Defining a SPADE transformation(定义SPADE转换)

SPADE在FCS Express中显示，是通过Transformations导航器。

下面的步骤概述了为您的数据创建新的SPADE转换的过程：

 

1.打开转换浏览器，通过选择Tools(工具)标签→ Transformations → Transformations命令(图2971, Step 1)。此转换浏览器将如下图所示打开。
2.点击与蓝色加号按钮相邻的greenplus下拉箭头(图下面的step2)。

 

3.点击下拉列表中的SPADE(如下图, Step 3).

 

Figure 29.73 Initial steps to create a SPADE transformation.

Figure 29.73 Initial steps to create a SPADE transformation.

 

SPADE对话框现在将出现在转换浏览器，如图29.72。

 

Figure 29.74 The SPADE dialog in the Transformations navigator.

Figure 29.74 The SPADE dialog in the Transformations navigator.

 

 

新的SPADE转换命名为默认的New SPADE但也可通过下面的方法之一简单的重命名:

•右击需要重命名的 SPADE转换→选择Rename(重命名)。
•选择需要重命名的 SPADE转换，可以通过左键和按键盘上的F2键进行操作。
•选择需要重命名的 SPADE转换，重命名可以通过左键和点击NewRename转换工具栏的按钮。

 

1.为SPADE转换 选择一个模板，可通过点击Template File文本框右侧的省略号来选择(图29.)73)。

 

将使用可用参数的列表填充SPADE对话框，以根据模板文件中的可用参数执行SPADE(图如下所示)。

 

Figure 29.75 When a template file is selected, the possible parameters to perform a SPADE transformation are automatically listed in the SPADE dialog.

Figure 29.75 When a template file is selected, the possible parameters to perform a SPADE transformation are automatically listed in the SPADE dialog.

 

2.通过选中参数名称旁边的框，选择在SPADE转换中使用的参数(图29.74, Point 1)。
3.如果需要，选择或改变每一个选择参数的相应的参数缩放选项(Parameter Scaling Options)(如下图第2步)。

 

现在可以设置选项来自定义转换。

 

Options(选项)

Description(描述)

Gate(门)

允许用户仅对特定门内的事件运行SPADE。

Number of Clusters(聚集数)

表示SPADE树的节点数。

Maximum Iterations(最多迭代次数)

设置FCS Express在退出聚类过程之前应该执行的最大迭代次数。

Min Percent of Cells Per Cluster

定义聚类的最小大小(按百分比)，应为0到100之间的值。

Specify Density Percentiles(指定密度百分位数)

默认情况下，此选项被选中，因此用户可以输入Min Density和Target Density值。若此选项未被选中，Sample Size(样本大小)可以代替这两个值被定义。允许用户定义密度相关的缩减采样。可以输入0到1的值，代表0-100％。

Min Density

如果一种细胞的局部密度*比这个值小，它将被排除在二次抽样之外。

Target Density(目标密度)

如果一种细胞的局部密度比Min Density百分比大，比目标 密度图小，它将被二次抽样选择。当一种细胞的局部密度比目标密度大，将随机选择子采样，其概率等于目标 密度的比率：局部密度

样本大小

表示在执行SPADE时要进行子采样的细胞数。如果使用这个选项，Min Density和目标密度会被判断去选择细胞。如果指定的样本大小高于可用事件的数量，SPADE将在所有可用事件上运行。请注意，可用事件的数量由Gate选项指定。被输入的最小值是10。

自动计算SPADE

默认情况下，SPADE对话框中的选项发生变化时，SPADE将重新计算。FCS Express允许用户禁用SPADE的自动计算，并在需要时手动计算SPADE。要推迟计算SPADE算法，请取消选中该框。自动计算SPADE这样做后，将对您展示Calculate SPADE按钮,可按需要按需计算SPADE。

请注意，此选项仅在SPADE对话框中进行更改时才调整自动更新。如果SPADE在门上计算，并且该门被移动或调整大小，则SPADE将自动重新计算，与此选项无关。如果您想在门移动/调整大小时避免SPADE自动更新，请参阅本手册的“Live Updating Gate”一章。

*细胞的局部密度是距离计算局部密度的细胞的距离阈值内的其它单元的数量。自动确定阈值距离作为所有单元格的随机样本中所有成对距离的中值。

 

4.(选择的)从Gate下拉菜单中选择一个门仅能在门内的事件上运行SPADE(下图所示, Point 3)。

 

5.输入Number of Clusters(聚集数)的值(如下图, Point 4).

 

6.输入Maximum Iterations(最多迭代次数)的值(如下图, Point 5).

 

7.(可选) 改变Min Percent of Cells Per Cluster(每个聚类最少比例细胞)的值 (下图所示Point6)。

 

8.选中Specify Density Percentiles(指定密度百分位数)旁边的框，输入Min Density(最小密度)和和目标密度的值(目标密度)的值范围从0到1(如下图, Point 7).

 

9.不选中Specify Density Percentiles(指定密度百分位数)输入Sample Size(样本大小)的值(下图所示Point8)。如果使用的事件数小于输入的值，则该字段将更新为实际的子采样事件数。

 

Figure 29.76 Steps to complete the SPADE dialog.

Figure 29.76 Steps to complete the SPADE dialog.

 

现在已经定义了SPADE转换，并将在将其应用于热图时自动计算。此外，SPADE对话框中的选项将被修改后，SPADE将自动重新计算。

 

 

Figure 29.77 Unchecking the Automatically Calculate SPADE box will allow the user to calculate SPADE manually only when required.

Figure 29.77 Unchecking the Automatically Calculate SPADE box will allow the user to calculate SPADE manually only when required.

 

 

为了可视化SPADE转换，。Heat Maps(热图) 可以插入和修改(图2975如下)。另请参阅Working with SPADE transformations(使用SPADE转换)部分，了解有关将SPADE转换应用于绘图的更多详细信息。

 

Figure 29.78 Heat Map Displaying SPADE transformation.

Figure 29.78 Heat Map Displaying SPADE transformation.

 

 

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