针对图像数据的批处理以及生成报表操作 |
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在这一节中，我们将学习如何:
| • | 打开一个版面，然后为一个96孔的细胞板上的几个细胞孔设置一个批处理过程 |
| • | 设置Batch Processing Actions(批操作)来把批处理结果导出为报表 |
| • | 在批处理的循环间暂停以确保批处理的当前循环正在被正确地分析 |
| • | 重新设置批处理以便以自动的方式运行批处理 |
| • | 从版面导出一个高分辨率的、可供发表的图像 |
| • | 把版面导出为一个PowerPoint文件 |
| • | 把版面导出到PDF文件 |
我们将使用位于教程样本数据库中IntroToImage4.fey的版面。该版面文件包含一个详细的、预先格式化好的对图像数据进行批处理以及生成报表的方式。
在本节教程中，我们将使用Molecular Devices ImageXpress Velos系统生成的数据。该系统以前称为"IsoCyte"。我们将首先打开FCS Express 4来查看一下设置，将其关闭；然后再打开IntroToImage4.fey版面，学习如何导入数据并将其放入数据列表中。
ImageXpress Velos System是一个高速细胞仪，它对整个细胞板进行整体细胞成像。每个细胞基本上只有10-20像素大小，在整个图像中看起来似乎只有很小的一点。该系统只需3分钟便可对细胞板进行扫描，因此它允许进行高速、大量基于图像的细胞分析。这特别适用于对那些在悬浮液中、无法被流式细胞分析技术区分开的紧挨着的细胞进行分析。
ImageXpress Velos数据现在和FCS Express 4 Image Cytometry完全兼容。就像我们在本教程中稍后提到的那样，我们可以把选项设置为从ImageXpress Velos中立即导入数据并在FCS Express中打开。你将看到一个在96孔板上进行的活细胞-死细胞实验对应的图像以及绘图。我们将使用一个预先定义好的版面来查看这个实验中的细胞板上的一行数据。这一行细胞孔包括一组浓度稀释实验，对应的细胞从全部存活到全部死亡。活细胞被在软件中定义为"IMEAN-1"的染色剂染色；而死细胞被"IMEAN-3"染色。
第1部分: 查看设置选项以及为批处理分析做准备
| 1. | 请从微软的Start Menu(开始菜单)打开FCS Express 4，或者使用FCS Express 4桌面图标来打开一个空白版面。 |
| 2. | 请在用户选择菜单中选择Default(默认)(图T28.51)。 |
| 3. | 请点击OK。 |
图T28.51 Selecting the Default User (选择默认用户)
FCS Express 4将打开一个空白页面，Home(首页)标签卡处于选中状态。我们现在要确认数据导入选项设置正确。
| 4. | 请左键点击Application Button(应用程序按钮) 。 |
| 5. | 请在出现的菜单的右下角点击Edit Preferences(编辑选项)按钮(图T28.52)。 |
图T28.52 Edit Preference Button in Application Menu (应用程序菜单上的编辑选项按钮)
| 5. | 请在菜单左下角Data Loading(数据导入)列表选项旁边点选"+"标记，这时会打开一个子目录(图T28.53)。 |
图T28.53 Data Loading Options (数据导入选项)
| 6. | 请点击IsoCyte options(IsoCyte选项)来查看修改选项(IsoCyte是ImageXpress Velos以前的名字)。如果这个选项显示ImageXpress Velos，而非IsoCyte，这也应该是正确的选项。IsoCyte选项将出现在右侧(图T28.54)。 |
| 7. | 请确保"Load cell images(导入细胞图像)"是唯一被选中的复选框。只有当使用高涵量模块时才需要把数据作为细胞板导入。在计划进行批处理分析时，请不要把数据作为细胞板导入，除非你想要通过细胞板来进行批处理；除非你需要背景图像，否则请不要导入它们。在本例中我们不需要背景图像，它们会占用大量CPU以及内存资源。 |
图T28.54 Correct Settings for Data Loading (为数据导入进行正确的设置)
| 8. | 请点击OK。 |
| 9. | 请从教程样本数据库中导入IntroToImage4.fey版面。 |
你将看到一个预先为分析和制作报表定义好的模板，它们将被应用到在IsoCyte/Image Express Velos中运行的活细胞/死细胞实验中。版面上的Batch Setup(批处理设置)页面有一个空的Data List(数据列表)、4个没有内容的绘图、在上方的空白数据表格以及一个Gate View(门视图)(图T28.55)。我们现在来从教程样本数据库中导入数据。
图T28.55 The Empty Layout Template (空白的版面模板)
| 10. | 请点击空白数据列表上的绿色"+"，把数据添加到模板中(图T28.56)。 |
图T28.56 Empty Data List (空的数据列表)
| 11. | 请来到 Sample Data(样本数据)> IsoCyte With Images(带有图像的IsoCyte)> Live_dead_96.well.iso文件夹 (图T28.57)。 |
图T28.57 Selecting the Data Files to Import (选择要导入的数据文件)
| 12. | 请选中所有的Live_dead_96...文件。 |
| 13. | 请点击Open(打开)。 |
Data List(数据列表)现在应该显示活细胞-死细胞数据组中的12个孔的数据(A01-A12)(图T28.58)。
图T28.58 Data List showing Data Files (显示数据文件的数据列表)
| 14. | 请点击第一个活细胞-死细胞文件(它将高亮显示为深蓝色)(请见下方的图T28.59)。 |
| 15. | 请点击数据列表菜单上的Change data(修改数据)图标，在下拉列表中请选择Change Data on All Plots(修改所有绘图上的数据)(图T28.59)。 |
图T28.59 Selecting the Data File to Load Into Layout (选择要导入版面中的数据文件)
所有版面中的绘图和表格都将显示A01孔数据(图T28.60)。
图T28.60 Batch Setup Page of IntroToImage4.fey Showing Data from Well A01 (IntroToImage4.fey版面中的批处理设置页面显示A01孔中的数据)
| 16. | 请点击Ribbon条上的Data List(数据列表)标签卡(图T28.61)。 |
图T28.61 The Data List Tab (数据列表标签卡)
注: 通过点击Change Data on All Objects(修改所有对象上的数据)菜单上的Next(下一个)按钮，你可以查看后面的细胞孔(图T28.61)。一旦你来到列表上后面的部分，你也可以通过Previous(前一个)按钮翻动到前一个细胞孔。如果你已经移动到了其它的细胞孔，请再次回到A01细胞孔。
| 17. | 请观察版面中的Data list(数据列表)(图T28.62)。注意到列表中的数据是从A-01孔到A-12孔。 |
图T28.62 Data List (数据列表)
| 18. | 请点击数据列表窗口右上角的"x"，关闭Data List(数据列表)。 |
| 19. | 请在Ribbon条上点击Data Tab(数据标签卡)→Organize Data Set(组织数据集)→Data List(数据列表)图标，重新打开Data List(数据列表)。我们刚刚就演示了如何打开一个数据列表。 |
请再次查看一下IntroToImage4.fey版面中的Batch Setup(批处理设置)页面。注意到页面顶端上有一个摘要表格和四个绘图(图T28.63)。上面的两个点状图分别代表指定细胞孔中的活细胞和死细胞通道。页面底部的图像绘图分别是活细胞和死细胞的图像。 Live Cells(活细胞)和Dead Cells(死细胞)门已经被事先设置好了。 点状图中的Tokens(标记)计算活细胞和死细胞的百分比。其它的门(# Cells in Live/Dead(活/死细胞数目))对每个荧光通道中的事件数进行计数。
图T28.63 Batch Setup Page of IntroToImage4.fey (IntroToImage4.fey版面的批处理设置页面)
请观察页面顶端的数据表格，我们正在查看的是A-01孔中的数据，如表格中最左上方的单元格所标示的那样(图T28.64)。
图T28.64 The Data Summary Table (数据摘要表格)
| 21. | 请点击Change Data on All Objects(修改所有对象上的数据)菜单上的Data Tab(数据标签卡)→Next(下一个)按钮。注意到所有四个绘图都进行了更新来显示A-02孔中的图像和数据(图T28.65)。 |
图T28.65 The Data Tab (数据标签卡)
| 22. | 请使用Change Data on All Objects(修改所有对象上的数据)菜单上的Next(下一个)按钮来查看一下所有细胞孔。请注意观察，在逐步向下移动过程中，图像绘图以及点状图从一开始的活细胞占大多数变为死细胞占大多数。请注意观察摘要表格中的数据也随着细胞孔的变化而变化。 |
| 23. | 请通过不断地点击Change Data on All Objects(修改所有对象上的数据)菜单上的Previous(前一个)按钮回到A-01细胞孔上。 |
修改摘要表格
| 24. | 请在Ribbon条上点击Insert tab(插入标签卡)→General(常规)→Text Box(文本框)。 |
| 25. | 请把新的文本框插入到版面上的任何位置(图T28.66)。 |
图T28.66 The Insert Tab (插入标签卡)
| 26. | 请右键点击文本框，调出弹出菜单。 |
| 27. | 请选择Table(表格)→Insert Table(插入表格)子选项(图T28.67)。 |
图T28.67 Inserting a Table (插入表格)
这时会出现一个新的窗口，允许你选择创建一个任意行列数的表格(图T28.68)。
| 28. | 请把Number of columns(列数)文本框改为"5"。 |
以上步骤演示了版面中已经有的摘要表格是怎么创建的。而我们只想编辑本教程中已有的表格，而非创建一个新的表格。所以请点击Cancel(取消)，不要创建一个新的表格。
图T28.68 Insert Table Configuration (插入表格设置)
| 29. | 请左键点击文本框，将其选中，然后右键点击文本框，从弹出菜单上选择Cut Text Box(剪切文本框)。另外一种方法是，选中文本框，按下delete(删除)键。 |
| 30. | 请点击摘要表格左上方的单元格中的文本"Well ID(单元格编号)"(图T28.69)。 |
图T28.69 Summary Data Table (摘要数据表格)
| 31. | 请像你在Word、Excel或者PowperPoint中那样编辑"Well ID(细胞孔编号)"文本。请使用CTRL+Z命令撤销所做的操作。 |
| 32. | 请使用标准的Windows选择方法(在A01的右侧按下鼠标不放，向左拖动鼠标选中整个文本；当选中文本后请松开鼠标)，选中摘要数据表格中的A01文本。A01的背景颜色为灰色，表明该文本为一个标记。注意到文本在选中后变成了白色(图T28.70)。 |
图T28.70 Selecting the Token (选择标记)
| 33. | 请双击A01标记。这时会出现一个格式化窗口，让用户可以选择和编辑标记(图T28.71)。 |
图T28.71 Edit Token Dialog Box (编辑标记对话框)
| 34. | 请选择Keyword(关键字)类别选项，选择一个显示关键字的标记(图T28.72)。 |
| 35. | 请点击省略号(...)。 |
| 36. | 请从Please select a keyword(请选择关键字)对话框选中Well Name(细胞孔名称)。 |
| 37. | 请点击OK。你刚刚把Well ID替换成了Well Name。 |
图T28.72 Selecting a Token To Display Well Name in the Summary Data Table (选择一个标记来在摘要数据表格中显示细胞孔名称)
选做: 你可以重复第31-37步，把摘要数据表格中的表头文本"Laser Line(激光线)"替换为"Master Channel(主通道)" ,然后选择Master Channel(主通道)作为标记来显示。这将让你在插入关键字标记方面进一步练习。如果你做了这个改动，请撤消所做的修改。
在这个报表部分，摘要数据表格中表头以下的数据行均为标记，它们可以在表格中显示动态数据。我们已经把从IsoCyte/ImageXpress Velos获得的关键字Well Name(细胞孔名称)以及Laser Name(激光名称)插入到了前两个单元格中。
注: 我们可以随意设置摘要数据表头的格式，因为它们只是一般文本。它们的名称为"Well ID(细胞孔编号)"以及"Laser Line(激光线)"，要比设备给出的默认名称(Well Name(细胞孔名称)以及Laser Name(激光名称))要更清楚。表中的其它数值均为标记，表示从特定门计算出来的数值。
例如，%Live cells(活细胞百分比)以及% Dead cells(死细胞百分比)是两个标记，它们分别显示在Live Cells(活细胞门)以及Dead Cells(死细胞门)中细胞的比率。Live/Dead Ratio(活细胞与死细胞比率)标记是一个"自定义标记"，我们在FCS Express 4中可以使用自定义标记来创建由两个从门中计算出来的数值的比率(活细胞百分比/死细胞百分比)。我们不会在此详细讨论自定义标记。要想更详细地了解如何使用标记，请查看"文本框和标记"或者查看手册中"使用标记"一节。 我们不会对表格中的标记做任何的修改。
| 38. | 请通过在整个表格上点击和拖动来选中摘要数据表格中的所有文本。或者，请点击表格中的任意一个单元格，按下CTRL+A来选中表格中的所有文本(图T28.73)。 |
图T28.73 Selecting all Text in the Summary Data Table (选中摘要数据表格中的所有文本)
| 39. | 请选中Text(文本)标签页，如图T28.74所示。 |
图T28.74 Text Tab Font and Bold Selection (文本标签页字体和加粗选择)
| 40. | 请把表格中文本的大小从10pt改为12pt，如图T28.74所示。 |
| 41. | 请点击"B"按钮，把所有文本改为Bold(粗体)，如图T28.74所示。 |
注: 在版面页上编辑文本的方式和在微软产品中编辑文本方式相同。这让版面可以按照你的要求制作出自定义报表。摘要数据表格现在将看起来如图T28.75a以及图T28.75b所示。
图T28.75a Summary Data Table All Cells Selected (摘要数据表格中所有的单元格均被选中)
| 42. | 请点击摘要数据表格中任何一个地方来取消高亮显示以便来查看所做的改变。 |
图T28.75b Summary Data Table All Cells Modifed to Bold and 12pt Font (摘要数据表格所有的单元格被修改为粗体和12pt字体)
第2部分: 为图像数据设置批处理分析
我们将设置一个批处理分析并运行该分析，以便创建一个报表来从FCS Express 4中导出数据。在本例中，批处理的设置已经预先做好了；我们仅在这里查看一下它们，然后运行几次批处理。请查看批处理教程来更详细地学习如何设置高级批处理和报表功能。
| 43. | 请点击Batch tab(批处理标签卡)→Batch Processing(批处理)→Batch Actions(批操作)(图T28.76)。批操作窗口将如图T28.77所示。 |
图T28.76 Opening the Batch Actions Window (打开批操作窗口)
注意到在Batch Actions(批操作)菜单上有很多的选项用来设置一个批处理分析以及报表(图T28.77)。请熟悉一下这些选项。我们不会在本教程中介绍如何一步一步从头设置。一旦设置好了，对数据的批处理分析以及生成报表可以同时进行，数据可以导出为Excel、PowerPoint或PDF格式。要想更多地了解如何生成报表，请参考批处理教程。
注意到在Batch Process Actions(批操作)窗口中已经为数据列表中的每个细胞孔提前设置好了批分析过程，结果数据将被导出到PDF文件和Excel电子表格。PDF文件将显示我们在Batch Setup Page(批设置页面)看到的内容，Excel文件被设置为在运行批处理过程中自动把某些值记录到电子表格中。要导出到Excel中的项目都被列了出来。
图T28.77 Batch Analysis Options and Configuration for IntroToImage4.fey (批分析选项以及针对IntroToImage4.fey的设置)
为了演示设置批处理输出如何简单，我们将使用标记的拖放功能来把另外的一个变量添加到要输出的Excel电子表格中。
| 44. | 请在版面的Batch Setup(批设置)页面中的摘要数据表格中选中Total Events(所有事件)标记。当标记被正确选中后，它会显示为白色(图T28.78)。 |
图T28.78 Selecting the Token for Total Events (选中所有事件标记)
| 45. | 请点击高亮显示的标记；按住鼠标左键不放，把它拖到Batch Process Actions(批操作)窗口中的Excel (Column Mode(列模式))图标上。看到 "+" 标记后，请松开鼠标。如下图T28.79所示。 |
图T28.79 Drag and Drop Onto the Batch Actions List (拖放到批操作列表上)
| 46. | 请双击列表上的最后一项Keyword: Counts for Plot #2, overlay #1。这时会出现一个新的窗口(图T28.80)。 |
图T28.80 Modification of a Batch Export Command (修改批导出命令)
| 47. | 请选择Field(字段)类别选项。Column Name(列名称)编辑框是空的，我们要对其进行编辑。请参见下图T28.81。 |
| 48. | 在Column Name(列名称)框中输入"Total Events(所有事件)"。 |
图T28.81 Editing the Column Name Box (编辑列名称框)
| 49. | 请点击"OK"。这样你就为Excel文件中记录所有事件数的一列起好了名称。 |
这一标记现在已经被加到了Excel导出报表中。每个细胞孔的实际值将被记入到一个Excel表格中，我们已经对该列表头进行了编辑，它在报表中将显示为"Total Events(所有事件)"。通过取消对Batch Process Actions(批操作)窗口列表上任何批操作旁边的复选框的选择，你可以关闭该批操作。我们在本节概述性的教程中不会讨论设置批分析的细节。要更多地了解批处理，请参考批处理教程。在用户手册中也有一部分是关于批处理的。
我们现在要把桌面作为批处理过程中保存PDF以及Excel报表的路径。
| 50. | 请在Batch Actions(批操作)窗口上双击Export to PDF(导出到PDF)(图T28.82)。 |
图T28.82 Editing the PDF Export Settings (编辑PDF导出设置)
这会打开一个菜单，显示导出文件设置选项(图T28.83)。
| 51. | 在Output file options(输出文件选项)部分，请点击文件夹图标，选择保存位置。这时会打开一个文件对话框。 |
图T28.83 Editing the PDF Export Saving Path (编辑PDF导出保存路径)
| 52. | 请选择桌面并把PDF文件命名为"MyBatchReport"。 |
| 53. | 请点击Save(保存)，路径名出现在空白的输出文件选项窗口。 |
| 54. | 请点击OK。 |
| 55. | 请双击Batch Actions(批操作)窗口中的Excel (Column Mode(列模式)) (图T28.84)。 |
图T28.84 Editing the Excel Export Settings (编辑Excel导出设置)
这将打开一个菜单，显示导出文件设置选项(图T28.85)。
| 56. | 就像你刚才对PDF文件所做的那样，请把桌面设置为你的Excel报表的路径并把你的文件命名为"MyBatchReport"。(见图T28.85)。 |
图T28.85 Editing the Excel Export Saving Path (编辑Excel导出保存路径)
第3部分: 运行批处理以及查看报表
| 57. | 请点击 Batch tab(批处理标签卡)→Batch Processing(批处理)→Options(选项)。这时会出现一个设置窗口(图T28.86)。 |
图T28.86 Configuring Batch Processing Options (设置批处理选项)
注意到在设置批处理过程中你有很多选项。请不要修改任何已有的设置。但请注意到我们已经选中了复选框Pause between iterations(在循环之间暂停)。这样我们在对批处理进行测试时便不需要为所有细胞孔运行批处理。在本例中，我们只有12细胞孔，我们将让批处理一次运行完。在循环之间暂停是一个很好的测试批处理运行的方法，你可以查看一下批处理步骤但不需要花时间运行整个批处理过程。
| 58. | 请取消对复选框Pause between iterations(在循环之间暂停)的选择。 |
| 59. | 请点击OK。 |
| 60. | 请点击Batch tab(批处理标签)→Batch Processing(批处理)→Run(运行)。 |
批处理大概会运行一分钟。在批处理过程中会出现一个状态窗口，显示批处理进行到了哪里(图T28.87)。
图T28.87 Batch Processing Status Window (批处理状态窗口)
批处理完成后，一个名为MyBatchReport.pdf的PDF文件会自动打开。类似地，一个名为MyBatchReport.xls的文件也会打开。(图T28.88)。
| 61. | 请查看一下该PDF文件，确认该文件有12页，每页对应一个细胞孔(图T28.88)。 |
图T28.88 "MyBatchReport" PDF Report from Batch Actions (批操作生成的"MyBatchReport"PDF报表)
让我们看一下Excel文件(图T28.89)。该Excel电子表格有12行数据，这些数据都显示在指定的列名下。注意到Total Events(所有事件)一列现在有着恰当的名称。
图T28.89 "MyBatchReport" Excel Spread Sheet Report from Batch Actions (批操作生成的"MyBatchReport"Excel电子表格报表)
| 62. | 请关闭批操作窗口以及所有的PDF和Excel文件。你无需保存报表。 |
从FCS Express导出高分辨率图像
你可以把版面页中的任何组件保存为一个高分辨率图像或有发表质量的图片。
| 63. | 请选择活细胞Live_dead_96_A01.iso图像绘图，如图T28.90所示。 |
注: 如果点选绘图的中心，绘图将会有一个绿色的边框。如果点选绘图的边缘或一个绿色边框，绘图将有一个红色的边框。对于导出图像来说，两种状态都可以。
图T28.90 The Live_dead_96_A01.iso compensated" Picture plot (Live_dead_96_A01.iso补偿过的图像绘图)
| 64. | 请点击Application button(应用程序按钮) →Save Layout As(版面另存为)→ Save selection As Picture(把选中的对象保存为图片)。 (图T28.91) |
图T28.91 Saving a Selected Plot as a Picture (把选中的绘图另存为图片)
| 65. | 请选择桌面作为目标路径并将文件命名为"MyExportedImage"。 |
| 66. | 请选择.TIF格式来把图像保存为.tif格式。 |
| 67. | 请点击Save(保存) |
| 68. | 请在桌面上点击查看该.tiff图像。注意到这是一个高分辨率图像。你可以在FCS Express中设置具体的分辨率。 |
| 69. | 请关闭版面，请不要保存修改。 |
祝贺你！你已经完成了FCS Express 4 Image Cytometry介绍教程的学习。