De Novo Software提供两种ImageJ macros(ImageJ宏),来帮助用户从ImageJ中输出图片分析到FCS Express 5 Image Cytometry软件中。ImageJ宏可以直接从De Novo Software网站下载得到,网站是www.denovosoftware.com/site/imageJ.shtml。
De Novo Software提供的宏可用在以下地方:
• | DNS Macro Example Macro(DNS宏示例宏): |
o | 此DNSMacroExample.ijm 宏可以将您的图片加工、输出结果分段、细胞图片分析结果单一化,来它们变成FCS Express 5 Image Cytometry可读数据。该宏将加工图片,生成: |
1. | 对象接着对象的数字结果 |
2. | 分段对象的掩码图片 |
3. | 此时,一个*.ijout文件将导入到FCS Express 5 Image Cytometry中,当相关的结果返回到原始图像中时,来检查对象接着对象的数据。 |
该宏可以分析来自以下案例的多种图片(要详细了解案例的使用,请参见DNS Macro Example Overview(DNS宏案例概述))
• | 一组单一独立的图像 |
• | 一张图片带有多个通道(例如Red、Green和Blue或者DAPI、CD4和Protein X等等) |
• | 图片来自多孔板的多个孔(例如96孔板) |
• | 图片来自视野中的多个域(例如多孔板或者一个平铺/蒙太奇图片中一个孔的多个域) |
• | 视野中多个通道、多个孔和多个域的任意组合 |
• | DNS Analysis Creator Macro(DNS分析创造宏): |
o | 创建一个*.IJX分析的配置文件,ImageJ可以用其来对上面提到的集中的图片进行排序、组群和加工。(要详细了解案例的使用,请参见DNS Analysis Creator Overview(DNS分析创造概述)章节) |
当图片属于一个分组,用户必须生成一个带.IJX伸展的分析配置文件。此分析配置文件会告诉FCS Express不同的图片,是如何想关联的。例如,如果来自一个单一域的两个图片分别代表通道1和通道2,或者由96张单独图片组成一个96孔板基础实验。DNSAnalysisCreator.ijm宏已经设置成去帮助用户创建分析配置文件。
在下一节中,我们将总体概述DNS宏案例。