在这一节中，我们将学习如何：

 

了解在FCS Express Image Cytometry中导入图像数据

当对图像数据进行操作时，我们有几个数据要素要考虑：原始图像数据、用来定义图片内单独对象的分区图、推导出每个对象对应的多参数结果。理想情况下，所有这些数据FCS Express都可用。如果仅有细胞多参数数据，你仍然可以使用不含有交互图片选项的流式细胞分析工具来评估结果。

如果图像和分区图可用，FCS Express可以把多参数结果重新和源图像链接起来。这样，单个细胞便会在picture plots(图像绘图)中高亮显示出来；单个细胞的图像也可以在细胞列表中显示和操作；有意义的多参数数据也可以在基于细胞的基础上进行评估。因为FCS Express Image Cytometry可以从多个图像平台导入数据，所以你可以轻松的导入和操作你的数据。

 

第1部分：处理Image Cytometry数据

我们将使用 IntroToImage1.fey版面。版面，它位于中的Tutorial Sample Data archive→Intro to Imaging Tutorial文件夹。该版面文件包含一个详细的、预先格式化好的处理图像数据的方法。作为对图像细胞分析软件的一个介绍性教程，我们将不会花很多时间来介绍我们在其它章节详细介绍过的操作。如果用到的话，我们会在本教程中引用相关的章节。

 

 

这是一个2页的版面，请确认你正在查看的是Example页。该页包含关于细胞数据的３个picture plots(图像绘图)和一个Color Dot Plot(颜色点图)(图T28.1)。页面中也有一个"Data List(数据列表)"来显示版面中使用的数据；页面中工作区的右侧还有一个Data Grid(数据网格)来显示单个细胞信息。你可以把绘图以及网格放在Example页中的任何地方。该版面也包含有1个Blank page(空白页).

 

 

 

此Color Dot Plot(颜色点图)显示由CellProfiler测量和保存的多参数中的两个参数，它们分别在X轴和Y轴上。你可以很方便地修改显示在Color Dot Plot(颜色点图)。我们接下来要修改一下X轴参数。

 

新的参数就被选中了，显示在X-轴上。这种方法可应用于任何有多参数的绘图类型上。

 

 

 

 

撤销是FCS Express中的一个非常重要的特征。你可以使用Ctrl+Z来撤销你做出的改变。FCS Express支持不限次数的撤销命令。

 

 

 

还有一种修改X-Y轴参数显示以及修改点状图其它属性的方法。

 

 

       

这是绘图的常规格式屏幕。FCS Express中所有绘图和其他很多对象，都可用相似的方法进行格式化。

 

 

 

请注意，现在你有几个选项来修改绘图。在此可对绘图所有的选项进行格式化。

此X 轴和Y轴可以进行修改。在本教程的Formatting (格式)菜单中，我们将使用其多种功能，所以请熟悉一下菜单上的选项，但此刻请不要做任何修改。

 

 

现在，让我们在此窗口中更改点的大小为8(图T28.4)。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

重申一次，在FCS Express中无限制撤销和重做是非常有力的特征。6当你做了改变以后，你可以使用Ctrl+Z来撤销做出的改变。

 

 

 

 

 

 

请观察： 在图像绘图中，由于门的移动，细胞的高亮显示状态也会改变，红色的细胞会指示出，哪些细胞在门中。

 

 

 

 

 

 

 

第2部分：从零开始建立一个版面页

 

 

 

 

 

 

这个图像绘图将被命名为pictureplotsample1.dns这是因为这一数据是嵌入在版面中的，如数据列表所示(图T28.13)。(注意："pictureplot1.dns"在你的绘图上可能不会高亮显示为深蓝色，这没关系)

 

 

你现在应该有两个相同的绘图，一个在另一个的上方，如图T28.14所示.

 

 

在下面的图T28.15中，你应该有绿色的Cytoplasm(细胞液)和蓝色的Nuclear(细胞核)图片。

 

 

 

一个Paste Special(选择性粘贴)对话框将出现，如下图T28.17所示。

 

 

这将创建一个双通道叠加图层，图T28.18所示

 

 

注意：

要学习其它导入新的图像数据集以及插入图像绘图的方法，请查看picture plots(图像绘图)专题项目的方式。

要学习更多修改数据和图像绘图的方法，请参见“格式化绘图”专题项目的方式。

 

现在，我们将在版面中插入一二维点状图。

 

 

 

 

 

 

 

 

点状图现在看起来应如图T28.22所示。

 

 

你的Blank Page(空白页)将和图T28.23中的Example Page类似。

 

 

 

 

第3部分：图像门操作策略

在使用图像细胞分析时，我们常常在代表细胞数据的点状图上应用门，然后在原始图像上查看门中的细胞。查看实际的细胞图像，可以帮助确定门中的细胞群代表的细胞形态的预期改变。在这一部分，我们将：1)为一张图片上应用门并且更新绘图，2)在绘图上添加门以更新图片中高亮显示的细胞。

 

这一版面有2个picture plots(图像绘图)和２个dot plots(点状图)。这些图片代表了相同细胞的细胞核染色以及细胞质染色(图T28.24)。请注意，门应用在细胞质图片上。这些门分别为一个绿色的矩形门以及一个红色的圈状门。请注意，图像下方彩色点状图中的红色和绿色的数据点，它们代表了在图片绘图的被圈门了。请注意，版面中也包括了一个Gate View(查看门)以及 一个细胞列表。这些组件可以帮助我们跟踪版面中的活动。还未讨论的项目标记为红色。下方的图T28.26显示了完整的版面。

 

 

 

 

 

注意：蓝绿色门中的Nuclear Image(核图像)绘图上画的蓝绿色矩形门(图T28.26)。注意到，在nuclei_05.cpout 图片绘图中，蓝绿色方形门中的细胞被高亮显示为蓝绿色。

 

 

 

注意到，DNA图片蓝绿色细胞进行了实时更新。

 

 

 

注意，仅仅在 绿色方形门 中的细胞才会显现绿色。在绿色矩形门中的蓝绿色门中只会显示白色。此DNA图像绘图仅仅高亮显示蓝绿色门中的细胞，因为绿色方形门也应用到了该绘图上，现在绘图仅仅高亮显示既在蓝绿色门又在绿色门中的细胞(图T28.28a和b)。

 

 

 

 

 

注意到，在图像中仅仅门中的细胞可见(图T28.29)。(图像显示可能不会有什么改变，因为蓝绿色门在添加绿色门之前就被应用到绘图上了)

 

 

注意：Data Grid(数据网格)中显示了细胞图像。细胞的图像在版面右侧提供了一个"Cell Gallery(细胞列表)"，显示图像中的所有细胞以及选定的参数数据。注意到，一个细胞所在的门被显示在门里中，其标志为一个彩色矩形(见下方的T28.30)。

 

 

注意到，Data Grid(数据网格)里的细胞列表现在仅仅显示蓝绿色门中中的细胞。那些既在蓝绿色门中的细胞也在绿色方形门和/或红色圈形门中中(你也许要向下翻才能看到它们)。注意：你的Data Grid(数据网格)也许不会看起来完全和图T28.30中显示的一样，因为数据网格中的数据取决于演示版面中门的最后的位置。

 

 

 

 

现在，细胞列表已经显示刚刚选择的变量。请放大数据网格，查看所有内容。如果列标题过长，你可以扩展列宽。这些细胞图像被显示出来，是因为列表底部的Cytoplasm(细胞质)和DNA图像名旁边的复选框被选中了(图T28.32)。在以后，我们将把向数据网格中添加细胞图像这一操作称为向数据网格中添加一个"Cell Gallery(细胞列表)"。

 

 

注意：要想更多地了解门操作选项，请参见“Gating(门)"教程.

下一章节，我们将学习使用带图像数据的高通量模块。