在以下两节中，你将学习：

 

这一部分适用于单个图片数据组，这组图片不是从96孔细胞盘上采集的，而是从例如一个玻片上拍下来的。

在这一节中，我们要用到的向FCS Express中导入数据的CellProfiler模块包括： LoadImages(导入图片)模块、ConvertObjectsTo Images(把对象转化为图像模块)、SaveImages(保存图片)模块以及ExportToSpreadsheet(导出到电子表格)模块。通过本例设置好的管道文件可以在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库) 中找到，其名称是Section2pipelineCOMPLETED.cp。这个设置好的、作为模板的管道可以用来和用户的管道进行比较，且代表本教程的成品。

我们要使用的样本数据集中的图片可在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库)中找到，其名称是"5 and 10 minute time point images(5分钟和10分钟时间点的图片)"。这些图片是基于人类细胞质核易位测定(SBS Bioimage)“中的样本实验"Human cytoplasm-nucleus transloction assay (SBS Bioimage)(人体细胞质-核易位实验(Bioimage))"，.

 

 

我们将从CellProfiler中导出数据的步骤依据模块划分如下。在将Section2pipeline.cp导入后，请遵循以下步骤来修改管道，为输出到FCS Express中做准备。

选择默认的输入和输出文件夹

要为FCS Express正确地组织数据，首先请保证在CellProfiler中默认的输入(存储图片的地方)以及输出文件夹是同一个文件夹(在Input/Output Folder(输入/输出文件夹)窗口中进行设置)(图T24.13)。

注意：DefaultOUT.mat文件也将被导出到Output Folder(输出文件夹)。这个文件可在MATLAB中使用。如果您不想用这个文件，我们建议将其删除，以节省硬盘空间。

 

 

设置LoadImages Module(导入图片模块)

要想让FCS Express通过管道读出数据，图片文件名中的元数据必须被提取出来。必须定义正则表达式以通过以下步骤在数据的文件名或路径中查找元数据(图T24.14)：

 

注意：

 

 

ConvertObjectsToImage Modules (把对象转化为图片模块)

在该模块中，"Identify Primary/Secondary Objects(确认主要/次要对象)"模块中定义好的对象将被转化为FCS Express在导入和分析中可以使用的图片蒙版。图T24.15给出了一个该模块窗口的例子。

注意：在定义你自己的管道时，请为你通过Identify Primary/Secondary Objects(确认主要/次要对象)模块定义的对象重复第4步到第7步。

(注意：为了让FCS Express正确的输入Name the output image(为输出图片命名)数据，名称必须与Select the input objects(选择输入对象)名称一样，且注意区分大小写)

 

 

SaveImages Module (保存图片模块)

我们在ConvertObjectsToImage(把对象转化为图片)模块中定义的图像蒙版必须被保存下来，并且和原始的图像/数据进行关联。

注意：定义自己的管道时，请在ConvertObjectsToImage(把对象转化为图片)模块。

注意：您定义为加载图像模块的常规表达为“时间”值。使用一般表达式将根据输入文件名中的文本为每个输出文件设置一个独一无二的名称。这将防止输出文件覆盖其它的输出文件，并让FCS Express可以找到每个图片文件对应的图片蒙版。

在两者上执行步骤24-30保存图片模块，对于CellLabel和NucleiLabel.

 

此保存图片的模块对于CellLabel应该看上去将如图T24.16所示。

(注意：在CellProfiler版本2中Update names within CellProfiler?(在CellProfiler里更新名称？)复选框已重命名Store file and path information to the saved image?(储存文件和路径信息到保存的图片中？)，如图T24.4b所示)

 

ExportToSpreadsheet Module (导出到电子表格模块)

既然所有的“图片”以及“对象图片模板”都已经定义并保存好了，用户现在即可让CellProfiler导出用户想要在FCS Express中查看的测量数据。在本例中，我们将导出所有的测量数据。

(注意：您过您只想要导出包含参数的数据，请参见“为CellProlifer导出选择特定参数”部分为报告添加项目。

此ExportToSpreadsheet(导出到电子表格)模块看起来应如图T24.17所示。

注意１：文件后缀".cptoc"代表CellProfiler Table of Contents(CellProfiler内容表格)，而".cpout"代表CellProfiler Output(CellProfiler输出)。"Image.cptoc"文件中保存着在管道中处理的所有对象的位置以及图片数目的信息，而"Nuclei.cpout"和"Cells.cpout"分别存储与单个对象以及分析相关的实际列表模式数据。每个在CellProfiler中定义的对象模板都应该有一个独立的".cpout"文件。我们只需要一个"Image.cptoc"文件。

注意２：您.cpout文件的名字必须以您正导出的对象数据名称开始，可能会只包含对象名称和一般表达式。例如：文件名是nuclei.cpout和nuclei_{FT4}.cpout将产生一个正确的输出，但dataset1nuclei.cpout或{FT5}_nuclei.cpout将导致一个非-工作输出。

 

 

 

 

在下一节中，我们将单图像实验导入FCS Express。