在本节中，你将会学到：

 

这一部分适用于单个图片数据组，这组图片不是从96孔细胞盘上采集的，而是从例如一个玻片上拍下来的。

在这一节中，我们要用到的向FCS Express中导出数据的CellProfiler模块包括： LoadImages(导入图片)模块以及ExportToSpreadsheet(导出到电子表格)模块。本例中设置好的管道文件可以在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库)中找到，其名称是Section4pipelineCOMPLETED.cp。这个设置好的、作为模板的管道可以用来和用户的管道进行比较，且代表本教程的成品。

我们要使用的样本数据集中的图片可在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库)中找到，其名称是"5 and 10 minute time point images(5分钟和10分钟时间点的图片)"。这些图片是基于CellProfiler Examples(CellProfiler样本)中的样本实验"Human cytoplasm-nucleus transloction assay (SBS Bioimage)(人体细胞质-核易位实验(Bioimage))"。

 

 

我们将从CellProfiler中导出数据的步骤依据模块划分如下。在将Section4pipeline.cp导入后，请遵循以下步骤来修改管道，为输出到FCS Express中做准备。

选择默认的输入和输出文件夹

为使FCS Express可以正确地导入你的数据，首先请保证在CellProfiler中设置的默认输入(存储你的图片的文件夹)以及输出文件夹是同一个文件夹(在Input/Output Folder(输入/输出文件夹)窗口中进行设置)。

注意：DefaultOUT.mat文件也将被导出到Output Folder(输出文件夹)。这个文件可在MATLAB中使用。如果您不想用这个文件，我们建议将其删除，以节省硬盘空间。

 

设置LoadImages Module(导入图片模块)

要想让FCS Express通过管道读出数据，图片文件名中的元数据必须被提取出来。我们必须定义一个Regular Expression(一般表达式)，用它来找到的文件名或数据路径中找到元数据，步骤如下：

注意：

 

ExportToSpreadsheet Module (导出到电子表格模块)

既然已经导入所有的图片并被指定了元数据，用户现在可让CellProfiler导出用户想要在FCS Express中查看的测量数据。在本例中，我们将导出所有的测量数据。

(注意：如果您只想要导出包含参数的数据，请参见“为CellProlifer导出选择特定参数”教程)

 

这时的文件名应该看起来如图T24.32所示。

 

 

注意： "time(时间)"是一个你在LoadImages(导入图片)模块中定义的一般表达式中的一个值。使用一般表达式，允许根据输入文件名中的文本，为每个输出文件设置一个独一无二的名称。这将防止输出文件间的相互覆盖，并让FCS Express可以找到每个图片文件对应的图片蒙版。

 

这些都完成后，ExportToSpreadsheet(导出到电子表格)模块看起来应如图T24.33所示。

注意１：文件后缀".cptoc"代表CellProfiler Table of Contents(CellProfiler内容表格)，而".cpout"代表CellProfiler Output(CellProfiler输出)。"Image.cptoc"文件中保存着在管道中处理的所有对象的位置以及图片数目的信息，而"Nuclei.cpout"和"Cells.cpout"分别存储与单个对象以及分析相关的实际列表模式数据。每个在CellProfiler中定义的对象模板都应该有一个独立的".cpout"文件。我们只需要一个"Image.cptoc"文件。

注意２：您.cpout文件的名字必须以您正在导出的对象数据名称开始，可能会只包含对象名称和一般表达式。例如：文件名是nuclei.cpout和nuclei_<regular express>.cpout将产生一个正确的输出，但dataset1nuclei.cpout或者<regularexpression>_nuclei.cpout将导致一个非-工作输出。

 

 

注意：DefaultOUT.mat文件也将被导出到Output Folder(输出文件夹)。该文件是为了在MATLAB中使用。如果你不想用这个文件，我们建议你将其删除，以节省硬盘空间。

 

 

下一个练习中，我们将导入和分析单个图片数值数据。