导入单个图片数值数据
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在本节中，你将会学到：
| • | 如何把数据导入到FCS Express第５版中，以便查看二维绘图和一维绘图。 |
这一部分适用于单个图片数据组，这组图片不是从96孔细胞盘上采集的，而是从例如一个玻片上拍下来的。
在CellProfiler中调整了导出设置并运行了管道后，你便可以来分析图片及把数据导入到FCS Express第５版中。
| 1. | 导入Section4pipelineCOMPLETED.cp管道文件到CellProfiler中。 |
| 2. | 请在CellProfiler中选择默认的输入和输出文件夹。 |
| 3. | 在CellProfiler中分析图片。 |
把单个图片实验导入到FCS Express中
在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)做一点解释：
File selection(文件选择)对话框必须激活：
| A. | 通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。 |
| B. | 在Files/Directories(文件/路径)项目类别 下，选中"When creating a new plot, always display the selection dialog(当创建一绘图，总是显示选择对话框)”复选框。 |
(启用这个功能不是使用FCS Express的必需条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便)
| 4. | 打开FCS Express第五版。 |
| 5. | 通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。 |
| 6. | 从Data Loading(数据导入)项目中选择Cell Profiler Options(Cell Profiler选项)(图T24.35)。 |
| 7. | 从delimiter(分隔符)下拉列表中选择csv(逗号分隔符)。 |
| 8. | 取消对Load path names from Cell Profiler table of contents file(从内容文件的Cell Profiler表格中，导入路径名)复选框的选择。 |
| 9. | 点击OK，来关闭FCS Express User Options(FCS Express用户选项)对话框。 |
注意：本例中没有和数据相关的图片，所以Load Images(导入图片)复选框必需处于非选中状态。
这些都做完后，对话框看起来应该如图T24.35所示。
Figure T24.35 Data Loading Options for Data Only Importing
| 9. | 请选择Insert(插入)→2D Plots(二维绘图)→Dot(点状图)命令(图T24.36)。 |
Figure T24.36 Inserting a Dot Plot
| 10. | 请在版面上任意位置点击，Select a Data File(选择一数据文件)对话框将出现。 |
| 11. | 请来到你保存CellProfiler中输出数据的Default Output Folder(默认输出文件夹)。 |
| 12. | 在Files of type(文件类型)下拉列表中，更改文件类型为CellProfiler (*.cpout)。在本例中，它们的名称分别为cells_05.cpout和nuclei_05.cpout(图T24.37)。 |
Figure T24.37 Select a Data File Dialog
| 13. | 选中cells_05.cpout。 |
| 14. | 点击Open(打开)。 |
注意：在本例中, 我们将使用cells_05.cpout文件, 该文件将显示在CellProfiler中，被IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块归为5分钟时间点对象的数据, 这一模块对应于整个细胞区域。文件nuclei_05.cpout将显示CellProfiler中，被IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块归为5分钟时间点对象的数据，这个模块对应于细胞的细胞核区域。
| 15. | 从X-Axis parameter(X-轴参数)栏选择AreaShape_Area(面积形状_面积)(图T24.38)。 |
| 16. | 请从Y-Axis parameter(Y-轴参数)Y-栏选择Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)(图T24.38)。 |
| 17. | 点击OK。 |
Figure T24.38 Open 2D Plots Dialog
此时，一点状图会出现在版面上，表明数据被成功导入 (图T24.39)。
注意：通过选择Format(格式)栏中的Plot Options(绘图选项)→Overlay(数据层)，您可以轻松的更改点状图大小。
Figure T24.39 Dot Plot Created for cells_05.cpout
下一个练习中，我们将为cellProlifer选择特定参数。