定义一个tSNE转换

在FCS Express中，tSNE转换通过导航器中可以找到。

下面的步骤概述了为您的数据创建一个新的tSNE转换：

 

1.选择工具标签 (Tool tab)打开转换窗口→ Transformations (转换)→ Transformations(转换)命令(Figure 29.55, Step 1)。此Transformations(转换)窗口按照下图被打开。
2.点击蓝色加号旁边的greenplus下拉箭头(Figure below, Step 2).

 

3.点击tSNE在下拉列表中 (Figure below, Step 3)。

 

Figure 29.59 Initial steps to create a tSNE transformation.

Figure 29.59 Initial steps to create a tSNE transformation.

 

 

新的tSNE transformation(转换)被默认命名为New TSNE，但是也可以通过以下方法很容易重命名:

•点击要被重命名的tSNE transformation(转换)→选择Rename(重命名).
•左键点击并按F2键盘选择需要被重命名的tSNE transformation(转换)。
•左键点击并按Transformations(转换)NewRename工具栏选择需要被重命名的tSNE transformation(转换)。

 

4.从Template File(模板文件)省略号，来选择一个模板文件(Figure 29.56)。

注意：如果你想命名全部而不是单个数据文件的tSNE Transformations(转换) ，你可以将数据文件和文件标识符列合并成一个模板文件。这个 transformation (转换)然后可被应用到合并的数据文件，并且events可以通过File Identifier Column(文件标识符列)被链接到原来的数据文件中。

 

tSNE对话框将被一个可用参数的列表填充，根据模板文件的可用参数来执行tSNE转换(下图)。

 

Figure 29.60 When a template file is selected, the possible parameters to perform a tSNE transformation are automatically listed in the tSNE dialog.

Figure 29.60 When a template file is selected, the possible parameters to perform a tSNE transformation are automatically listed in the tSNE dialog.

 

5.通过检查参数名旁边的框，来选择tSNE转换中使用的参数(Figure 29.57, Point 1)。
6.如果需要，为每个被选的参数选择或者改变合适的Parameter Scaling Options(参数扩展选项)(下图, Point 2).

 

Options(选项)现在可以被设置为自定义transformation(转换).

 

Options(选项)

Description(描述)

Gate(门)

允许使用者在一个特定的门的事件内跑tSNE。

使用的tSNE方法

允许使用者设立方法来跑tSNE。可能的选择是准确的tSNE和Barnes-Hut Approximation(近似值)。准确的tSNE是该运算法则的原始实现，由于该方法的速度和内存限制，它仅适用于小于5000大小的样本。该 Barnes-Hut方法给出了tSNE的近似结果，比更大数据集的精确tSNE快，但在小数据集的计算时间上几乎没有差别。Barnes-Hut方法的近似值数量在Amount of Approximation(只可以应用于Barnes-Hut)可被指定(见下一个选项)。

Approximation的数量(只可以应用于Barnes-Hut)

允许使用者设置Amount of Approximation用于Barnes-Hut 方法。这个Amount of Approximation 在近似值的速度和精确度之间是一个平衡。这个值从0到1，更高的值表明更快的计算时间但近似值的精确度低，但是低的值导致更慢的计算时间但是得到更精确的近似值。如果近似值低于0.2，精确的tSNE方法或许和Barnes Hut近似值一样好，或许Barnes Hut比精确的tSNE方法更慢。

Number of Iterations(循环的编号)

tSNE在一个迭代的过程。这个选项允许你设置循环的编号，这会被运算执行。

样本大小

tSNE可以在数据的子样例中执行，其余的数据随后在初始运行后映射到转换后的子抽样数据(参见:估计未采样事件的tSNE选项).此样本大小参数指明子样本中有多少细胞，并运行tSNE。如果特定的样本大小比现有事件的数量高，tSNE将会在所有已有事件中运行。注意已有事件的数量可被Gate(门)选项)规定。

估计未采样事件的tSNE

这个选项决定事件是否参与tSNE计算(如果你选择事件数目比的样本大小选项少的话)将会被映射到最近的点，参与到tSNE映射。如果没有选择这个选项，没有参与到tSNE计算的事件将在结果的tSNE参数中有未定义的值，并且不会被绘制出来，参与tSNE参数的统计计算，或者根据tSNE参数进行圈门。

改变Random Seed

随机数是随机数生成器使用的一个数字，用来生成N个随机值，用作tSNE计算的输入数据点。随机数生成器将使用随机的种子值，并执行一系列的数学运算，从而产生N个随机值。

由于tSNE是一种随机算法，所以当tSNE应用于相同的数据时，可以将其设置为可重现的结果。或者，当需要一个不同的tSNE映射时，可以更改种子。种子可以通过点击Change Random Seed按键或者手动插入来改变Random Seed。

自动计算tSNE

当tSNE对话框中的一个选项被更改时，默认的tSNE转换会重新计算。鉴于tSNE是一种要求很高的算法，需要几秒钟的时间计算，FCS Express允许用户禁用tSNE的自动计算，并在需要时手动计算tSNE。为了延迟计算tSNE算法，取消勾选自动计算tSNE的复选框。这样做后，将对您展示计算 tSNE按需计算tSNE。

请注意，此选项仅在tSNE对话框中更改了autoupdate。如果tSNE是在一个门上计算的，这个门被移动或调整，tSNE将自动重新计算，不管这个选项是什么。如果您想要避免tSNE在门移动/调整后自动更新，请参阅本手册的Live Updating Gate(实时更新门)章节。

当tSNE对话框中的一个选项被更改时，默认的tSNE转换会重新计算。鉴于tSNE是一种要求很高的算法，需要几秒钟的时间计算，FCS Express允许用户禁用tSNE的自动计算，并在需要时手动计算tSNE。为了延迟计算tSNE算法，取消勾选自动计算tSNE的复选框。这样做后，将对您展示计算 tSNE按需计算tSNE。

请注意，此选项仅在tSNE对话框中更改了autoupdate。如果tSNE是在一个门上计算的，这个门被移动或调整，tSNE将自动重新计算，不管这个选项是什么。如果您想要避免tSNE在门移动/调整后自动更新，请参阅本手册的Live Updating Gate(实时更新门)章节。

当tSNE对话框中的一个选项被更改时，默认的tSNE转换会重新计算。鉴于tSNE是一种要求很高的算法，需要几秒钟的时间计算，FCS Express允许用户禁用tSNE的自动计算，并在需要时手动计算tSNE。为了延迟计算tSNE算法，取消勾选自动计算tSNE的复选框。这样做后，将对您展示计算 tSNE按需计算tSNE。

请注意，此选项仅在tSNE对话框中更改了autoupdate。如果tSNE是在一个门上计算的，这个门被移动或调整，tSNE将自动重新计算，不管这个选项是什么。如果您想要避免tSNE在门移动/调整后自动更新，请参阅本手册的Live Updating Gate(实时更新门)章节。

 

 

7.(可选)从Gate下拉菜单中选择一个gate，只在该gate内的事件上运行tSNE转换(图3)。

 

8.选择用于tSNE转换的方法。准确的tSNE或者Barnes-Hut Approximation(近似值)。(下图,4)。

 

9.如果选择了Barnes-Hut 方法，设置Amount of Approximation对于Barnes-Hut方法，在Approximation的数量(只可以应用于Barnes-Hut)字段(下图，第5点)。

 

10.(可选)改变Number of Iterations(循环的编号)将被手动在字段中插入一个值来执行(下图，第六点).

 

11.在样本大小字段中输入一个值，输入tSNE将执行的事件数量(图7)。

 

12.(可选)选择是否估计未采样事件的tSNE(下图第8).

 

13.(可选的)改变用于tSNE计算的随机种子，要么点击更改随机种子按钮，要么手动在该字段中插入一个种子(如下图9)。

 

 

Figure 29.61 Steps to complete the tSNE dialog.

Figure 29.61 Steps to complete the tSNE dialog.

 

 

现在已经定义了tSNE转换，并将在它被应用到一个绘图区自动计算。此外，tSNE转换将会在tSNE对话框中的一个选项被修改后自动重新计算。

 

鉴于tSNE是一种要求很高的算法，需要几秒钟的时间计算，FCS Express允许用户禁用tSNE的自动计算，并在需要时手动计算tSNE。为了延迟计算tSNE算法，取消勾选自动计算tSNE的复选框。这样做后，将对您展示计算 tSNE(图 29.58) 可以按下按需计算。

请注意，此选项仅在tSNE对话框内更改tSNE的自动更新。如果tSNE是在一个门上计算的，这个门被移动或调整，tSNE将自动重新计算，不管这个选项是什么。如果您想要避免tSNE在门移动/调整后自动更新，请参阅本手册的Live Updating Gate(实时更新门)章节。

Figure 29.62 Unchecking the Automatically Calculate tSNE box will allow the user to calculate tSNE manually only when required.

Figure 29.62 Unchecking the Automatically Calculate tSNE box will allow the user to calculate tSNE manually only when required.

 

 

 

tSNE转换现在可以应用于FCS Express的任何图，以及从可用参数列表中选择的新tSNE X和tSNE Y参数(图29。59)。请参阅应用tSNE转换部分，了解将tSNE映射转换应用到绘图的更多细节。

Figure 29.63 tSNE parameters can be accessed as standard parameters.

Figure 29.63 tSNE parameters can be accessed as standard parameters.

 

 

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