软件补偿并不是对所有补偿问题都有效。对于高分辨率的线性数据（大于1024个通道），软件补偿能够最好的工作。补偿只能在线性数据中执行。因此，以对数形式储存的数据 ( FCS 2.0数据文件有时会出现这种情况) 必须先转换成线性数据，才能进行补偿。由对数向线性的转换，有可能产生舍入误差。此外，储存的数据如果少于1024个通道，那么它很难通过软件来进行精确补偿。但是，大多数储存为1024通道或更高通道的数据，可以进行软件补偿。

 

要更详细的了解如何在FCS Express中执行补偿，请参见常见问题（FAQ） at http://www.denovosoftware.com/site/compensationdetails.shtml.