导入和分析96孔图片
Contents
在CellProfiler(细胞分析器)中调整导出设置，并运行了传递途径后，你可以把数据导入到FCS Express中。FCS Express只需要关于实验设置的另外一项信息 。CellProfiler(细胞分析器)现在还不能以实验中用到的细胞板格式导出。一系列标准板格式定义可以在FCS Express网站下载。在本例中，我们将使用一个96孔细胞板模板，用户可在(Tutorial Sample Data archive)教程样本数据库中中找到这个模板，其名称是Experiment.ini。细胞板格式定义文件必须被命名为Experiment.ini。，并且放置于您在CellProfiler(细胞分析器)中定义的Output file location(输出文件位置)中(图T24.6A).
| 1. | 请从CellProfiler(细胞分析器)例子网站下载样本数据。 |
| 2. | 下载Section4pipelineCOMPLETED.cp。传输途径到CellProfiler(细胞分析器)中。 |
| 3. | 请在CellProfiler(细胞分析器)中选择默认输入和输出文件夹，以便导入和存储数据，如图T24.1. |
| 4. | 在cellProfiler(细胞分析器)中分析图片。 |
把96孔细胞板成像实验导入到FCS Express中
在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)做一点解释：
此(文件选择)对话框必须激活：
| A. | 打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)通过选择文件→选项. |
| B. | 选中When creating a new plot, always display the selection dialog(当创建一新绘图时，总是显示选择对话框 位于Files/Directories(文件/路径)选项中。 |
(启用这个功能不是使用FCS Express的必需条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便)
| 5. | 打开FCS Express. |
| 6. | 打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)通过选择文件→选项. |
| 7. | 选择Cell Profiler Options(细胞分析工具选项)从Data Loading(数据导入)选项中导入(图T24.7)。 |
| 8. | 选择Csv(分隔符)从delimiter(定界符)下拉菜单中。 |
| 9. | 选中Load Images(导入图片)复选框。 |
| 10. | 取消对复选框Load path names from Cell Profiler table of contents file(从内容文件的Cell Profiler(细胞分析器)表格中，导入路径名)Check box(复选框). |
| 11. | 点击OK，来关闭FCS Express User Options(FCS Express用户选项)对话框。 |
Figure T24.7 CellProfiler Data Loading Options for a 96 Well Plate Experiment with Images
| 11. | 选择Insert(插入)→Other Plots(其它绘图)→Heat Map(热图)命令 (图T24.8)。 |
Figure T24.8 Choosing to Insert a Heat Map
| 12. | 请在版面上任意位置点击，Select a Data File(选择一数据文件)对话框将出现。 |
| 13. | 浏览Output file location(输出文件位置)你可以保从CellProfiler(细胞分析器)中保存你的输出数据。 |
| 14. | 改变文件类型：下拉列表中到Cell Profiler (*.cpout)(图T24.9)。这时会出现CellProfiler输出的那些文件的图标。在本例中，它们的名称分别为cells.cpout和nuclei.cpout. |
Figure T24.9 Choosing CellProfiler Files
| 15. | 高亮显示cells.cpout。 |
| 16. | 点击Open(打开). |
注意：在本例中，我们将使用cells.cpout文件，该文件将显示数据，从对象分类到IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块中的数据，这一模块对应于整个细胞面积。文件nuclei.cpout将显示CellProfiler中归为IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块中的数据，这个模块对应细胞的细胞核区域。
| 17. | 高亮Y-Axis Parameter(Y轴参数)你希望看到热度图，位于Open(打开) 2D Plots(二维绘图)对话框。对本例来说，我们选择Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)(图T24.10)。 |
Figure T24.10 Opening a Heat Map and Choosing the Y-Axis Parameter from the Open 2D Plots Dialog
| 18. | 点击OK. |
这时在版面上会出现一个热图，表明数据被成功导入(图T24.11)。
Figure T24.11 Example of a Heat Map Generated from CellProfiler Data
现在可以通过使用Gating(门操作)→Create Gates(创建门)→Well(细胞孔)命令来圈门。插入一个新的基于细胞孔站的二维图像，可让用户像在点状图中那样查看数据，或者像在图像绘图中那样查看图像 (图T24.12)。
Figure T24.12 A Heat Map from CellProfiler Data with Corresponding Dot and Picture Plots