在本节中，你将会学到：

•如何把数据导入到FCS Express第５版中，以便查看热图、二维绘图以及一维绘图。

 

在CellProfiler中调整了导出设置并运行了管道后，你可以把数据导入到FCS Express第５版中。FCS Express只需要关于实验设置的另外一项信息 。CellProfiler现在还不能以实验中用到的细胞板格式导出。一些标准的细胞盘格式定义可以在FCS Express网站下载。在本例中，我们将使用一个96孔细胞盘模板，用户可在Tutorial Sample Data archive(教程样本数据库)中找到这个模板，其名称是Experiment.ini。细胞盘格式定义文件必须被命名为Experiment.ini，并且放置于您在CellProfiler中输出数据Default Output Folder(默认输出文件夹)中。

 

1.请下载在前一节中用到的样本数据。
2.导入Section3pipelineCOMPLETED.cp管道文件到CellProfiler中。
3.请在CellProfiler中选择默认的输入和输出文件夹。
4.在CellProfiler中分析图片。

 

仅导入96孔细胞盘数值数据

在开始以下步骤之前，我们先对FCS Express Preferences(FCS Express设置)做一点解释：

File selection(文件选择)对话框必须激活：

A.通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。
B.选中“When creating a new plot, always display the selection dialog(当创建一新绘图时，总是显示选择对话框)”复选框 ，它位于Files/Directories(文件/路径)项目类别下。

(启用这个功能不是使用FCS Express的必需条件, 在本教程中选择这个功能只是为了方便)

 

5.打开FCS Express第五版。
6.通过选择File(文件)→Options(选项)来打开FCS Express User Options(FCS Express用户选项)。
7.从Data Loading(数据导入)项目类别中选择Cell Profiler Options(Cell Profiler选项)(图T24.27)。
8.从delimiter(分隔符)下拉列表中选择csv(逗号分隔符)。
9.取消对Load path names from Cell Profiler table of contents file(从内容文件的Cell Profiler表格中，导入路径名)复选框的选择。
10.点击OK，来关闭FCS Express User Options(FCS Express用户选项)对话框。

 

注意：本例中没有和数据相关的图片，所以Load Images(导入图片)复选框必需处于非选中状态。

这些都做完后，对话框看起来应如图T24.27所示。

 

Figure T24.27  CellProfiler Data Loading Options for Data Only

Figure T24.27  CellProfiler Data Loading Options for Data Only

 

10.请选择Insert(插入)→Other Plots(其它绘图)→Heat Map(热图)命令 (图T24.28)。

 

Figure T24.28  Choosing to Insert a Heat Map

Figure T24.28  Choosing to Insert a Heat Map

 

11.请在版面上任意位置点击。Select a Data File(选择一数据文件)对话框将出现。
12.请来到你保存CellProfiler中输出数据的Default Output Folder(默认输出文件夹)。
13.在Files of type(文件类型)下拉列表中，更改文件类型为Cell Profiler (*.cpout)(图T24.29)。这时会出现CellProfiler输出的那些文件的图标。在本例中，它们的名称分别为cells.cpout和nuclei.cpout。

 

Figure T24.29  Choosing CellProfiler Files

Figure T24.29  Choosing CellProfiler Files

 

14.选中cells.cpout，然后点击Open(打开)。

注意：在本例中，我们将使用cells.cpout文件，该文件将显示在CellProfiler中归为IdentifySecondaryObjects(确认次要对象)模块中的数据，这一模块对应于整个细胞面积。文件nuclei.cpout将显示CellProfiler中归为IdentifyPrimaryObjects(确定主要对象)模块中的数据，这个模块对应细胞的细胞核区域。

15.请在Open2D Plots(打开二维绘图)对话框中，点选您想要在 热图上查看的Y-Axis Parameter(Y-轴参数)。对本例来说，我们选择Intensity_MeanIntensity_Cytoplasm(强度_平均强度_细胞质)(图T24.30)。

 

Figure T24.30  Opening a Heat Map and Choosing the Y-Axis Parameter from the Open 2D Plots Dialog

Figure T24.30  Opening a Heat Map and Choosing the Y-Axis Parameter from the Open 2D Plots Dialog

 

16.点击OK。

这时在版面上会出现一个热图，表明数据被成功导入(图T24.31)。

 

Figure T24.31  Example of a Heat Map Generated from CellProfiler Data

Figure T24.31  Example of a Heat Map Generated from CellProfiler Data

 

下一个练习中，我们将导出单个图片数值数据。

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