鉴于t-SNE是一个高要求的算法,De Novo软件的开发团队极大地努力提高使用FCS Express运行算法的速度。
为了让您了解t-SNE在FCS Express中的表现,我们已经进行了性能测试比较FCS Express和独立R包在运行确切的tSNE算法和Barnes-Hut近似。
以下是测试运行方式的简要说明:
File(文件) |
机器 |
FCS Express |
R |
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R版本3.3.1(2016-06-21) R Studio版本0.99.903
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下图(图29.54 )显示t-SNE计算的经过时间(以分钟为单位)(使用精确t-SNE和Burnes-Hut近似(近似值= 0.5))在FCS Express和R中.已使用固定数量的参数(即n = 20)和不同数量的事件。t-未估计未抽样事件的SNE。请参考t-未估计未抽样事件的SNE。请参考定义tSNE变换章节有关所有上述选项的更多信息。
Figure 29.58 - Performance comparison between FCS Express and R in running both the exact tSNE and the Barnes-Hut Approximation.