为图像细胞分析数据设计的流式细胞分析环境
FCS Express6Image Cytometry 是 FCS Express的一个新版本,包含独特和强大的用来处理图像细胞数据的工具。
这一教程旨在对很多有用的新工具提供一个概述,让用户可以像处理流式细胞数据那样处理图像数据。现在你可以把基于细胞群的图像分析和基于单个细胞的图像分析结合起来。
这三节教程的目的是让您了解如何使用FCS Express6Image Cytometry.
本教程将密切关注" FCS Express6Image Cytometry的介绍"视频,该视频在网络教学页面Denovo网站有相关链接。我们建议您看完视频之后,再开始阅读本教程。这样您就会更好地理解本概述以及数据代表的生物问题。
在本章中,你将导入和查看图像数据组、建立和修改门操作、在细胞列表中查看单个细胞以及使用High Content Add-on(高通量数据添加包)来优化和查看一个96-孔细胞盘细胞核运输实验。高通量数据添加包,可以让用户查看这个细胞盘上的多个参数结果和图像。
我们会提供一个批处理分析以及FCS Express报表工具的简短例子。本教程不会对和FCS Express 5相同的那部分功能进行详细讲解,因为它们在已有的教程中详细讲解过了。当遇到相关操作时,本章将直接引用FCS Express 5教程中的相关章节。
在本章进程中,我们将会具体地:
• | 演示导入图像细胞分析数据以及对图像的操作 |
• | 在有细胞图像列表的数据网格中查看门中的细胞群 |
• | 查看图像细胞的分析和报表工具 |
• | 对一个细胞核运输实验进行优化 |
• | 使用"高通量数据分析"模块来对96-孔细胞盘中的基于图像的实验进行分析 |
• | 查看图像细胞分析数据的批处理和报表选项 |
因为图像数据占用空间很大,我们在每一节教程中只处理几个图片。The images are embedded in the example layouts.在使用"高通量数据添加包"实例中,我们的教程样本数据库中不提供完整96-孔板的数据。如果你想在本介绍性教程上进一步练习并且使用整个实验对应的数据,请参见“CellProfiler导出”教程.