在研究不同处理方式诱导的细胞增殖时常用的方法之一是染料稀释技术。在这个技术中,实验人员关心的细胞(通常是T-细胞)被统一地用一种染料(通常是CFSE或者CellTrace、PKH)进行标注。细胞每进行一次分裂,染料便被平均分配到两个子细胞中。因此,随着时间的推移,进行了分裂的细胞群的特征信号峰将比未分裂的细胞群的信号峰强度要弱。在FCS Express中的增殖模块可执行复杂的曲线拟合,来定量描述细胞群的分裂特征。该功能可以方便地决定分裂细胞的比例,以及其他统计数据。

 

在本章教程中,我们将学习在批处理中,如何应用这一算法、创建增殖统计、格式化绘图数据和生成发布质量报告。

 

 

版面设计和门操作策略说明:

   

下面已经列出本教程要用到的版面,可在Tutorial Sample Data(教程样本数据)文件夹下的Proliferation Tutorial(增殖教程文件夹)中找到。

 

Proliferation Tutorial Fitting Proliferating Cells Section.fey版面
Proliferation Tutorial Formatting Section.fey版面
Proliferation Tutorial for Batch Processing.fey版面

 

此版面已经被最优化,来让用户更方便的使用,优化时我们假设用户已经对FCS Express中的基本数据分析很熟悉了。数据集中的样本列于下面,它们用了SYTOX AADvanced染色(活/死细胞)、CD4-Alexa 488染色和CellTrace Violet颜色(增殖染料)。

 

Unstained Control.fcs(未染色对照文件)
10 uM CellTrace Violet Control.fcs
10 uM CellTrace Violet Stimulated Control.fcs
10 uM CellTrace Violet Stimulated Sample.fcs

 

在版面的Gating(门操作)页上,最上面的两个绘图使用来SSC-H、FSC-H和SYTOX AADvanced-H参数,来自定义分析中的活细胞。Gating(门操作)页中间行的绘图是一个逆转的灰色密度图(左边)和一个彩色点状图(右边)。这两个绘图对形象化细胞传代数据和进一步分析增殖数据很有用。最后的两个绘图是针对CellTrace Violet-H参数的两个柱状图:其中一个柱状图含有一个链接到Non Proliferating Control(无增殖对照)门(M1)的标识,其名称是“Proliferation Histogram”;另一个柱状图名称为"Background Noise Histogram",包含一个背景噪声的标识。(请注意,"Background Noise Histogram"仅在Proliferation Tutorial Fitting Proliferating Cell.fey版面中可见,在其他版面中,可在hidden page(隐藏页面)处找打它)。此增殖数据页面包含一预先插入的增殖绘图。针对Batch Processing.fey版面的增殖教程已经在前三个增殖教程中,完成了所有的步骤,因此用户可直接对这些数据进行批处理。

 

现在,我们将学习如何插入一增殖绘图及如何将一柱状图转换成一增殖绘图