Microsoft Excel可以直接编辑一个由DNS Analysis Creator Macro(DNS分析创造宏)创建的.IJX文件。
要在Excel中编辑.ijx文件,您有两个选择:
A. | 该文件可以用一.csv扩展来重命名(本章节中,我们将用这一选项,对该选项的概述,请见第16步之后)。 |
B. | 选择Excel作为打开.ijx文件的默认程序。在.ijx文件上右键点击,然后选择open with>choosedefault program(以>选择的默认程序打开)。从可用的程序列表中选择Excel,或者使用Browse(浏览)按钮,来导航到Excel。当选择Excel后,再选中Always use the selected program to open this kind of file(始终使用选中的程序来打开这类文件)对话框。那么从现在开始,任何时间您双击一个.ijx文件,它都会以Microsoft Excel形式打开。(请注意:这些说明是针对Windows 7的)。(要查看其他Windows操作系统的说明,请参见Microsoft Windows网站) |
1. | 请将FileListforDnsExporter.ijx文件重命名为FileListforDnsExporter.csv。(在windows浏览器中右键点击这个文件,然后选择重命名即可) |
2. | 用Microsoft Excel打开FileListforDnsExporter.csv。 |
这个文件就会被打开,且此excel文档将如下图T28.110所示:
Figure T28.110 The FileListforDnsExporter.csv file opened with Microsoft Excel.
3. | 删除Well(微孔)、FOV_row(视野_行)和FOV_col(视野_列)列。 |
4. | 删除包含#Plate Info(板子信息)、Rows(行)、<rows>、Columns(列)、<cols>的第6行。 |
5. | 用来自图片名称的各自通道名来替代每行中的<Channel_Name>文本。 |
例如:在第2行中的图像名称是Image1DAPI.jpg。在本例中,用DAPI来取代<Channel_Name>文本。
当您完成对FileListForDnsExporter.csv文件的编辑,它现在应如下图T28.111所示。
Figure T28.111 The FilelistForDnsExpoter.csv file in Excel after editing to remove extra column headers, plate information, and adding the channel information.
在Excel中,有很多方法来自动化从您文件的路径名中拖拽通道名的任务。在本教程中,我们不会介绍这些方法,但下面有一个例子,来介绍如何利用"MID"来从图T28.111中的A2单元格的文件名中,自动抽出“DAPI”。公式“=MID(A2,106,4)”表示执行MID功能(从一个文本串中间得到字符),文本位于单元格A2,开始于第106个字符,长度是4个字符(图T28.112)。
Figure T28.112 An example of using functions or formulas in Excel to automatically fill columns in the Analysis Configuration file.
6. | 保存您刚才编辑的FileListForDnsExporter.csv 文件。 |
7. | 从一个资源管理器窗口重命名FileListforDnsExporter.csv文件为FileListforDnsExporter.ijx。 |
如果您想要为其他群组创建一个.ijx文件,例如基于多个域的数据、拼接/平铺图片、基于板子的数据或者基于板子多个域的数据,请按照以上步骤编辑您的.ijx文件,但每个群组类型的格式定义在ImageJ宏的帮助项目下。
在下一节中,我们将使用新创建的.ijx文件来从ImageJ分析和输出结果到FCS Express中