这一部分适用于单个图片数据组，这组图片不是从96孔细胞盘上采集的，而是从例如一个玻片上拍下来的。

在CellProfiler中调整了导出设置并运行了管道后，你便可以来分析图片及把数据导入到FCS Express第５版中。

1.导入Section2pipelineCOMPLETED.cp管道文件到CellProfiler中。
2.请在CellProfiler中选择默认输入和输出文件夹，以便导入和存储数据，就如图T24.13所示。
3.在CellProfiler中分析图片。

 

把单个图片实验导入到FCS Express中

在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)做一点解释：

File selection(文件选择)对话框必须激活：

A.通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。
B.请选中Files/Directories(文件/路径)项目类别下的 "When creating a new plot, always display the selection dialog(当创建一新绘图时，总是显示选择对话框)"复选框。

(启用这个功能不是使用FCS Express的必需条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便)

 

4.打开FCS Express第五版。
5.通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。
6.请选择Data Loading(数据导入)项目类别下的Cell Profiler Options(Cell Profiler选项)(图T24.19)。
7.请从delimiter(分隔符)下拉列表中选择csv(逗号分隔符)。
8.选中Load Images(导入图片)复选框。
9.取消对Load path names from Cell Profiler table of contents file(从内容文件的Cell Profiler表格中，导入路径名)复选框的选择。
10.点击OK，来关闭FCS Express User Options(FCS Express用户选项)对话框。

 

 

 

Figure T24.19  CellProfiler Data Loading Options

Figure T24.19  CellProfiler Data Loading Options

 

 

11.请选择Insert(插入)→2D Plots(二维绘图)→Picture Plots(图片绘图)命令 (图T24.20)。

 

Figure T24.20  Choosing a Picture Plot to Insert

Figure T24.20  Choosing a Picture Plot to Insert

 

11.请在版面上任意位置点击，Select a Data File(选择一数据文件)对话框将出现。
12.请来到你保存从CellProfiler输出数据的Default Output Folder(默认输出文件夹)。
13.在Files of type:(文件类型：)下拉列表中，将文件类型更改为CellProfiler (*.cpout)(图T24.21)。这时会出现CellProfiler输出的那些文件的图标。在本例中，它们的名称分别为cells_05.cpout和nuclei_05.cpout。

 

Figure T24.21  Select a Data File Dialog

Figure T24.21  Select a Data File Dialog

 

14.选中cells_05.cpout，然后点击Open(打开)。

注意：在本例中，我们将使用cells_05.cpout文件, 该文件将显示在CellProfiler中，被IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块归为5分钟时间点对象的数据, 这一模块对应于整个细胞区域。Nuclei_05.cpout文件将显示在CellProfiler中，被IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块归为5分钟时间点的对象的数据，这个模块对应于细胞的细胞核区域。

15.请从Open 2D Plots(打开二维绘图)对话框中的Image Parameter(图像参数)列表框中，选择Cytoplasm(细胞质) ，来查看细胞质的图像(图T24.22)。
16.点击OK。

 

Figure T24.22  Choosing Image Parameters from the Open 2D Plots Dialog

Figure T24.22  Choosing Image Parameters from the Open 2D Plots Dialog

 

此时，一图像绘图会出现在您的版面上，表明数据被成功导入 (图T24.23)。

 

Figure T24.23  Example of the Cells (5 Minute Time Point) Picture Plot

Figure T24.23  Example of the Cells (5 Minute Time Point) Picture Plot

 

 

17.重复第11-16步，但这次在Open 2D Plots(打开二维绘图)对话框中，选择DNA作为Image Parameter(图像参数)。

注意：或者到第17步，您可以为之前创建的二维绘图做副本，然后通过点击X轴，选择DNA来替代Cytoplasm(细胞质)。

现在，版面看上去应如图T24.23b所示。

 

Figure T24.23b Picture plots of the cells_05.cpout file depicting cytoplasm and DNA

Figure T24.23b Picture plots of the cells_05.cpout file depicting cytoplasm and DNA

 

 

18.按照上面的步骤，可以创建任何类型的二维绘图。为了达到练习的目的，用户可以试着用同一个文件(i.e.cell_05.cpout)打开两个彩色点状图：

-AreaShape_Area(面积形状＿面积)和Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)

-AreaShape_Area(面积形状＿面积)和Intensity_MeanIntensity_DNA(强度_平均强度_DNA)

 

现在，版面看上去应如图T24.23c所示。

 

Figure T24.23c Picture plots and Scatter plots of the cell_05.cpout file

Figure T24.23c Picture plots and Scatter plots of the cell_05.cpout file

 

可在图像绘图和散布图上，轻松创建任何二维门。插入一个基于图像绘图门的新的二维绘图，将让用户可以像在点状图中那样查看数据，或者像在图像绘图中那样查看图像(图T24.24)。

 

Figure T24.24  Example of Gating on a Picture Plot and Backgating from a Dot Plot to a Picture Plot

Figure T24.24  Example of Gating on a Picture Plot and Backgating from a Dot Plot to a Picture Plot

 

下一个练习中，我们将从一个96孔细胞盘中导出数值数据。

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