格式化增殖柱状图

在本节中,我们将:

学习如何调整增殖数据层,以便更好地查看用户感兴趣的细胞群。
学习如何创建曲线拟合统计。
学习如何对细胞分裂柱状图做平滑处理。
学习如何应用批处理来分析多周期增殖样本。

 

1.打开教程样本数据文件夹下"Proliferation Tutorial(增殖教程)"文件夹中的"Proliferation Tutorial Formatting Section.fey"版面。
2.点击“Proliferation Data(增殖数据)”页面。
3.请在增殖柱状图上点击,将其选中。
4.请选择Format(格式化)标签→ Plot Options(绘图选项)→ Overlays(数据层)命令。
       Formatting Overlays(格式化叠加图层)对话框会出现(图T20.11)。
5.从左边请选择Noise(噪音)叠加图层(图T20.11a,number1).
6.取消对Visible(可视)复选框的选择(图T20.11anumber2).
7.请从左边选择Generation 6(第6代细胞)(图T20.11bnumber1).
8.red(红色)更改为蓝色(图T20.11bnumber2).
9.Fill Style(填充样式)下拉菜单下,选择第一个选项,一个完全填充的矩形(图T20.11bnumber3).
10.请从左边选择Generation 6(第6代细胞)(图T20.11cnumber1).
11.Fill Style(填充样式)下拉菜单下,选择第一个选项,一个完全填充的矩形(图T20.11cnumber2).
12.点击OK(图T20.11cnumber3).
Figure T20.11a Removing the noise overlay from the proliferation plot.

Figure T20.11a Removing the noise overlay from the proliferation plot.

Figure T20.11b Coloring generation 6 in the proliferation plot blue.

Figure T20.11b Coloring generation 6 in the proliferation plot blue.

Figure T20.11c Coloring generation 8 in the proliferation plot green.

Figure T20.11c Coloring generation 8 in the proliferation plot green.

 

此时,显示的增殖柱状图不带有噪音,第6代细胞的增殖峰用蓝色填充,第8带细胞的增殖峰用绿色填充(图T20.12)。这让我们能更轻松的确认和可视化每个细胞代和拟合峰。通过这种方法,用户可更改任何不同的拟合元素和数据层。

 

 

Figure T20.12 The formatted proliferation plot displaying different generations in different colors with the noise overlay removed.

Figure T20.12 The formatted proliferation plot displaying different generations in different colors with the noise overlay removed.

RMS error(均方根误差)R-Chi Square(R-卡方)是两个衡量拟合好坏的参数。在设置增殖模型拟合参数时,关注参数的修改对这两个统计数据的影响是非常重要的。从数学理论上说,能够使得RMS(均方根误差)R-Chi Square(R-卡方)最小的设置组合,是最好的拟合。我们现在来演示一下和增殖模型相关的统计。

12.请右键点击增殖柱状图,调出相关弹出菜单。
13.从弹出菜单中选择Statistics(统计)→Proliferation Fit Statistics选项。

 Proliferation Fit Statistics (增殖拟合统计)窗口将出现。

14.请右键点击增殖柱状图,调出相关弹出菜单。
15.选择Statistics(统计)→Proliferation Population Statistics(增殖群体统计).

 Proliferation Population Statistics(增殖群体统计)窗口将出现。

16.请移动两个统计表格,让增殖柱状图和两个表格都可见,如图T20.13)。

 

Figure T20.13  Proliferation Histogram with the Proliferation Fit Statistics and Proliferation Population Statistics

Figure T20.13  Proliferation Histogram with the Proliferation Fit Statistics and Proliferation Population Statistics

 

 我们现在要来把增殖柱状图进行平滑处理.

17.请在增殖柱状图上点击,将其选中。
18.请选择Format(格式)→Plot Options(绘图选项)→Overlays(叠加图层)命令。

 Formatting Overlays(格式化叠加图层)对话框将出现,类似于图T20.11。

注意:在默认情况下,左手边的第一个叠加图层处于选中状态。这将是我们要进行平滑处理的叠加图层,因为其它的叠加图层都是从拟合算法中计算出来的。

19.请把Smoothing(平滑处理)增加到6.
20.点击OK。

这时细胞分裂柱状图以及统计数据进行了更新,来反映这个平滑处理(图T20.14)。现在,黑色的原始数据轮廓线平滑了很多,拟合也变化显著(注意,增殖拟合和增殖群体统计也变化了)。尽管这一处理给出了一个更好的视觉呈现,但这一功能要谨慎使用,因为它会影响使用原始数据时统计数据的获得,因而进一步影响对数据的表述。注意:R-Chi Square(R-卡方)值已经从4.82增加到17.76,这是对原始数据平滑处理的结果,表明是一个劣质的拟合。因此,明智的做法是,从一个非平滑处理的增殖绘图获得统计数据,在增殖绘图的副本或者常规柱状图中应用平滑处理,来只给予视觉呈现。

 

 

Figure T20.14  Proliferation Histogram and Associated Statistics with Smoothing

Figure T20.14  Proliferation Histogram and Associated Statistics with Smoothing

 

现在,我们已经格式化我们的绘图和插入一个增殖统计。下一章节,我们将创建处理三个样本实验。