定义自定义标记 |
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在这个教程中，我们将使用一个有二维密度图的版面，这些密度图中有七个数据文件对应的门，每个数据文件对应不同体积的CD64抗体。
| 1. | 请选择Application Button(应用程序按钮)→Open Layout(打开版面)。 |
| 2. | 请打开FCS Express Sample Data(FCS样本数据)文件夹中的版面文件Titration.fey。 |
这时应该出现如图T17.1所示的版面。
图T17.1 Titration Layout (滴定实验版面)
在版面的左上角是一个点状图(Side Scatter(SS)对Forward Scatter(FS)作图)，图中有一个散点门，画在红色边框中。Scatter(散点)门已经排除了那些很弱和很强的信号。版面上的所有其它绘图都针对Scatter(散点)门中的数据。七个不同体积量的CD64添加到了周边血单核细胞上；其结果显示在了七个点状图上。为了定义这个滴定实验中的阴性细胞群，我们在淋巴细胞群上已经画了一个门，如二维绘图SS Lin-FL 8 Log(也即Side Scatter-CD64绘图)中的蓝色Lymphs(淋巴细胞)门所示。阳性细胞群(也就是单核细胞群)被定义为紫色的Monos(单核细胞)门。在绘图的左下角是Gate View(门视图)窗口，显示了Lymphs(淋巴细胞)门和Mono(单核细胞)门都是Scatter(散点)门的子门，表明这些数据首先应用了Scatter(散点)门，然后应用了Lymphs(淋巴细胞)门和Mono(单核细胞)门。
我们现在要为在实验中使用的七个CD64体积创建一些自定义标记，以便计算CD64信号和噪声信号的比率。这些自定义标记将被定义为单核细胞(阳性细胞)的平均荧光强度与淋巴细胞(阴性细胞)的平均荧光强度的比值。
| 3. | 请选择View(视图)→Tokens(标记)→Custom Tokens(自定义标记)命令(图T17.2)。 |
图T17.2 Selecting the Custom Tokens Command (选中自定义标记命令)
这时会在版面上出现Custom Tokens(自定义标记)窗口。我们现在要把这个窗口停靠在版面的左侧。要学习如何停靠窗口，请查看停靠教程一节。
| 4. | 请把光标放在Custom Tokens(自定义标记)窗口的顶端边界上。 |
| 5. | 请按下鼠标左键不放。 |
| 6. | 请不要松开鼠标，把Custom Tokens(自定义标记)窗口拖向停靠箭头图标的左向箭头。 |
| 7. | 当光标在停靠图标的左向箭头上时，请松开鼠标，如图T17.3所示。 |
.png)
图T17.3 Docking the Custom Tokens Window (停靠自定义标记窗口)
Custom Tokens(自定义标记)窗口现在就被停靠在了版面的左侧。现在让我们来创建自定义标记。想要更多地了解如何创建自定义标记，请查看使用文本框和标记一节。
| 8. | 请点击Custom Tokens(自定义标记)窗口顶端的"+"标志，如图T17.4中的光标所示。 |
图T17.4 Creating a New Custom Token (创建新的自定义标记)
这时一个新的Custom Token(自定义标记)会出现在Custom Tokens(自定义标记)窗口的上半部分，如图T17.5所示。
.png)
图T17.5 New Custom Token (新建的自定义标记)
| 9. | 请左键点击New Custom Token(新的自定义标记)来编辑其名称。 |
| 10. | 请输入"0.156 ratio"文本。 |
| 11. | 请点击回车键，0.156 ratio现在被蓝色高亮显示。 |
| 12. | 请在自定义标记的下半部分的Enter Custom Token formula below(请在下方输入自定义标记公式)下方点击。 |
| 13. | 请输入"="(图T17.6)。 |
图T17.6 Beginning the Custom Token Formula (开始输入自定义标记公式)
| 14. | 请在"="旁边右键点击，调出弹出菜单。 |
| 15. | 请从弹出菜单上选择Insert Token(插入标记)，如图T17.7中的光标所示。 |
图T17.7 Insert Token Item from the Pop-up Menu (从弹出菜单上插入标记)
这时会出现Insert a Token(插入标记)对话框(图T17.8)。
| 16. | 请选择Statistic(统计)，如图T17.8中的蓝色高亮所示。 |
| 17. | 请点击Insert(插入)。 |
图T17.8 Insert a Token Dialog (插入标记对话框)
这时会弹出Create Statistic(插入统计)对话框中的Data Source(数据源)类别选项，如图T17.9所示。在这里我们为自定义标记选择数据源。
| 18. | 请选择Color Dot - .156ul CD64.fcs.DNS (SS Lin vs. FL 8 Log)，如图T17.9中的蓝色高亮所示。 |
图T17.9 Create Statistic Dialog -- Data Source (创建统计对话框 -- 数据源)
| 19. | 请在左边选择Statistic(统计)类别选项，如图T17.9中的光标所示。 |
这时会出现Create Statistic(创建统计)对话框上的Statistic(统计)页面，如图T17.10所示。
| 20. | 请从Gate:(门:)下拉列表中 选择Monos。 |
| 21. | 请从Statistics:(统计:)列表框中 选择Y-median(Y向中间值)。 |
| 22. | 请点击OK。 |
图T17.10 Create Statistic Dialog -- Statistic Category (创建统计对话框 -- 统计类别选项)
这时自定义标记"0.156 ratio"的分子部分就被定义好了，如图T17.11所示。
图T17.11 Numerator Definition of Custom Token '0.156 Ratio' (设置自定义标记‘0.156 Ratio'的分子)
我们现在已经创建好了将来在自定义标记0.156 ratio中作为分子(也就是阳性细胞群)的部分。现在我们要对自定义标记的分母，阴性细胞群，进行定义。
| 23. | 请在自定义标记格式区域中的"Statistic: Y Median for Plot #3, overlay #1, Additional Gate: Monos"文本后输入"/"。 注意: "/"是除号，就像在微软Excel中的使用方法一样。 |
| 24. | 请选中文本"Statistic: Y Median for Plot #3, overlay #1, Additional Gate: Monos"。 |
| 25. | 请使用键盘键Ctrl+C来复制这些文本。 |
也可以使用弹出菜单来复制文本。
| • | 选中标记之后，请右键点击，调出弹出菜单。 |
| • | 请从弹出菜单上选择Copy Text(复制文本)。 |
| 26. | 请把光标放在"/"之后，然后左键点击。 |
| 27. | 请使用键盘键Ctrl+V来复制自定义标记文本。 |
也可以使用弹出菜单来复制文本。
| • | 请在除号"/"之后右键点击，调出弹出窗口。 |
| • | 请从弹出菜单上选择Paste Text(粘贴文本)。 |
这时自定义标记公式会显示以上这些把分子复制到分母处的操作。现在让我们来编辑对分母的定义。
| 28. | 请在Custom Token(自定义标记)公式窗口双击刚刚粘贴的分母标记文本。 |
这时会出现Edit Statistic(编辑统计)对话框，如前图T17.9所示的Create Statistic(创建统计)对话框。我们现在会用到Lymphs(淋巴细胞)门，我们不需要编辑Data Source(数据源)页面，因为我们会使用相同的绘图。
| 29. | 请从Edit Statistic(编辑统计)对话框中选择Statistic(统计)类别选项。 |
这时会出现Edit Statistic(标记统计)对话框中的Statistic(统计)页面，就像前面图T17.10中的Create Statistic(创建统计)对话框所示，但这次我们将选择Lymphs(淋巴细胞)门。
| 30. | 请从Gate:(门:)下拉列表中选择Lymphs(淋巴细胞)门。 |
| 31. | 请选择OK。 |
这时0.156 ratio对应的自定义标记公式会进行更新，反映以上的这些修改，如图T17.12所示。
图T17.12 Custom Token Formula for 0.156 ratio (自定义标记0.156 ratio对应的公式)
现在我们要为0.313μl CD64数据创建一个自定义标记。但是这次我们将不使用复制和粘贴的方法来创建自定义标记，我们会直接把0.313μl CD64彩色散点图拖放到Custom Tokens(自定义标记)窗口的下半部分里来。
| 32. | 请点击Custom Tokens(自定义标记)窗口顶端的"+"标志，如图T17.4中的光标所示。 |
| 33. | 请在New Custom Token(新的自定义标记)文本处输入"0.313 ratio"。 |
| 34. | 点击回车键，0.313 ratio现在被蓝色高亮显示。 |
| 35. | 请在Custom Tokens(自定义标记)窗口的下半部分的Enter Custom Token formula below(请在下方输入自定义标记公式)下方点击。 |
| 36. | 请输入"="(图T17.6)。 |
| 37. | 请把光标放在绘图0.313ul CD64上，如图T17.13中的红色边框所示。 |
| 38. | 请按下鼠标左键不放。 |
| 39. | 请不要松开鼠标，把绘图拖到Custom Tokens(自定义标记)窗口的下半部分。 |
| 40. | 当光标在"="右侧时(如图T17.13所示)，请松开鼠标。 |
图T17.13 Dragging and Dropping the 0.313μl CD64 Plot onto the Custom Token Formula (把0.313μl CD64绘图拖放到自定义标记公式区中)
这时会出现Paste Special(特殊粘贴)对话框，如图T17.14所示。
| 41. | 请选择Statistic token(统计标记)，如图T17.14中的蓝色高亮所示。 |
| 42. | 请点击OK。 |
图T17.14 Paste Special Dialog (特殊粘贴对话框)
这时Edit Statistic(编辑统计)的Statistic(统计)选项对话框会再次出现，如前图T17.10中的Create Statistic(创建统计)对话框所示。再次，我们会使用和图T17.10中相同的统计设置来定义0.313 ratio自定义标记中的分子。当我们把绘图拖拽到Custom Tokens(自定义标记)公式窗口中时，数据源已经被设置为0.313μl CD64绘图。以下步骤均针对图T17.10。
| 43. | 请从Gate:下拉列表中 选择Monos(单核细胞)。 |
| 44. | 请从Statistics:(统计:)列表框中 选择Y-median(Y向中间值)。 |
| 45. | 请点击OK。 |
这样我们就为0.313 ratio自定义标记设置好了分子。现在我们需要设置分母，方法仍然是拖放0.313ul CD64绘图。
| 46. | 请在自定义标记格式区域中的"Statistic: Y Median for Plot #5, overlay #1, Additional Gate: Monos"文本后输入"/"。 |
| 47. | 请把光标放在绘图0.313ul CD64上方，如图T17.13中的红色边框所示。 |
| 48. | 请按下鼠标左键不放。 |
| 49. | 请不要松开鼠标，把绘图拖到Custom Tokens(自定义标记)窗口的下半部分。 |
| 50. | 当绘图拖到"/"右侧时，请松开鼠标左键。 |
这时会再次出现Paste Special(特殊粘贴)对话框，如前图T17.14所示。
| 51. | 请选择Statistic token(统计标记)，如图T17.14中的蓝色高亮所示。 |
| 52. | 请点击OK。 |
这时会出现Edit Statistic(编辑统计)对话框中的Statistic(统计)页，如前图T17.10中的Create Statistic(创建统计)对话框所示。我们将再次使用Y-median(Y向平均值)作为统计选项。但这次我们将选择Lymphs(淋巴细胞)门，作为分母。
| 53. | 请从Gate:(门:)下拉列表中选择Lymphs(淋巴细胞)。 |
| 54. | 请从Statistics:(统计:)列表框中选择Y-median(Y向中间值)。 |
| 55. | 请点击OK。 |
这时会出现Custom Tokens(自定义标记)窗口，如图T17.15所示，其中自定义标记0.156 ratio和0.313 ratio已被分别定义好了。
Figure T17.15 Custom Token Definitions for the First Two CD64 Concentrations (为前两个CD64浓度设置的自定义标记)
现在让我们来定义针对0.625μl CD64数据的自定义标记。这次我们不会从创建自定义标记的第一步开始，而是通过复制和粘贴0.313 ratio自定义标记来完成。
| 56. | 请在Custom Tokens(自定义标记)窗口顶端边框上的"+"图标上左键点击。 |
| 57. | 请在New Custom Token(新的自定义标记)文本处输入"0.625 ratio"。 |
| 58. | 点击回车键，0.625 ratio现在被蓝色高亮显示。 |
| 59. | 请在Custom Tokens(自定义标记)上面的窗口中选择0.313 ratio。 |
| 60. | 请把光标放在Custom Tokens(自定义标记)窗口下方"="的前面。 |
| 61. | 请按下鼠标左键不放，选中自定义标记0.313 ratio的文本定义。 |
| 62. | 请使用键盘键Ctrl+C来复制这些文本。 |
| 63. | 请在Custom Tokens(自定义标记)窗口上半部分选中0.625 ratio。 |
| 64. | 请把光标放在the Custom Tokens(自定义标记)窗口的下半部分。 |
| 65. | 请使用键盘键Ctrl+V来粘贴文本。 |
| 66. | 请把光标放在定义分子"Statistic: Y Median for Plot #5, overlay #1, Additional Gate: Monos"的文本上。 |
| 67. | 请双击文本，调出Edit Statistic(编辑统计)对话框中的Data Source(数据源)页面。 |
| 68. | 请选中Color Dot - 0.625ul CD64.fcs.DNS (SS Lin vs. FL 8 Log)。 |
| 69. | 请点击OK。 |
| 70. | 请把光标放在定义分母"Statistic: Y Median for Plot #5, overlay #1, Additional Gate: Lymphs"的文本上。 |
| 71. | 请双击文本，调出Edit Statistic(标记统计)对话框中的Data Source(数据源)页面，如前图T17.9所示的Create Statistic(创建统计)对话框。 |
| 72. | 请选中Color Dot - 0.625ul CD64.fcs.DNS (SS Lin vs. FL 8 Log)。 |
| 73. | 请点击OK。 |
现在0.625 ratio自定义标记就被设置为使用0.625μl CD64数据了。我们现在要使用弹出菜单中的复制和粘贴命令，用0.625 ratio自定义标记来衍生出1.25 ratio自定义标记。
| 74. | 请把光标放在Custom Tokens(自定义标记)窗口中的文本0.625 ratio上方。 |
| 75. | 请右键点击，调出弹出菜单。 |
| 76. | 请从弹出菜单中选择Copy Custom Token(s)(复制自定义标记)命令(图T17.16)。 |
图T17.16 Copy Custom Token(s) Item in the Pop-up Menu (使用弹出菜单复制自定义标记)
| 77. | 请把光标放在Custom Tokens(自定义标记)窗口中的文本0.625 ratio的下方。 |
| 78. | 请右键点击，调出弹出菜单。 |
| 79. | 请从弹出菜单上选择Paste Custom Token(s)(粘贴自定义标记)(图T17.17)。 |
图T17.17 Paste Custom Token(s) Item in the Pop-up Menu (使用弹出菜单粘贴自定义标记)
这时有两个自定义标记0.625 ratio。现在我们要修改刚刚出现的这个标记的名字以及其定义，以使用1.25μl CD64绘图数据。
| 80. | 请把光标放在Custom Tokens(自定义标记)窗口中的0.625 ratio文本上，如图T17.18中的高亮显示所示。 |
| 81. | 请右键点击，调出弹出菜单。 |
| 82. | 请在弹出菜单上选择Rename(重命名)。 |
| 83. | 请输入"1.25 ratio"。 |
| 84. | 请把光标放在Custom Tokens(自定义标记)窗口的下半部分中定义分子的标记"Statistic: Y Median for Plot #11, overlay #1, Additional Gate: Monos"上，如图T17.18中的光标所示。 |
| 85. | 请双击文本，调出Edit Statistic(编辑统计)对话框中的Data Source(数据源)页面。 |
| 86. | 请选中Color Dot - 1.25ul CD64.fcs.DNS (SS Lin vs. FL 8 Log)。 |
| 87. | 请选择OK。 |
| 88. | 请把光标放在定义分母"Statistic: Y Median for Plot #11, overlay #1, Additional Gate: Lymphs"的文本上。 |
| 89. | 请双击文本，调出Edit Statistic(标记统计)对话框中的Data Source(数据源)页面，如前图T17.9所示的Create Statistic(创建统计)对话框。 |
| 90. | 请选中Color Dot - 1.25ul CD64.fcs.DNS (SS Lin vs. FL 8 Log)。 |
| 91. | 请点击OK。 |
图T17.18 Editing Custom Token 1.25 Ratio (编辑自定义标记1.25Ratio)
请使用前面介绍的复制和粘贴方法，继续定义2.5μl、5μl以及10μl CD64绘图对应的自定义标记。请重复第75步到第92步，但用2.5μl、5μl以及10μl数据来分别替代1.25μl数据，直到所有的自定义标记都被定义好。最后自定义标记窗口应该看起来如图T17.19所示。
图T17.19 Final Custom Token Definitions (最终的自定义标记定义)
在下一节中，我们将创建一个自定义数据表格。