把回归应用到一个FCS文件上

我们现在将使用线性回归公式来计算MESF(可溶的荧光染料对等分子数)数据。在下面的这个例子中,线性回归已经被保存为一个自定义标记,这在之前的章节中已讲解。且这一标记已被作为关键字添加到数据文件中,这在Save a Regression(保存一个回归分析)章节中有介绍。我们将使用自定义标记以及回归公式的关键字版本来完成一个表格的输入,用以计算MESF值,同时也将根据这些数值来创建一个散点图。

我们将使用的版面包括4页。第一页和第二页定义了阴性对照、阳性对照和病人样本。我们将使用MESF Calculations(MESF计算)页来完成线性回归和MESF数据工作。我们将使用Bar Plots(条形图)页来显示完整后的数据。

1.请在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库)中的Calculating MESF From Regression(从回归计算MESF)文件夹打开HLA CrossMatch.fey版面
2.点击版面上MESF Calculations(MESF计算)页标签。

我们将创建自定义标记来评估病人血清中结合到潜在捐献者B细胞和T细胞上的IgG的数量。我们将分两步来做:首先,我们将使用公式把表格1中的Bcell Median(B细胞中间值)转化为以10为底的对数值;然后,这一对数值将被根据FITCMESF LinReg自定义标记用来计算Y轴(MESF)数值。FITCMESF LinReg自定义标记包含一个在Creating a Linear Regression Token(创建线性回归标记)一节中已经创建的拟合公式。

为方便起见,把线性中间值转换为对数中间值的自定义标记已经预先定义好,如表1所示。接着,我们将要创建在表2中使用到的针对FITC MESF数值的自定义标记。

3.NewAdd停靠的Custom Tokens(自定义标记)窗口点击加号图标来创建一个新的自定义标记。
4.请把新的自定义标记命名为"Bcell LogMESF Patient"。
5.请在该Custom Tokens(自定义标识)窗口的Enter the Custom Token formula below(请在下方输入自定义标记公式)区域点击右键。
6.从弹出菜单中选择Insert Function(插入函数)→Regression(回归分析)→LinearXtoY(x, [modelParameters])选项。
7.请在如图T27.25中的公式括号里高亮选择文本"x"。

 

Figure T27.22  Highlighting the x Parameter for Replacement by a Token Value

Figure T27.22  Highlighting the x Parameter for Replacement by a Token Value

8.请右键点击选中的文本。
9.从弹出菜单中选择Insert Token(插入标记)选项。
10.Custom(自定义)选项中插入Bcell LogPatient标记。
11.请在该公式中高亮选择modelParameters(模型参数)文本。
12.请右键点击选中的文本。
13.从弹出菜单中选择Insert Token(插入标记)选项。
14.Custom(自定义)选项中插入FITCMESF LinReg标记。
15.请在公式前输入一个等号"="。

这时的公式看起来应该如图T27.23所示。

 

Figure T27.23  Formula for Calculating the Log MESF Value for the Patient Sample

Figure T27.23  Formula for Calculating the Log MESF Value for the Patient Sample

 

16.在表格2中,请将Bcell LogMESF Patient标记从Custom Tokens(自定义标记)窗口拖拽到第4行的Bcell Log MESF列。
17.点击OK

该表格现在将显示通过我们刚刚创建的自定义标记公式计算出的B-Cell Log MESF(B-细胞MESF对数)值。我们现在要为Tcell LogMESF创建一个相同的公式。

17.NewAddCustom Tokens(自定义标记)窗口点击加号图标来创建一个新的自定义标记。
18.请把新的自定义标记命名为Tcell LogMESF Patient。
19.请在该Custom Tokens(自定义标识)窗口的Enter the Custom Token formula below(请在下方输入自定义标记公式)区域点击右键。
20.从弹出菜单中选择Insert Function(插入函数)→LinearXtoY(x, [modelParameters])选项。
21.请在公式中高亮选择文本"x"。
22.请右键点击选中的文本。
23.从弹出菜单中选择Insert Token(插入标记)选项。
24.Custom(自定义)选项中插入Tcell LogPatient标记。
25.请在该公式中高亮选择modelParameters(模型参数)文本。
26.请右键点击选中的文本。
27.从弹出菜单中选择Insert Token(插入标记)选项。
28.Custom(自定义)选项中插入FITCMESF LinReg标记。
29.请在公式前输入一个等号"="。

这时的公式将看起来如图T27.24所示。

 

Figure T27.24  The Completed Custom Token Formula for Tcell LogMESF Patient

Figure T27.24  The Completed Custom Token Formula for Tcell LogMESF Patient

 

30.在表格2中,请将Tcell LogMESF Patient 标记从Custom Tokens(自定义标记)窗口拖拽到第4行的Tcell Log MESF列。

该表格现在将显示通过我们刚刚创建的自定义标记公式计算出的T-Cell Log MESF(T-细胞MESF对数)值。

我们现在将创建一个自定义标记来为表2中的Bcell MESF以及Tcell MESF列计算线性MESF数值(回归是在对数坐标上计算的,我们需要在绘图上反映的却是线性值)。

31.在表格2中点击第4行Bcell MESF列。
32.请在数据网格编辑器中输入公式"= 10^"。
33.请在10^后右键点击。
34.从弹出菜单中选择Insert Token(插入标记)选项。
35.Custom(自定义)选项中插入Bcell LogMESF Patient选项。

这时的公式看起来应该如图T27.25所示。

 

Figure T27.25 Formula for Converting Log MESF Values to Linear MESF Values

Figure T27.25 Formula for Converting Log MESF Values to Linear MESF Values

 

36.请在已有Tcell LogMESF Patient标记的表2的第4行Tcell MESF 列重复第31到35步骤。

表格现在就完整了,它应该看起来如图T27.26所示。

 

Figure T27.26  The Completed HLA Cross Match FITC MESF Data Table

Figure T27.26  The Completed HLA Cross Match FITC MESF Data Table

 

要在条形图中查看表格中的结果(图T27.27),请点击Bar Plots(条形图)版面页(如果想要更多地了解如何创建条形图,请查看Bar and Scatter Plots tutorial(条形图和散点图绘图教程))。你会看到病人血清的B-Cell MESF数值比阴性对照略有提高,但远远在阳性对照下方。病人血清中的T-Cell MESF数值在阴性对照范围区间,也远远在阴性对照下方。

 

Figure T27.27  Bar Plots Displaying the FITC MESF HLA Cross Match Data from B- and T-cells

Figure T27.27  Bar Plots Displaying the FITC MESF HLA Cross Match Data from B- and T-cells

 

下一节,我们将为您介绍把以前创建的拟合保存下来,以备在另一个版面中使用