CellProfiler针对FCS Express的知识库

 

我们能理解学习新的软件会很困难，比如CellProfiler。以下是用户在导出FCS Express Image Cytometry(FCS Express 图像流式)时可能遇到的一些常见问题和导出错误。6Image Cytometry.如果您有与在CellProfiler中创建管道相关的特定问题请参考CellProfiler的网站http://www.cellprofiler.org/或者访问他们的用户支持论坛，网址为http://cellprofiler.org/forum/。您还可以在以下位置找到一个涵盖CellProfiler分段细节的网络研讨会:CellProfiler网络研讨会

 

文件输出和组织：

 

文件扩展名:

•文件后缀".cptoc"代表CellProfiler Table of Contents(CellProfiler内容表格)，而".cpout"代表CellProfiler Output(CellProfiler输出)。"Image.cptoc"文件中保存了在管道中处理的所有对象的位置以及图片数目的信息，而单个"XXXXXX.cpout"存储单个对象以及分析相关的实际列表模式数据。
•每个在CellProfiler中定义的对象模板都应该有一个独立的".cpout"文件并且仅仅一个"图像.cptoc"。

文件夹架构：

在CellProfiler中处理图像后，如果选择加载图像，FCS Express必须能够访问原始图像。(图T24.67)。

•原始映像文件应存储在包含.cptoc，cpout和图像掩码文件的同一文件夹中。
Figure T24.67  CellProfiler Data Loading Options

Figure T24.67  CellProfiler Data Loading Options

 

使用将对象转换为图像模块：

•为了使FCS Express从“将对象转换为图像”中正确导入图像(masks)遮片图像(masks)遮片,模块名称输出映像名称必须与选择输入对象名称相同，并区分大小写，如下图T24.68所示。
Figure T24.68  ConvertObjectsToImage Module: Naming the output image the same as the input object.

Figure T24.68  ConvertObjectsToImage Module: Naming the output image the same as the input object.

 

命名文件及一般表达式

•一般表达式的输出名字：微孔、行、列可能只适用于基于96孔板或者拼接图像的实验。将这些名称用于任何单一的图像实验，将导致一个非-工作输出。请点击以下链接来查看"Regular Expression(一般表达式)"教程以及如何翻译一般表达式。

 

•您的.cpout文件的名字必须以您正导出的对象数据名称开始，可能会只包含对象名称和一般表达式。例如：文件名是nuclei.cpout和nuclei_{FT3}.cpout将产生一个正确的输出，但dataset1nuclei.cpout或nuclei_{FT3}.cpout将导致一个非-工作输出。

 

•使用基于细胞盘的数据：
o一般表达式的名字Row(行)和列当输出的板子数据中，就是用它。这些名称通过在图像名称中找到的行字母和列号来定义图像的印版位置。在下面的图T24.69中，在蓝色圆圈中找到原始图像名称，而基于行和列正则表达式的图像掩码名称可以在红色圆圈中找到。
o
Figure T24.69  NucleiLabel and CellLabel image mask .tiff files have been created for every well of the plate. The file names reflect the Row and Column numbers for the CellLabels (Red Oval) based on the original images (Blue Oval).

Figure T24.69  NucleiLabel and CellLabel image mask .tiff files have been created for every well of the plate. The file names reflect the Row and Column numbers for the CellLabels (Red Oval) based on the original images (Blue Oval).

 

 

•使用Tiled图片：

 

o当重新拼接一系列的平铺图片时，FCS Express会使用保存在文件名称中的信息，来将图片正确的拼接在一起。尤其是后面跟有编号的"row"和 "col"信息，表明了平铺图片在大图片中的位置。平铺图像的编号必须从0_0开始，例如row00_col00。下面是这个命名约定的几个例子：

         mytiledimage_row00_col00.tif

         mytiledimage_row00_col01.tif

         mytiledimage_row00_col02.tif

 

 上面的三个文件名称代表前三个平铺小图片，这可由它们的"row"和"col"位置来证明。如果可能，在获取图片的同时，请为平铺图片添加"row"和"col"字样及相关的位置；或者，在获取后，手动为文件重命名或者使用一个重命名程序。

•Working with Plate Based Data That Contains Images from Multiple Field Locations Within the Well
oThe regular expression namesRow and Column (for the well locations) and row and col (for the well image location)当输出的板子数据中，每个微孔带有多个图片位置，就是用它。These names define the plate location of the well by Row Letter and Column Number and the image location within the well by row and col found in the image name.、多孔图像位置的编号必须从0_0开始，例如row00_col00。
o
Figure T24.70  CellLabel image mask .tiff files have been created for every well of the plate. The file names reflect the Row and Column letters and numbers as well as the image location Row and Col numbers for the CellLabels (Red Oval) based on the original images (Blue Oval).

Figure T24.70  CellLabel image mask .tiff files have been created for every well of the plate. The file names reflect the Row and Column letters and numbers as well as the image location Row and Col numbers for the CellLabels (Red Oval) based on the original images (Blue Oval).

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