如果运算规则发现有很大一群事件是噪音信号(增殖柱状图上用浅蓝色显示),用户可以修改Proliferation Fit Parameters(增殖拟合参数)来改进模型的拟合。
要格式化一增殖柱状图上的拟合参数:
1. | 右击增殖柱状图,然后从弹出菜单选择Format(格式)命令。 |
2. | 点击Proliferation(增殖)旁边的三角形,来展开该项目。 |
3. | 要修改拟合模型,请选择Fit Parameters(拟合参数)项目(图262)。 |
Figure 26.2 Formatting Proliferation Fit Parameters
在Fit Parameters(拟合参数)一页,用户可以修改和算法相关的一系列属性,包括:
• | 选择Maximum number of peaks(最多数据峰的数目)来计算。 |
• | 决定是否使用Fixed CV(固定变差系数)和/或Same CV for All Peaks(为所有数据峰使用相同的变差系数)。 |
• | 使用Fixed Peak Ratio(固定的数据峰比率)和/或Same Peak Ratio for All Peaks(为所有数据峰选择相同的比率)。 |
• | 为Fixed Starting Generation(固定起始细胞代数)和/或Background Noise(背景噪音)设置参数。 |
以下是一个拟合算法工作原理的简单描述,它可帮助用户设置属性:
• | 拟合过程以找到尚未分裂的细胞群在哪里为开始。用户可以手动设置来寻找峰值,拟合过程也可自动进行该步骤。在一些情况下,用户必须手动设置该项,因为可能细胞群中没有尚未分裂的细胞。 |
• | 找到未分裂的细胞群后,该模型会寻找荧光值彼此降低了50%的那些细胞群。因为不是所有实验均按原理进行,模型会从50%这个数值看起,但也会左右稍微移动一些来锁定真正的数据峰。用户可通过使用Same Peak Ratio for All Peaks(为所有数据峰选择相同的比率)选项来控制该操作。 |
• | 要找到一数据峰,该模型在对比每个峰和未分裂细胞峰的宽度时,做出一些假设。用户可用Same CV for All Peaks(为所有数据峰使用相同的变差系数)选项控制这些设置。 |
• | 如果用户提供一个背景荧光数值,该模型可从所有计算中减去背景荧光。 |
• | 因为算法使用实际的柱状图轮廓来进行拟合,柱状图数据不应该做平滑处理。只有在特殊情况下,例如当原始数据噪音很大时,才应该使用一点平滑处理,以使模型更好地拟合数据。 |
• | 模型包括的这些选项,是为了让模型适用更广泛的数据源和生物学行为。因此,要获得最好的拟合,选择正确的初始设置很重要。在实践中,该过程常常是用尝试法,直到参数设置可提供最好的拟合为止。 |
• | 两种检查拟合好坏的方法是眼睛观察(做一个大概批判)和增殖拟合统计。 |