导入数值数据(96孔)
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在本节中，你将会学到：
| • | 如何把数据导入到FCS Express中，以便查看热图、二维绘图以及一维绘图。 |
在CellProfiler(细胞分析器)中调整导出设置，并运行了传递途径后，你可以把数据导入到FCS Express中。FCS Express只需要关于实验设置的另外一项信息 。CellProfiler(细胞分析器)现在还不能以实验中用到的细胞板格式导出。一些标准的细胞盘格式定义可以在FCS Express网站下载。在本例中，我们将使用一个96孔细胞板模板，用户可在(Tutorial Sample Data archive)教程样本数据库中中找到这个模板，其名称是Experiment.ini。细胞板格式定义文件必须被命名为Experiment.ini。，并且放置于您在CellProfiler(细胞分析器)中定义的默认输出文件夹中。
| 1. | 请下载前一章节中提到的案例数据。 |
| 2. | 下载Section3pipelineCOMPLETED.cp。传输途径文件到CellProfiler中。 |
| 3. | 请在CellProfiler中选择默认的输入和输出文件夹导入和存储数据。 |
| 4. | 在cellProfiler(细胞分析器)中分析图片。 |
仅导入96孔细胞板数值数据
在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)做一点解释：
此File selection(文件选择)对话框必须激活：
| A. | 打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)选择文件→选项。 |
| B. | 选中When creating a new plot, always display the selection dialog(当创建一新绘图时，总是显示选择对话框 位于Files/Directories(文件/路径)选项。 |
(启用这个功能不是使用FCS Express的必需条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便)
| 5. | 打开FCS Express. |
| 6. | 打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)选择文件→选项 |
| 7. | 选择Cell Profiler Options(细胞分析工具选项)从Data Loading(数据导入)选项(图T24.27). |
| 8. | 选择Csv(分隔符)从delimiter(定界符)下拉菜单中。 |
| 9. | 取消对复选框Load path names from Cell Profiler table of contents file(从内容文件的Cell Profiler(细胞分析器)表格中，导入路径名)Check box(复选框)。 |
| 10. | 点击OK，来关闭FCS Express User Options(FCS Express用户选项)对话框。 |
注意：本例中没有和数据相关的图片，所以Load Images(导入图片)复选框必需处于非选中状态。
这些都做完后，对话框看起来应如图T24.27所示。
Figure T24.27 CellProfiler Data Loading Options for Data Only
| 10. | 选择Insert(插入)→Other Plots(其它绘图)→Heat Map(热图)命令 (图T24.28)。 |
Figure T24.28 Choosing to Insert a Heat Map
| 11. | 请在版面上任意位置点击，Select a Data File(选择一数据文件)对话框将出现。 |
| 12. | 浏览默认输出文件夹你可以从CellProfiler(细胞分析器)中保存你的输出数据。 |
| 13. | 改变文件类型：下拉列表中到Cell Profiler (*.cpout)(图T24.29).这时会出现CellProfiler输出的那些文件的图标。在本例中，它们的名称分别为cells.cpout和nuclei.cpout。 |
Figure T24.29 Choosing CellProfiler Files
| 14. | 高亮显示cells.cpout然后点击Open(打开)。 |
注意：在本例中，我们将使用cells.cpout文件，该文件将显示数据，从对象分类到IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块中的数据，这一模块对应于整个细胞面积。文件nuclei.cpout将显示数据，从对象分类中CellProfiler中归为IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块中的数据，这个模块对应细胞的细胞核区域。
| 15. | 高亮Y-Axis Parameter(Y轴参数)你希望看到热度图，位于Open(打开) 2D Plots(二维绘图)对话框。对本例来说，我们选择Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)(图T24.30)。 |
Figure T24.30 Opening a Heat Map and Choosing the Y-Axis Parameter from the Open 2D Plots Dialog
| 16. | 点击OK。 |
这时在版面上会出现一个热图，表明数据被成功导入(图T24.31)。
Figure T24.31 Example of a Heat Map Generated from CellProfiler Data