘中的行位置，'Columns'文本，和细胞盘中的列位置。例如： #Plate Info,Rows,8,Columns,12。请参见图T28.119来查看这一示例。

 

 

 

.ijx计划的名称，可以进行自定义。在DnsAnalysisCreator.ijm的底部，您可以发现：

 

// This function returns the name of the automatically generated .ijx file(这一功能将自动返回生成的.ijx文件名称)。

function getExporterFilename() {

return "FileListForDnsExporter"；

 

修改“return "XXXX;”中的文本，X代表您想要的文件名，将其改变为自定义文件名。

 

如果DNS宏文件安装在ImageJ中(Plugins(插件)→Macros(宏)→Install(安装))，一带有“De Novo Software Analysis Configuration File Creator(De Novo Software分析配置文件创造者)”提示的蓝色矩形框，将出现在工具栏中(图T28.120)。