FCS Express中的R集成简介

虽然通过Ｒ集成工具，任何Ｒ函数都由FCS Express运行，但用户应考虑以下规范来创建包含感兴趣函数的R脚本：

 

1.用户的功能需要包括在命名的通用函数中执行并定义如下：

 

Execute <- function(mat) { }

 

2.输入的Execute(执行)函数，mat，是一个荧光值的矩阵。FCS Express允许用户选择哪些参数和哪些事件将包括在矩阵中，以及矩阵方向，从而将事件保存在行中，将参数保存在列中(图2936，左边)或者反过来(下图，右侧)。

请注意，包含mat矩阵的参数名可使用rownames()或者colnames()函数，在Ｒ中进行访问(当参数分别在行和列中时)。

 

Figure 29.42. The mat matrix used as input by the Execute function.

Figure 29.42. The mat matrix used as input by the Execute function.

 

 

 

3.上面所述的目的Execute(执行)函数是将用户定义的数据和元数据一起，放置在适合由FCS Express使用的S4对象中。

4.输出的Execute(执行)函数是包含用户定义数据和元数据的S4对象。输出表示FCS Express的新输入。

 

FCS Express中R集成工作原理的工作流程如下图所示(图2937)。

 

Figure 29.43. Simplified schematic of R integration with FCS Express. 

Figure 29.43. Simplified schematic of R integration with FCS Express. 

 

 

 

 

目前，FCS Express可支持两种类型的S4对象作为输出：

1.R Add Parameter(R添加参数)-该方法适合于添加新的列到mat矩阵中。列必须包含数值，并且可被命名。
2.R Cluster Transformation(R群集转换)-该方法适用于基于群集的分析。添加包含每个事件的集群成员的列，并且可以标记集群。

 

 

两种输入方法都可以通过选择Tools(工具)标签→Transformations (转换)→Transformations (转换)命令来展开Transformations (转换)导航器来访问。点击蓝色加号按钮旁边的下拉greenplus箭头(图2938)，来揭示R Add parameters(R添加参数)和R Cluster Transformation(R群集转换)模块的功能，并在下面的章节中进一步详细介绍：

 

直接跳到：

•R Add parameters(R添加参数)
•R Cluster Transformation(R群集转换)

 

Figure 29.44. Selecting the input method for R integration scripts.

Figure 29.44. Selecting the input method for R integration scripts.

 

 

 

 

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