导入和分析96孔图片
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在CellProfiler中，调整了导出设置并运行了管道后，你可以把数据导入到FCS Express第５版中。FCS Express只需要关于实验设置的另外一项信息 。CellProfiler现在还不能以实验中用到的细胞板格式导出。一些标准的细胞盘格式定义可以在FCS Express网站下载。在本例中，我们将使用一个96孔细胞盘模板，用户可在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库)中找到这个模板，其名称是Experiment.ini。细胞盘格式定义文件必须被命名为Experiment.ini，并且放置于您在CellProfiler中定义的Default Output Folder(默认输出文件夹)中(图T24.6A)。
| 1. | 请从CellProfiler Examples(Cell Profiler样本)网站下载样本数据。 |
| 2. | 导入Section4pipelineCOMPLETED.cp管道文件导入到CellProfiler中。 |
| 3. | 请在CellProfiler中选择默认输入和输出文件夹，以便导入和存储数据，图T24.1。 |
| 4. | 在CellProfiler中分析图片。 |
把96孔细胞盘成像实验导入到FCS Express中
在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)做一点解释：
File selection(文件选择)对话框必须激活：
| A. | 通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。 |
| B. | 在Files/Directories(文件/路径)项目类别 中选中"When creating a new plot, always display the selection dialog(当创建一新绘图，总是显示选择对话框)”复选框。 |
(启用这个功能不是使用FCS Express的必需条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便)
| 5. | 打开FCS Express第五版。 |
| 6. | 通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。 |
| 7. | 请从Data Loading(数据导入)项目类别中选择Cell Profiler Options(Cell Profiler选项)(图T24.7)。 |
| 8. | 请从delimiter(分隔符)下拉列表中选择csv(逗号分隔符)。 |
| 9. | 选中Load Images(导入图片)复选框。 |
| 10. | 取消对Load path names from Cell Profiler table of contents file(从内容文件的Cell Profiler表格中，导入路径名)复选框的选择。 |
| 11. | 点击OK，来关闭FCS Express User Options(FCS Express用户选项)对话框。 |
Figure T24.7 CellProfiler Data Loading Options for a 96 Well Plate Experiment with Images
| 11. | 请选择Insert(插入)→Other Plots(其它绘图)→Heat Map(热图)命令 (图T24.8)。 |
Figure T24.8 Choosing to Insert a Heat Map
| 12. | 请在版面上任意位置点击，Select a Data File(选择一数据文件)对话框将出现。 |
| 13. | 请来到你保存从CellProfiler输出数据的Default Output Folder(默认输出文件夹)。 |
| 14. | 在Files of type(文件类型)下拉列表中，更改文件类型为Cell Profiler (*.cpout)(图T24.9)。这时会出现CellProfiler输出的那些文件的图标。在本例中，它们的名称分别为cells.cpout和Nuclei.cpout。 |
Figure T24.9 Choosing CellProfiler Files
| 15. | 选中cells.cpout。 |
| 16. | 点击Open(打开)。 |
注意：在本例中，我们将使用cells.cpout文件，该文件将显示在CellProfiler中归为IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块中的数据，这一模块对应于整个细胞面积。文件nuclei.cpout将显示CellProfiler中归为IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块中的数据，这个模块对应细胞的细胞核区域。
| 17. | 请在Open2D Plots(打开二维绘图)对话框中， 选择您想要在热图上查看的Y-Axis Parameter(Y-轴参数)。对本例来说，我们选择Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)(图T24.10)。 |
Figure T24.10 Opening a Heat Map and Choosing the Y-Axis Parameter from the Open 2D Plots Dialog
| 18. | 点击OK。 |
这时在版面上会出现一个热图，表明数据被成功导入(图T24.11)。
Figure T24.11 Example of a Heat Map Generated from CellProfiler Data
现在可以通过使用Gating(门操作)→Create Gates(创建门)→Well(细胞孔)命令，来为热图圈门。插入一个基于细胞孔门的二维绘图，可让用户像在点状图中那样查看数据，或者像在图像绘图中那样查看图像 (图T24.12)。
Figure T24.12 A Heat Map from CellProfiler Data with Corresponding Dot and Picture Plots
下一章节，我们将从CellProfiler中导出单个图片。