SPADE

FCS Express 可以实现流式数据的逐层分析,意思就是密度图的标准化算法该转换允许对高度多参数的单细胞流、图像和质量细胞数据进行直接分析和可视化。

 

FCS Express算法的最终结果是一个热图，其中细胞位置的相关节点中的单元格位置定位在分层最小生成树中。这个热图易于修改，以便建立门时更好识别目的细胞群，Gatesmay be created to identify node(s) of interest.

 

SPADE是由斯坦福大学和Nolan实验室的相关成员开发的。

 

关于SPADE 更多的信息请参考以下文献：

•Qiu, P., et al. Extracting a cellular hierarchy from high-dimensional cytometry data with SPADE. Nat. Biotech. 29, 886-891 (2011).Qiu, P. Inferring phenotypic properties from single-cell characteristics. PLoS One. 5, Web (2012).NatBiotech.29, 886-891 (2011).
•Qiu, P.Inferring phenotypic properties from single-cell characteristics.PLoS One.5, Web (2012).

 

FCS Express的SPADE开始运行时，请参考下面的主题过程：

定义SPADE

SPADE开始运行

www.denovosoftware.com